當(dāng)組織冷凍切片附在帶有spatialbarcode的空間轉(zhuǎn)錄組芯片上時(shí)，通過透化處理，細(xì)胞內(nèi)的mRNA釋放出來，從而被芯片上帶有oligo-dT的探針捕獲。被捕獲的mRNA開始逆轉(zhuǎn)錄，得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列。通過上機(jī)測序，可以將每個(gè)mRNA轉(zhuǎn)錄的序列映射回組織切片中的映射回組織切片中的原始位置。Visium空間轉(zhuǎn)錄組的重點(diǎn)在于芯片部分：正式文庫構(gòu)建的芯片上有4個(gè)捕獲區(qū)域（6.5mmX6.5mm，可以檢測4個(gè)樣本）每個(gè)捕獲區(qū)域含有約5000個(gè)被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)（barcodedspots）每個(gè)spot直徑55μm，每個(gè)spot能捕獲1-10個(gè)細(xì)胞spot與spot中心點(diǎn)之間的距離為100μm每個(gè)spot含有上百萬個(gè)可以與mRNA結(jié)合的捕獲探針，每個(gè)探針上都帶有獨(dú)特的spatialbarcodes，用以標(biāo)記捕獲的mRNA的空間位置。經(jīng)驗(yàn)豐富的實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)，為獲得示組織內(nèi)真實(shí)表達(dá)水平的高質(zhì)量冷凍切片提供硬件和技術(shù)保障。寧波高通量測序空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)公司

烈冰生物生信分析團(tuán)隊(duì)緊追國際前沿、整合添加多項(xiàng)國際期刊認(rèn)可的空轉(zhuǎn)分析工具，構(gòu)建一套完整的數(shù)據(jù)分析流程；精心研發(fā)空轉(zhuǎn)結(jié)果瀏覽器，可同步展示空間轉(zhuǎn)錄組與單細(xì)胞測序分析結(jié)果，詳細(xì)深入地解析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。完成從Rawdata（原始數(shù)據(jù)）到Spot-Gene的具有定位信息的表達(dá)矩陣的過程后，就進(jìn)入了空轉(zhuǎn)的第二步，去進(jìn)行Spot的Cluster的過程，熟悉單細(xì)胞測序的研究者知道，Cluster在單細(xì)胞測序中往往表示為細(xì)胞的類型，也就是說能聚在一起采用算法分為一個(gè)群體細(xì)胞是一個(gè)Celltype（當(dāng)然分情況也會(huì)有不同）。而在空轉(zhuǎn)中，也正是由于前面提到了細(xì)胞的非單一性，導(dǎo)致了這里的分群并不是單純的同一細(xì)胞類型，而應(yīng)該認(rèn)為是具有相同細(xì)胞組成的點(diǎn)陣區(qū)域，或者說是近似的組織結(jié)構(gòu)區(qū)域。寧波烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組服務(wù)機(jī)構(gòu)空間轉(zhuǎn)錄組測序因其強(qiáng)大的探究疾病--細(xì)胞--基因的關(guān)系，一度成為高通量測序技術(shù)的“天花板”。

空間轉(zhuǎn)錄組測序的數(shù)據(jù)分析基本分為三個(gè)階段：1.數(shù)據(jù)的預(yù)處理部分；2.Spot點(diǎn)陣的分群與定義；3.Spot分群的功能與生物學(xué)價(jià)值。每一個(gè)部分都不可或缺，其結(jié)果都對(duì)后續(xù)的分析結(jié)果有重要影響。由于空間轉(zhuǎn)錄組的序列結(jié)構(gòu)與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序的左端序列結(jié)構(gòu)是非常接近的，都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕獲區(qū)域這樣的設(shè)計(jì)。右端普遍為捕獲的RNA序列。因此采用單細(xì)胞的原始數(shù)據(jù)過濾策略即可，左端可以考慮切下捕獲區(qū)域前的序列區(qū)域作為后續(xù)分析用的序列以減少分析負(fù)荷。隨后，采用10X官方的Spatialranger的策略進(jìn)行后續(xù)分析，解析出位于空間位置中的有效的Spot表達(dá)矩陣。

空間轉(zhuǎn)錄組測序是在組織原位檢測全轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)的?種技術(shù)，可以展?組織切?中不同區(qū)域的基因表達(dá)情況，同時(shí)能夠得到?的基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。與傳統(tǒng)的全基因轉(zhuǎn)錄組或單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序相?，空間轉(zhuǎn)錄組測序漿病理影像（H&E染?）與測序數(shù)據(jù)映射在?起，進(jìn)?可以分析組織切內(nèi)部空間結(jié)構(gòu)的細(xì)胞異質(zhì)性。常規(guī)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)丟失了細(xì)胞在原組織中至關(guān)重要的空間位置信息，而單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序的同時(shí)保留并記錄了細(xì)胞的空間位置信息。空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)能夠揭示細(xì)胞間的相互作用以及細(xì)胞所處的微環(huán)境，將成為發(fā)育生物學(xué)、神經(jīng)生物學(xué)、免疫生物學(xué)等領(lǐng)域的研究利器。烈冰全線實(shí)驗(yàn)平臺(tái)滿足超深度、大規(guī)模發(fā)現(xiàn)和復(fù)雜疾病研究的測序。

空間轉(zhuǎn)錄組測序的關(guān)鍵就在于，解決了空間位置保留的問題。被放置在芯片區(qū)域內(nèi)的冰凍組織切片在經(jīng)過H&E染色和成像記錄后，會(huì)被進(jìn)行透化處理，釋放細(xì)胞中的RNA。芯片上的捕獲引物的中段設(shè)置了帶有獨(dú)特標(biāo)識(shí)的條形碼區(qū)域。芯片被劃分為了數(shù)個(gè)不同的捕獲區(qū)域，每個(gè)捕獲區(qū)域中錨定的引物都帶有不同的條形碼序列。每個(gè)區(qū)域?qū)?yīng)的組織位置會(huì)被記錄下來，然后再進(jìn)行測序后，通過條形碼將不同區(qū)域的測序結(jié)果，映射到對(duì)應(yīng)的組織位置上，拼貼形成組織樣品的空間轉(zhuǎn)錄組圖像。烈冰測序數(shù)據(jù)分析平臺(tái)，不依賴已有物種信息，可研究非模式物種，針對(duì)不同平臺(tái)的數(shù)據(jù)，制定多套流程；重慶烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組測序價(jià)格

烈冰空間轉(zhuǎn)錄組，多平臺(tái)任意選擇，隨心組合，優(yōu)化您的科學(xué)研究，助力探索新的科學(xué)視角。寧波高通量測序空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)公司

在轉(zhuǎn)錄組學(xué)領(lǐng)域，空間轉(zhuǎn)錄組也開辟了新世界。Nature Methods在今年1月份將空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)評(píng)價(jià)為2020年度方法，空間轉(zhuǎn)錄組方法近幾年越來越受到歡迎，它將帶領(lǐng)組學(xué)在生物學(xué)的研究上進(jìn)入新的階段。從轉(zhuǎn)錄組測序到實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄測序，這一過程為精確認(rèn)識(shí)不同細(xì)胞類型提供了巨大的幫助?，F(xiàn)在，新的空間轉(zhuǎn)錄組方法不僅帶來轉(zhuǎn)錄組信息，同時(shí)還提供空間信息，幫研究者更好辨別轉(zhuǎn)錄的位置，進(jìn)一步擴(kuò)展到單細(xì)胞分辨率，這會(huì)更大程度提升科學(xué)家對(duì)單個(gè)細(xì)胞的認(rèn)識(shí)和解讀。寧波高通量測序空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)公司

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