Lambda核酸外切酶(LambdaExonuclease,簡稱λExonuclease)是一種具有特定特性和應(yīng)用的酶,以下是其主要特點和應(yīng)用:1.**特異性作用**:λExonuclease是一種5'→3'核酸外切酶,能選擇性地沿5'→3'方向消化5'端磷酸化的雙鏈DNA。2.**酶切活性**:對單鏈DNA和5'端未磷酸化修飾的DNA的酶切活性較低,不能從DNA的切刻或缺口處起始消化。3.**嗜磷酸性**:該酶具有非常強的嗜磷酸性,磷酸化的核酸鏈與非磷酸化的核酸鏈的切割效率相差達(dá)200倍以上。4.**切割效率**:Lambda核酸外切酶是一種具有高度持續(xù)性的堿性核酸外切酶,可以連續(xù)地將核酸切割成為單個堿基,切割比較高速率可以達(dá)到1000nt/S。5.**應(yīng)用領(lǐng)域**:-生成單鏈PCR產(chǎn)物用于DNA測序。-DNA單鏈構(gòu)象多態(tài)性(SSCP)分析。-滾環(huán)擴增。-從雙鏈DNA片段生成單鏈DNA。-PCR產(chǎn)物的克隆。-質(zhì)粒制備凈化。6.**酶活性定義**:Oneunitisdefinedastheamountofenzymerequiredtoproduce10nmolofacid-solubledeoxyribonucleotidefromdouble-strandedsubstrateinatotalreactionvolumeof50μlin30minutesat37oCin1XLambdaExonucleaseReactionBufferwith1μgsonicatedduplex[3H]-DNA。Cas12a還可以高效地在一些重要的工業(yè)鏈霉菌菌株中產(chǎn)生編輯,這些菌株由于毒性而不能使用SpCas9進行編輯。Recombinant Mouse VNN1 Protein,His Tag
磁珠法在基因克隆中的應(yīng)用主要體現(xiàn)在以下幾個方面:1.**質(zhì)粒DNA的提取**:磁珠法可以用于從細(xì)菌細(xì)胞中提取質(zhì)粒DNA,這對于質(zhì)粒的克隆和表達(dá)至關(guān)重要。通過磁珠法提取的質(zhì)粒DNA純度高,適合用于后續(xù)的酶切、連接、轉(zhuǎn)化等分子克隆步驟。2.**基因組DNA的提取**:磁珠法可以用于從各種生物樣本中提取基因組DNA,這對于基因組的克隆和分析非常重要。提取的基因組DNA可以用于PCR擴增、基因表達(dá)分析、基因突變檢測等。3.**mRNA的提取和純化**:在mRNA克隆中,磁珠法可以用于提取和純化mRNA,這對于cDNA的合成和基因表達(dá)分析非常關(guān)鍵。磁珠法提取的mRNA純度高,可以用于后續(xù)的cDNA合成和RT-PCR等實驗。4.**PCR產(chǎn)物的純化**:磁珠法可以用于純化PCR產(chǎn)物,去除反應(yīng)中的酶、dNTPs和其他雜質(zhì),為克隆PCR產(chǎn)物提供高純度的DNA模板。5.**DNA片段的篩選和回收**:在基因克隆過程中,可能需要從多個DNA片段中篩選出特定大小或序列的片段。磁珠法可以用于DNA片段的篩選和回收,提高克隆效率。6.**自動化和高通量操作**:磁珠法易于與自動化設(shè)備結(jié)合,適合高通量樣本處理,這對于大規(guī)?;蚩寺№椖坑葹橹匾?。自動化操作減少了人為操作誤差,提高了實驗的重復(fù)性和可靠性。Recombinant Human UteroglobinEndo H 相對比較嬌貴,需要在特定的條件下保存才能保持其活性,一般需要在 - 20℃或更低溫度下保存。
使用BloodGenomicDNAIsolationKitwithMagneticBeads(血液基因組DNA提取試劑盒,磁珠法)進行血液樣本中基因組DNA的提取,主要步驟如下:1.**實驗準(zhǔn)備**:準(zhǔn)備抗凝全血樣本(如EDTA抗凝血),移液器及無菌,15ml離心管,無水乙醇,70%乙醇,干凈的吸水紙,渦旋振蕩器,金屬浴/水浴,臺式離心機等。2.**樣本處理**:取適量血液樣本,根據(jù)試劑盒要求,可能需要將血液體積調(diào)整至特定量,例如200μl,并可能需要加入PBS緩沖液。3.**裂解血液細(xì)胞**:向血液樣本中加入蛋白酶K和細(xì)胞裂解液,渦旋混勻后,置于金屬浴或水浴中進行裂解,通常在65°C孵育10-15分鐘,并在此期間定期混勻。4.**DNA與磁珠結(jié)合**:向裂解后的樣本中加入異丙醇和磁珠懸浮液,渦旋混勻后,室溫放置一段時間,以便于基因組DNA與磁珠結(jié)合。5.**磁珠分離**:將樣本置于磁力架上,待磁珠聚集后,小心移除上清液,去除雜質(zhì)。6.**洗滌磁珠**:向磁珠中加入漂洗液和洗滌液,進行洗滌以去除殘留的蛋白質(zhì)和鹽分,然后再次使用磁力架分離磁珠,移除洗滌液。
牛痘DNA拓?fù)洚悩?gòu)酶I(VacciniaVirusDNATopoisomeraseI)與細(xì)菌DNA拓?fù)洚悩?gòu)酶的主要區(qū)別如下:1.**來源不同**:-牛痘DNA拓?fù)洚悩?gòu)酶I來源于牛痘病毒,是一種真核生物病毒中的酶。-細(xì)菌DNA拓?fù)洚悩?gòu)酶則來源于原核生物,如大腸桿菌的ω蛋白等。2.**功能特性**:-牛痘DNA拓?fù)洚悩?gòu)酶I能夠解旋DNA的超螺旋結(jié)構(gòu),并且識別并切割雙鏈DNA末端[5’C(T)CCTT],與DNA形成共價連接形成穩(wěn)定復(fù)合物,遇到DNA的5’-OH基團后,重新連接形成完整DNA鏈。-細(xì)菌DNA拓?fù)洚悩?gòu)酶,如大腸桿菌的ω蛋白,主要功能是催化DNA鏈斷開和結(jié)合的偶聯(lián)反應(yīng),以改變DNA的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)。3.**活性條件**:-牛痘DNA拓?fù)洚悩?gòu)酶I即使在Mg2+不存在的條件下也顯示活性。-細(xì)菌DNA拓?fù)洚悩?gòu)酶可能需要Mg2+等金屬離子作為輔因子來發(fā)揮活性。4.**作用的DNA鏈**:-牛痘DNA拓?fù)洚悩?gòu)酶I能使正負(fù)兩方的超螺旋分子均形成松散型。-原核生物由來的DNA拓?fù)洚悩?gòu)酶I只作用負(fù)鏈的超螺旋分子。5.**共價鍵形成**:-牛痘DNA拓?fù)洚悩?gòu)酶I與DNA形成共價連接,此酯鍵中所貯存的能量可能在切斷端的再結(jié)合上起著作用。-細(xì)菌DNA拓?fù)洚悩?gòu)酶在原核生物中是游離型的5′-OH末端扣3′-磷酸末端與酶形成共價鍵。
FnCas12a包含約1300個氨基酸,含有RuvC-like結(jié)構(gòu)域,同時具有DNA和RNA內(nèi)切酶的活性。
在PCR實驗中,確保引物與目標(biāo)序列的完全特異性是至關(guān)重要的,這可以通過以下幾個步驟實現(xiàn):1.**基于已知序列設(shè)計引物**:根據(jù)目標(biāo)DNA序列,使用計算機軟件(如Primer3、Snapgene等)設(shè)計出兩個互補的引物,以保證引物的特異性和準(zhǔn)確性。2.**引物長度和Tm值**:通常選擇引物長度為18-25個核苷酸,引物的Tm值(熔解溫度)通常選擇在50-60℃之間,以保證引物和目標(biāo)DNA序列的穩(wěn)定性。3.**避免與其他DNA序列的交叉反應(yīng)**:使用BLAST等計算機軟件進行引物特異性檢查,確保引物只與目標(biāo)序列互補,而不與其他非目標(biāo)序列發(fā)生雜交。4.**避免引物自身結(jié)合**:設(shè)計引物時要避免引物之間自身結(jié)合,因為這會影響PCR反應(yīng)的特異性和效率。5.**引物的3'端設(shè)計**:引物的3'端應(yīng)避免富含GC,以確保與模板序列的穩(wěn)定結(jié)合。同時,避免3'端存在序列,以防止形成引物二聚體。6.**避免內(nèi)部二級結(jié)構(gòu)**:設(shè)計引物時,應(yīng)避免存在可能產(chǎn)生內(nèi)部二級結(jié)構(gòu)的序列,以保證引物與模板序列的結(jié)合。7.**使用在線工具進行引物特異性檢驗**:利用Primer-BLAST等在線工具設(shè)計引物,并進行特異性驗證,確保引物只擴增特定目標(biāo)序列。Endo H,糖苷內(nèi)切酶 H 具有高度特異性的催化活性,它能夠特異性地水解 N - 連接寡糖鏈中兩個糖苷鍵。T3 DNA連接酶
UDG在結(jié)構(gòu)上屬于單功能DNA糖基化酶,它通過沿著DNA鏈滑動,識別尿嘧啶分子,進行堿基切除。Recombinant Mouse VNN1 Protein,His Tag
T5核酸外切酶在基因編輯中確實有應(yīng)用,并且具有一些優(yōu)勢:1.**提高編輯效率**:根據(jù)一篇研究文章,T5核酸外切酶可以與CRISPR/Cas系統(tǒng)共表達(dá)或融合,以提高基因編輯的效率。這種共表達(dá)或融合可以增加indel(插入和缺失)頻率,盡管增加的幅度可能不大。2.**增強基因編輯效果**:在另一項研究中,通過使用螺旋-螺旋二聚體肽(coiled-coilpeptides)將T5核酸外切酶招募到Cas9或Cas12a蛋白上,可以提高基因編輯的效率,這種方法被稱為CCExo(CRISPR-Coiled-coil-Exonuclease)。這種招募方式優(yōu)于共表達(dá)和直接融合,其中強的親和力CC對顯示出高的突變頻率和刪除長度。3.**應(yīng)用于多種細(xì)胞類型**:CCExo系統(tǒng)在多種細(xì)胞系和原代細(xì)胞中都能有效地提高基因失活效率,并且在慢性髓性白血?。–ML)患者的原代細(xì)胞以及異種移植動物模型中展示了其應(yīng)用潛力,這表明CCExo方法可能成為CML和其他遺傳性疾病的潛在選擇。T5核酸外切酶與CRISPR核酸酶蛋白進行融合,并引入了核定位信號(NLS)序列以構(gòu)建表達(dá)載體,用于基因編輯。綜上所述,T5核酸外切酶在基因編輯中的應(yīng)用可以增強編輯效率和效果,尤其是在與CRISPR/Cas系統(tǒng)結(jié)合使用時。Recombinant Mouse VNN1 Protein,His Tag