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空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程2。這使得在后續(xù)步驟中覆蓋細(xì)胞組織圖像和基因表達(dá)數(shù)據(jù)成為可能。用我們的滲透試劑對組織進(jìn)行滲透,這意味著在細(xì)胞膜上形成小孔。RNA分子可以通過這些通道離開細(xì)胞,并與芯片上相鄰的捕獲探針結(jié)合。因此,基因表達(dá)信息被捕獲在芯片上。需要通過以下步驟將捕獲的RNA分子中存儲的信息轉(zhuǎn)換為數(shù)據(jù)。cDNA合成是為了創(chuàng)造穩(wěn)定的雙鏈DNA分子。這是必要的,因為cdna - rna -雜交體的降解速度很快。此外,這是構(gòu)建可測序文庫之前的必要步驟。所有之前收集的信息都被匯集起來,可以在線訪問。這意味著在實踐中,您可以查看組織切片的圖像并選擇組織中的不同區(qū)域。然后你可以確定哪些基因在這些區(qū)域中以什么數(shù)量表達(dá)。因此,你可以在一個單一的實驗中進(jìn)行新分析??臻g轉(zhuǎn)錄組組織學(xué)板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像,記錄切片的形態(tài)學(xué)信息。廣東歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組是什么
許多當(dāng)前時代空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的基礎(chǔ)都是在自七十年代以來的幾十年間建立的。例如,于1976 年首先使用紫外線激光來切割組織。當(dāng)前流行的技術(shù),例如空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)(ST)和 10X Visium 依靠這種微陣列技術(shù),區(qū)別就在于是從放置在微陣列載玻片上的組織上而不是從溶液中來捕獲轉(zhuǎn)錄本信息。當(dāng)前時代的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)大致分為五類方向:激光顯微切割(LCM),單分子熒光原位雜交(smFISH),靶向原位測序(ISS),原位陣列捕獲和 其他非成像技術(shù)。品質(zhì)空間轉(zhuǎn)錄組價格空間轉(zhuǎn)錄組樣本的組織切片的細(xì)胞中會釋放出mRNA,遷移到每個spot的mRNA會被標(biāo)記上相應(yīng)的barcode序列。
空間轉(zhuǎn)錄組的應(yīng)用有哪些?一、發(fā)現(xiàn)疾病的空間異質(zhì)性:同時了解患病組織中的細(xì)胞類型及其定位有助于解決空間分辨的轉(zhuǎn)錄組學(xué)問題。在不同的環(huán)境下,明智地選擇這些方法在生物學(xué)研究中也是至關(guān)重要的,例如在神經(jīng)科學(xué)中,基于FISH的方法很普遍;基于LCM的方法適用于小樣本(例如臨床樣本)以及整個轉(zhuǎn)錄組或基因組分析。二、構(gòu)建空間轉(zhuǎn)錄組圖譜:借助于空間分辨的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué),建立圖譜可能是在分子水平上研究生物體結(jié)構(gòu)的重要步驟。目前的多項研究通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄技術(shù),得到多個***的時空轉(zhuǎn)錄組圖譜(相關(guān)研究后續(xù)會在如下專輯更新)。
盡管前傳時代的空間技術(shù)被迅速棄用,但其思想和方法是當(dāng)今時代空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)發(fā)展的基礎(chǔ)。在過去的 5 年中,隨著眾多新技術(shù)的出現(xiàn)和 10x 公司 Visium 技術(shù)解決方案的商業(yè)化普及,該領(lǐng)域得到了快速的發(fā)展。一、實驗技術(shù)有待改進(jìn)。我們可以做更多的事情來改善實驗技術(shù)。例如 組織切片技術(shù)的發(fā)展、 smFISH 和 ISS 技術(shù)的實驗技術(shù)優(yōu)化、高效率的計算工具實現(xiàn)真正的 3D 空間轉(zhuǎn)錄組或者空間時序轉(zhuǎn)錄組等。二,數(shù)據(jù)庫的建立。盡管當(dāng)前空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長,但尚未有對應(yīng)的數(shù)據(jù)庫來對這些數(shù)據(jù)進(jìn)行匯總集成。結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù),作者進(jìn)一步確定和豐富了胚胎心臟基因表達(dá)的空間注釋信息。
和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組一樣,空間轉(zhuǎn)錄組也可以進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析,區(qū)別在于空間位置信息可以同時用于識別潛在的細(xì)胞間相互作用。通常通過了解配體受體(LR)對并測試 LR 對是否更有可能在鄰近細(xì)胞或 spot 中表達(dá)來完成。還有很多其他類型的分析可用于空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù),包括基因模式的識別,空間區(qū)域的轉(zhuǎn)錄組定義, 基因間的相互作用推斷,轉(zhuǎn)錄本的亞細(xì)胞定位以及基于H&E圖像的基因表達(dá)估算等。1. 歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗,致力通過質(zhì)量的服務(wù),助力各位科研工作者取得新的突破。HE 染色適用于空間轉(zhuǎn)錄組的組織學(xué)呈現(xiàn)方法。貴州歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組是什么
10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空間轉(zhuǎn)錄組商業(yè)化解決方案。廣東歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組是什么
人類細(xì)胞圖譜項目的主要目標(biāo)之一是描述所有細(xì)胞類型的空間關(guān)系。同時基于表達(dá)特征對多種細(xì)胞類型進(jìn)行空間映射,有助于研究不同細(xì)胞類型之間的相互作用。已經(jīng)發(fā)展了一些策略來檢測單細(xì)胞分辨率的空間基因表達(dá)譜,如Slide-seq、seqFISH或MERFISH。為了更有效地為研究群體探索空間基因表達(dá)數(shù)據(jù),我們構(gòu)建了SpatialDB數(shù)據(jù)庫用于空間解析的轉(zhuǎn)錄組。
人類細(xì)胞圖譜項目極大地推動了單細(xì)胞水平的生命科學(xué)研究。空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)的發(fā)展和空間基因表達(dá)數(shù)據(jù)的快速積累是未來的發(fā)展趨勢。我們將繼續(xù)收集新的技術(shù)和數(shù)據(jù)集來更新SpatialDB。此外,我們將整合更多的工具和數(shù)據(jù)源來分析數(shù)據(jù). 廣東歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組是什么
上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司位于聯(lián)航路1188號25幢,交通便利,環(huán)境優(yōu)美,是一家服務(wù)型企業(yè)。歐易生物是一家私營合伙企業(yè)企業(yè),一直“以人為本,服務(wù)于社會”的經(jīng)營理念;“誠守信譽,持續(xù)發(fā)展”的質(zhì)量方針。公司業(yè)務(wù)涵蓋科研服務(wù),科研檢測,學(xué)術(shù)研究,技術(shù)咨詢,價格合理,品質(zhì)有保證,深受廣大客戶的歡迎。歐易生物順應(yīng)時代發(fā)展和市場需求,通過**技術(shù),力圖保證高規(guī)格高質(zhì)量的科研服務(wù),科研檢測,學(xué)術(shù)研究,技術(shù)咨詢。