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代謝組學(xué)介紹:通過液質(zhì)聯(lián)用(LC-MS)方法檢測(cè)生物體受外界刺激前后體內(nèi)大多數(shù)小分子代謝物的動(dòng)態(tài)變化,重點(diǎn)尋找在實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組中有明顯變化的代謝物,進(jìn)而研究這些代謝物與生理病理變化的相關(guān)關(guān)系,其研究對(duì)象大多是分子量1500Da以內(nèi)的小分子物質(zhì)。技術(shù)優(yōu)勢(shì):較高的靈敏度、分辨率;較寬的動(dòng)態(tài)范圍;適合對(duì)標(biāo)本中未知代謝物的探索研究;適合于生物樣本中復(fù)雜代謝產(chǎn)物的檢測(cè)和潛在標(biāo)志物的鑒定。代謝組學(xué)應(yīng)用方向: 土壤代謝組學(xué)。研究土壤中有機(jī)質(zhì)及土壤微生物代謝含量變化及相互作用,了解土壤微生物多樣性及其碳代謝能力,為探索調(diào)節(jié)、控制和改善土壤環(huán)境質(zhì)量提供重要的參考。代謝組學(xué)技術(shù)可應(yīng)用于病因病機(jī)研究。山東脂質(zhì)代謝組學(xué)多分析
代謝組學(xué)檢測(cè)的手段有哪些?主要技術(shù)手段是核磁共振(NMR ),液-質(zhì)聯(lián)用(LC-MS),氣-質(zhì)聯(lián)用(GC-MS),色譜(HPLC,GC)等。通過檢測(cè)一系列樣品的譜圖,再結(jié)合化學(xué)模式識(shí)別方法,可以判斷出生物體的病理生理狀態(tài),基因的功能,藥物的毒性和藥效等,并有可能找出與之相關(guān)的生物標(biāo)志物(biomarker)。代謝組學(xué)可以檢測(cè)哪些樣品?代謝組學(xué)主要研究的是作為各種代謝路徑的底物和產(chǎn)物的小分子代謝物(MW<1000)。其樣品主要是尿液,血漿或血清,唾液,以及細(xì)胞和組織的提取液。我們也做過植物,微生物提取物,腦脊液昆蟲血淋巴,羊水,卵泡液,膝蓋滑液,眼淚,糞便及腸道內(nèi)容物提取液等。貴陽(yáng)動(dòng)物靶向代謝組學(xué)領(lǐng)域?yàn)槭裁催x擇代謝組學(xué)作為科研技術(shù)手段?
代謝組學(xué)比較常用到的數(shù)據(jù)分析方法:多變量分析:多變量分析方法能同時(shí)處理數(shù)百或數(shù)千個(gè)變量,并且能處理變量之間的相互關(guān)系。利用變量之間的協(xié)方差或相關(guān)性,使原始數(shù)據(jù)在較低維空間上的投影能盡可能地捕獲數(shù)據(jù)中的信息。但是如果存在大量無信息變量可能會(huì)妨礙多變量分析的能力,無信息變量的數(shù)量越多,減少真陽(yáng)性數(shù)量的效果就越明顯。多變量分析分為無監(jiān)督分析方法和有監(jiān)督分析方法。在代謝組學(xué)分析中無監(jiān)督學(xué)習(xí)有主成分分析只需要數(shù)據(jù)集X,而有監(jiān)督分析方法主要是偏比較小二乘判別分析和正交偏比較小二乘判別分析,這類方法在分析時(shí)除了需要數(shù)據(jù)集X,還需對(duì)樣品進(jìn)行指定并分組, 這樣分組后模型將自動(dòng)加上另外一個(gè)隱含的數(shù)據(jù)集Y,通常Y的賦值用-1/1或者0/1表示類別信息。
代謝組學(xué)發(fā)展前景:代謝組學(xué)是繼基因組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)后出現(xiàn)的新興“組學(xué)”,每年發(fā)表的代謝組學(xué)研究的文章數(shù)量都在不斷增加。代謝組學(xué)的發(fā)展很迅速,盡管還沒有經(jīng)典論文出現(xiàn),但是研究人員相信,與基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)相比,代謝組學(xué)將在臨床上發(fā)揮更大的作用。許多公司通過市場(chǎng)研究發(fā)現(xiàn),健康人并不希望進(jìn)行基因型分析,所以,對(duì)于這些人群來說,基因組學(xué)研究在臨床上的應(yīng)用很有限。而代謝組學(xué)與臨床化學(xué)較為相似,且相對(duì)于基因組學(xué)來說,提供的個(gè)人信息更少,故其在臨床上的應(yīng)用有可能產(chǎn)生一定的影響。代謝組學(xué)是研究關(guān)于生物體被擾動(dòng)后其代謝產(chǎn)物種類、數(shù)量及其變化規(guī)律的科學(xué)。
GC-MS非靶向代謝組學(xué)能檢測(cè)到哪些類別的代謝物?衍生化極大地拓展了GC/MS的檢測(cè)分析范圍。GC/MS能檢測(cè)到有機(jī)酸、氨基酸、單糖、糖醇、胺類、脂肪酸、吲哚、單甘油酯、核苷、二糖、生育酚、甾醇和膽汁酸等代謝物。如何提高定性準(zhǔn)確度?GC/MS的定性有雙重標(biāo)準(zhǔn),一是保留指數(shù),二是質(zhì)譜信息的相似度(similarity)。不同于LC/MS的軟電離源,GC/MS使用的EI源屬于硬電離,能量較強(qiáng)且穩(wěn)定,在將代謝物分子電離后,分子離子峰進(jìn)一步碎裂產(chǎn)生豐富的碎片離子。因此,我們很難在GC/MS上看到分子離子峰。GC/MS提供的是代謝物的“指紋圖譜”,將儀器得到的實(shí)際指紋圖譜和質(zhì)譜庫(kù)(如NIST庫(kù))進(jìn)行比對(duì)后,我們將會(huì)得到一個(gè)叫相似度的指標(biāo)。保留指數(shù)和相似度都必須滿足設(shè)定的閾值,軟件才會(huì)給出色譜峰的定性結(jié)果。然后采用標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)譜信息進(jìn)行完全比對(duì)定性,也就是說只有經(jīng)過標(biāo)準(zhǔn)品比對(duì),代謝物才是被100%定性。代謝組學(xué)是在基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)之后新近發(fā)展起來的一門學(xué)科。浙江代謝組學(xué)應(yīng)用
代謝組學(xué)在食品安全領(lǐng)域,利用代謝組學(xué)工具發(fā)現(xiàn)農(nóng)獸藥等在動(dòng)植物體內(nèi)的相關(guān)生物標(biāo)志物也是一個(gè)熱點(diǎn)領(lǐng)域。山東脂質(zhì)代謝組學(xué)多分析
代謝組學(xué)研究方法: 對(duì)于代謝產(chǎn)物來說,不只只有質(zhì)譜峰這個(gè)特征。更進(jìn)一步說,質(zhì)譜(MS)并不能檢測(cè)出所有的代謝產(chǎn)物,并不是因?yàn)橘|(zhì)譜的靈敏度不夠,而是由于質(zhì)譜只能檢測(cè)離子化的物質(zhì),但有些代謝產(chǎn)物在質(zhì)譜儀中不能被離子化。采用核磁共振(NMR)的方法,可以彌補(bǔ)色譜的不足。過去,只有毒理學(xué)方面的研究使用核磁共振,而質(zhì)譜只在植物代謝研究中采用。如今,這兩種方法在代謝組學(xué)研究中已經(jīng)普遍使用。為在不同樣品間進(jìn)行有意義的比較,研究人員必須結(jié)合使用這兩種方法獲得的大量數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。此外,還需要結(jié)合基因組學(xué)研究獲得的數(shù)據(jù)。山東脂質(zhì)代謝組學(xué)多分析