空間轉(zhuǎn)錄組測序的數(shù)據(jù)分析基本分為三個階段:1.數(shù)據(jù)的預處理部分;2.Spot點陣的分群與定義;3.Spot分群的功能與生物學價值。每一個部分都不可或缺,其結(jié)果都對后續(xù)的分析結(jié)果有重要影響。由于空間轉(zhuǎn)錄組的序列結(jié)構與單細胞轉(zhuǎn)錄組測序的左端序列結(jié)構是非常接近的,都...
BD的技術不再采用利用微流控孔道射出細胞和射出的磁珠碰撞的過程,進行單細胞捕獲的技術,轉(zhuǎn)而采用CytoSeq特有的蜂窩板技術。該技術用20萬+的微孔(該數(shù)量級遠大于Input細胞數(shù)量),保證單孔中的單細胞捕獲。同時避免了10X中存在的概率碰撞影響捕獲效率的問題...
烈冰生物生信分析團隊緊追國際前沿、整合添加多項國際期刊認可的空轉(zhuǎn)分析工具,構建一套完整的數(shù)據(jù)分析流程;精心研發(fā)空轉(zhuǎn)結(jié)果瀏覽器,可同步展示空間轉(zhuǎn)錄組與單細胞測序分析結(jié)果,詳細深入地解析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。完成從Rawdata(原始數(shù)據(jù))到Spot-Gene的具有定位...
相對于Smart-Seq技術在細胞數(shù)量上的問題,BD和10X這兩個平臺普遍提供的細胞數(shù)量都在1-6K不等的測序細胞量,這個量級的測序細胞量已經(jīng)可以說能夠完全覆蓋絕大部分組織的SingleCell群體類型。因此,這兩種技術對于基于基因表達進行準確細胞分型上,無論...
單細胞測序技術(SingleCellSequencing)從一種新興的研究角度,借助已有的高通量測序手段,幫助研究者在樣本中細胞的異質(zhì)性、免疫微環(huán)境、發(fā)育學、免疫學以及其他領域中進行單細胞層面的數(shù)據(jù)解析,解決了BulkPopulationSequencing所...
細胞中基因的表達是嚴格按照時間和空間順序發(fā)生,因此細胞類型和基因表達具有時間特異性和空間特異性。時間特異性可以通過收集不同時間點的樣本進行單細胞轉(zhuǎn)錄組測序來分析。但是單細胞轉(zhuǎn)錄組測序(scRNA-Seq)在單細胞懸液制備的過程中破壞了細胞的空間結(jié)構,無法給出固...
高通量測序技術(High-throughputsequencing)又稱“下一代”測序技術(“Next-generation”sequencing),以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志。高通量測序技術是對傳統(tǒng)測序一次顛覆...
單細胞RNA-seq、RNA-seq和逆轉(zhuǎn)錄qPCR(RT-qPCR)都采用一個共同過程,即分離RNA并將其轉(zhuǎn)化為cDNA進行分析。不過,每種分析在開展方式和獲得的數(shù)據(jù)上有所不同。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細胞中分離RNA,然后將其轉(zhuǎn)化為cDN...
當組織冷凍切片附在帶有spatialbarcode的空間轉(zhuǎn)錄組芯片上時,通過透化處理,細胞內(nèi)的mRNA釋放出來,從而被芯片上帶有oligo-dT的探針捕獲。被捕獲的mRNA開始逆轉(zhuǎn)錄,得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列。通過上機測序,可以將...
高通量測序技術(High-throughputsequencing)又稱“下一代”測序技術(“Next-generation”sequencing),以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志。高通量測序技術是對傳統(tǒng)測序一次顛覆...
當組織冷凍切片附在帶有spatialbarcode的空間轉(zhuǎn)錄組芯片上時,通過透化處理,細胞內(nèi)的mRNA釋放出來,從而被芯片上帶有oligo-dT的探針捕獲。被捕獲的mRNA開始逆轉(zhuǎn)錄,得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列。通過上機測序,可以將...
空間轉(zhuǎn)錄組測序的數(shù)據(jù)質(zhì)量和玻片有效區(qū)域的利用率、貼片的質(zhì)量和透化時間息息相關。貼片質(zhì)量不良會影響總的有效spot數(shù)等;而透化不合理會導致spot的reads數(shù)、基因中位數(shù)等參數(shù)。而在特異性基因表達方面,我們也可以統(tǒng)計空間轉(zhuǎn)錄組群體的特異性基因表達即Marker...
烈冰生信團隊傾情研發(fā)的NovelBrain?生信大數(shù)據(jù)分析平臺,針對龐大的單細胞測序數(shù)據(jù),能夠?qū)崿F(xiàn)細胞類型鑒定的快、精、準:一鍵導入genelist構建個性化基因列表;輕松一點即可展示Marker基因的Featureplot;任意修改Cluster的顏色和名稱...
10XGenomics是一種基于drop的微流控技術,液體在配套芯片中的微管道中流動,因此細胞直徑會受到芯片中微管道直徑的限制,微流體通道的直徑約為50~60um,因此捕獲細胞的直徑不能超過40um。當細胞直徑過大時,容易出現(xiàn)管道堵塞,造成GEM生成失敗,對于...
二代測序技術在測序方法上取得了重大突破,基于“邊合成邊測序”(sequencingbysynthesis)和大規(guī)模平行測序技術(massiveparallelanalysis,MPS),使測序通量和讀取速度得到極大提升,例如IlluminaSolexa測序...
相對于Smart-Seq技術在細胞數(shù)量上的問題,10X平臺普遍提供的細胞數(shù)量都在1000-20000不等的測序細胞量,這個量級的測序細胞量已經(jīng)可以說能夠完全覆蓋絕大部分組織的SingleCell群體類型。因此,這兩種技術對于基于基因表達進行準確細胞分型上,無論...
單細胞多組學測序技術的發(fā)展依賴于各種單一組學檢測技術的完善,但即使在單細胞測序技術迅速發(fā)展的情況下,在單細胞水平協(xié)同檢測多個不同的分子層面仍然非常具有挑戰(zhàn)性.每一種組學都有不同的特性和測量方法,這些方法在敏感性、特異性、通量和適用性上都有所不同.因此,在單細胞...
單細胞測序?qū)嶒炘贅颖炯毎蠙C分選簽,需要對細胞數(shù)量、細胞活性進行準確判斷,這對SingleCell分選標記、建庫、下機數(shù)據(jù)的質(zhì)量都具有著決定性的作用。如若細胞計數(shù)偏高,將會影響建庫的成功率;計數(shù)偏低,則會顯著提高雙細胞的比例;而細胞活率過低,就會使測序數(shù)據(jù)的利...
BDRhapsody單細胞分選系統(tǒng)集成了熒光顯微成像系統(tǒng),可以對不同熒光標記的細胞進行檢測并計數(shù)。在進行質(zhì)量評估之前,首先要將細胞的培養(yǎng)體系更換成上機所需的Buffer。在這個過程中,需要進行多次離心、重懸操作,烈冰Novelbio單細胞實驗團隊推薦采用水平轉(zhuǎn)...
二代測序技術在測序方法上取得了重大突破,基于“邊合成邊測序”(sequencingbysynthesis)和大規(guī)模平行測序技術(massiveparallelanalysis,MPS),使測序通量和讀取速度得到極大提升,烈冰生物斥巨資購置的Novaseq600...
單細胞多組學測序技術是在單細胞分辨率下精確分析細胞異質(zhì)性和基因調(diào)控網(wǎng)絡的新技術,提供了全新的視角來分析細胞的分化路徑、細胞間的交互調(diào)控和細胞亞群的分離現(xiàn)象。轉(zhuǎn)錄組、表觀基因組、蛋白組學和代謝組學的差異賦予了組織內(nèi)同樣基因組背景下的單個細胞的功能特異性。單個細胞...
細胞中基因的表達是嚴格按照時間和空間順序發(fā)生,因此細胞類型和基因表達具有時間特異性和空間特異性。時間特異性可以通過收集不同時間點的樣本進行單細胞轉(zhuǎn)錄組測序來分析。但是單細胞轉(zhuǎn)錄組測序(scRNA-Seq)在單細胞懸液制備的過程中破壞了細胞的空間結(jié)構,無法給出固...
基因測序是基因檢測的方法之一,其又叫基因譜測序,是國際上公認的一種基因檢測標準。高通量測序技術是對傳統(tǒng)測序一次顛覆性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進行測定,被稱為下一代測序技術(nextgenerationsequencing),足見其劃時代的改變,同...
冰凍切片的空間轉(zhuǎn)錄組測序在RNA捕獲、文庫構建方面,需要將組織切片貼合在帶有mRNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上,通過甲醛固定、H&E染色得到組織切片的形態(tài)結(jié)構。再進行透化處理,使細胞中的mRNA釋放,并結(jié)合到芯片相鄰的捕獲探針上。將捕獲的mRNA反轉(zhuǎn)錄合成cDNA...
2016年發(fā)表的DR-seq和G&T-seq技術,實現(xiàn)在單細胞內(nèi)同時進行基因組和轉(zhuǎn)錄組的測序分析,使得研究人員能夠在分析細胞間基因組差異和基因表達異質(zhì)性的同時,進一步理解基因組序列差異、拷貝數(shù)變異與轉(zhuǎn)錄組異質(zhì)性之間的關系.隨后在同一個單細胞內(nèi),基于轉(zhuǎn)錄組、染色...
烈冰生物生信分析團隊緊追國際前沿、整合添加多項國際期刊認可的空轉(zhuǎn)分析工具,構建一套完整的數(shù)據(jù)分析流程;精心研發(fā)空轉(zhuǎn)結(jié)果瀏覽器,可同步展示空間轉(zhuǎn)錄組與單細胞測序分析結(jié)果,詳細深入地解析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。完成從Rawdata(原始數(shù)據(jù))到Spot-Gene的具有定位...
如在現(xiàn)有研究方法基礎上,進行特定亞細胞區(qū)域的蛋白質(zhì)組學、相互作用蛋白質(zhì)組學以及某種特定翻譯后修飾類型的蛋白質(zhì)組學的研究等。這將有助于諸多生化過程以及致病機理的全新認識與發(fā)現(xiàn)。隨著基于單細胞蛋白質(zhì)組學質(zhì)譜研究方法的不斷發(fā)展,單細胞分析方法的靈敏度、蛋白質(zhì)的覆蓋度...
BD的技術不再采用利用微流控孔道射出細胞和射出的磁珠碰撞的過程,進行單細胞捕獲的技術,轉(zhuǎn)而采用CytoSeq特有的蜂窩板技術。該技術用20萬+的微孔(該數(shù)量級遠大于Input細胞數(shù)量),保證單孔中的單細胞捕獲。同時避免了10X中存在的概率碰撞影響捕獲效率的問題...
SingleCellSequencing技術,即利用優(yōu)化后的高通量測序技術(NGS,NextGenerationSequencing)分析每一個單個細胞的序列信息,從而更高分辨率地揭示細胞間的細胞差異以及其在微環(huán)境中的功能情況。那么問題來了,如何獲得單個細胞?...
從單細胞測序描述性分析轉(zhuǎn)向復雜樣本中不同細胞類型的功能解析,越來越需要一種多組學的細胞生物學視角。通過單細胞多組學——即對不同組學的數(shù)據(jù)集進行分析和整合——科學家能夠從同一個單細胞來源中檢測多種細胞特征。這些特征包括全轉(zhuǎn)錄組基因表達、細胞表面蛋白表達、免疫組庫...