和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組一樣，空間轉(zhuǎn)錄組也可以進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析，區(qū)別在于空間位置信息可以同時(shí)用于識(shí)別潛在的細(xì)胞間相互作用。通常通過(guò)了解配體受體（LR）對(duì)并測(cè)試 LR 對(duì)是否更有可能在鄰近細(xì)胞或 spot 中表達(dá)來(lái)完成。還有很多其他類型的分析可用于空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)，包括基因模式的識(shí)別，空間區(qū)域的轉(zhuǎn)錄組定義， 基因間的相互作用推斷，轉(zhuǎn)錄本的亞細(xì)胞定位以及基于H＆E圖像的基因表達(dá)估算等。1. 歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn)，致力通過(guò)質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破?？臻g轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果為未來(lái)人類心臟發(fā)育的研究提供重要的借鑒意義。重慶10x空間轉(zhuǎn)錄組

1. 空間轉(zhuǎn)錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術(shù)，從而解析單個(gè)組織切片中的所有mRNA?？臻g條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著，使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測(cè)序過(guò)程中位置信息的編碼和獲取成為可能。單細(xì)胞RNA測(cè)序或組織樣本RNA測(cè)序，均無(wú)法為研究人員提供精確的空間信息。通過(guò)空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可獲取組織中具體的位置的轉(zhuǎn)錄信息，為研究和診斷提供有效數(shù)據(jù)支撐。10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可以應(yīng)用于免疫、發(fā)育、神經(jīng)和病理等研究方向。重慶10x空間轉(zhuǎn)錄組歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn)，致力通過(guò)質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。

空間轉(zhuǎn)錄組的應(yīng)用有哪些？一、構(gòu)建空間轉(zhuǎn)錄組圖譜：借助于空間分辨的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)，建立圖譜可能是在分子水平上研究生物體結(jié)構(gòu)的重要步驟。目前的多項(xiàng)研究通過(guò)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄技術(shù)，得到多個(gè)***的時(shí)空轉(zhuǎn)錄組圖譜（相關(guān)研究后續(xù)會(huì)在如下專輯更新）。二、描繪胚胎發(fā)育和空間藍(lán)圖：胚胎發(fā)育是一個(gè)復(fù)雜的過(guò)程，其中動(dòng)態(tài)變化在生物分子水平上迅速發(fā)生。對(duì)這種微觀變化的時(shí)間和空間方面的分析都具有挑戰(zhàn)性。預(yù)期使用空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)可以表征胚胎發(fā)育的空間表達(dá)藍(lán)圖。

空間轉(zhuǎn)錄組研究的的必要性。研究單細(xì)胞我們想要探究細(xì)胞間的異質(zhì)性，但是常規(guī)的單細(xì)胞是將細(xì)胞解離成單細(xì)胞懸液，然后利用單細(xì)胞分離技術(shù)（微孔，微板，液滴）等方法實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞建庫(kù)，這里比較大的問(wèn)題是是細(xì)胞失去了原本在組織的空間信息。然而這個(gè)空間信息在實(shí)際研究中有很重要。特別是在研究細(xì)胞命運(yùn)機(jī)制及細(xì)胞譜系發(fā)生空間位置的信息顯得尤為重要，因此發(fā)展空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)實(shí)現(xiàn)細(xì)胞的位置信息的保留，對(duì)研究此類細(xì)胞狀態(tài)尤為必要?？臻g轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)在進(jìn)行 HE 染色的同時(shí)需要保證獲取組織基因表達(dá)信息。

BayesSpace是一種基于空間轉(zhuǎn)錄組模型的聚類方法，通過(guò)對(duì)基因表達(dá)矩陣的低維表示進(jìn)行建模并通過(guò)空間先驗(yàn)鼓勵(lì)相鄰點(diǎn)屬于同一簇來(lái)實(shí)現(xiàn)空間聚類。與以前的方法相比，BayesSpace允許對(duì)聚類結(jié)構(gòu)和錯(cuò)誤項(xiàng)進(jìn)行更靈活的規(guī)范。BayeSpace通過(guò)***使用的Bioconductor SingleCellExperiment數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)將預(yù)處理數(shù)據(jù)作為輸入，無(wú)縫集成到空間轉(zhuǎn)錄組分析工作流中，輸出同樣存儲(chǔ)在SingleCellExperiment對(duì)象中，該對(duì)象可用于下游分析。BayesSpace增強(qiáng)的空間聚類提供了一個(gè)更高分辨率的組織類型圖。值得注意的是，增強(qiáng)后的空間聚類識(shí)別了沿**邊界的淋巴組織區(qū)域和可能的免疫浸潤(rùn)到**中的區(qū)域，這些區(qū)域在原來(lái)的分辨率下是無(wú)法辨別的。結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)，作者進(jìn)一步確定和豐富了胚胎心臟基因表達(dá)的空間注釋信息。云南歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用

研究通過(guò)對(duì) ALS 小鼠疾病進(jìn)程（癥狀前、發(fā)病、癥狀期和終末期）的脊髓組織進(jìn)行空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。重慶10x空間轉(zhuǎn)錄組

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組的實(shí)現(xiàn)原理是什么？10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫(kù)構(gòu)建的每張載玻片上有四個(gè)捕獲區(qū)域，每個(gè)捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個(gè)被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)（barcoded spots），每個(gè)點(diǎn)的直徑為55 μm，點(diǎn)和點(diǎn)之間中心的距離為100 μm，并且每個(gè)點(diǎn)都有一個(gè)barcode序列。組織切片的細(xì)胞中會(huì)釋放出mRNA，遷移到每個(gè)spot的mRNA會(huì)被標(biāo)記上相應(yīng)的barcode序列，然后進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建并進(jìn)行測(cè)序。根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，以確定哪些數(shù)據(jù)來(lái)自哪個(gè)位置，從而實(shí)現(xiàn)空間基因表達(dá)的可視化。 重慶10x空間轉(zhuǎn)錄組

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司主要經(jīng)營(yíng)范圍是醫(yī)藥健康，擁有一支專業(yè)技術(shù)團(tuán)隊(duì)和良好的市場(chǎng)口碑。公司業(yè)務(wù)分為科研服務(wù)，科研檢測(cè)，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢等，目前不斷進(jìn)行創(chuàng)新和服務(wù)改進(jìn)，為客戶提供良好的產(chǎn)品和服務(wù)。公司秉持誠(chéng)信為本的經(jīng)營(yíng)理念，在醫(yī)藥健康深耕多年，以技術(shù)為先導(dǎo)，以自主產(chǎn)品為重點(diǎn)，發(fā)揮人才優(yōu)勢(shì)，打造醫(yī)藥健康良好品牌。歐易生物立足于全國(guó)市場(chǎng)，依托強(qiáng)大的研發(fā)實(shí)力，融合前沿的技術(shù)理念，飛快響應(yīng)客戶的變化需求。