什么是轉(zhuǎn)錄組測序？轉(zhuǎn)錄組廣義上指在某一生理條件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄組產(chǎn)物的組合，包括：mRNA、ncRNA、rRNA等；狹義上指所有mRNA的組合。轉(zhuǎn)錄組測序的研究對象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，主要包括mRNA和ncRNA。轉(zhuǎn)錄組具有時間特異性、組織特異性、空間特異性等特點。普通轉(zhuǎn)錄組測序適用于哪些情況？普通轉(zhuǎn)錄組測序主要適用于兩大類：一是不同的生長階段或者發(fā)育過程；二是不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)和表達水平的同時，還能發(fā)現(xiàn)未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本。四川外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用

單細(xì)胞 RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)的工作流程：單細(xì)胞 RNA 測序等高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)通常從針對不同瘤和組織類型（解離、分選和分離細(xì)胞等）量身定制的實驗工作流程開始，然后產(chǎn)生可以比對的序列，量化、質(zhì)量控制 (QC) 過濾和以不同方式標(biāo)準(zhǔn)化，以實現(xiàn)許多下游計算分析，例如聚類分析以識別轉(zhuǎn)錄不同的細(xì)胞類型和亞群，等位基因分析以識別單核苷酸變異（SNV，用星號表示）或拷貝數(shù)變體（CNV）、軌跡分析、剪接檢測或瘤的微環(huán)境（TME）相互作用的推斷中。mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)領(lǐng)域轉(zhuǎn)錄組學(xué)是研究細(xì)胞表型和功能的一個重要手段。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)的概念：轉(zhuǎn)錄組是指特定組織或細(xì)胞在某一發(fā)育階段或功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的匯合，包括蛋白質(zhì)編碼的信使RNA和非編碼RNA（rRNA、tRNA和其他ncRNAs），高通量測序技術(shù)也被稱為下一代測序（NGS）技術(shù)，推進了基因組學(xué)的研究進展。該項新技術(shù)除了研究靜態(tài)基因組，近年來也開始應(yīng)用于動態(tài)轉(zhuǎn)錄分析，由此衍生的技術(shù)稱為RNA序列分析（RNA-seq）隨著DNA基因芯片技術(shù)的快速發(fā)展，開創(chuàng)了這個病癥近十年的高通量轉(zhuǎn)錄組研究。RNA-Seq技術(shù)可以從轉(zhuǎn)錄水平檢測瘤中的改變基因。通過相關(guān)軟件分析，鑒定相關(guān)改變基因在瘤發(fā)生的發(fā)展中所起的作用。然后經(jīng)過刷選，進一步挑選出相關(guān)靶基因進行實驗研究，有望為瘤的基因醫(yī)治提供新的靶點。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)(transcriptomics)是功能基因組學(xué)(FunctionalGenomics)研究的重要組成部分，是一門在整體水平上研究細(xì)胞中所有基因轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。隨著人類基因組計劃HGP(HumanGenomeProject)的完成，科學(xué)家也逐漸認(rèn)識到對基因結(jié)構(gòu)序列的研究只是基因組學(xué)研究的一部分，并不能揭示所有的生命奧秘，所以接下來需要解決的問題是：研究這些基因序列的功能、參與的生命過程、表達調(diào)控方式，以及這些基因在不同的時空條件下的表達差異等。這些問題都需要功能基因組學(xué)技術(shù)來解決，而轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)是功能基因組學(xué)研究的重要組成部分。對基因及其轉(zhuǎn)錄表達產(chǎn)物功能研究的功能基因組學(xué)，將為疾病控制和新藥開發(fā)、作物和畜禽品種的改良提供新思路，為人類解決健康問題、食物問題、能源問題和環(huán)境問題提供新方法。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序包括mRNA和非編碼RNA。

宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)也稱為環(huán)境轉(zhuǎn)錄組學(xué)，指從整體水平上研究某一特定環(huán)境、特定時期菌群群體全部基因轉(zhuǎn)錄情況以及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律，以揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應(yīng)機制，探索環(huán)境與微生物之間的相互作用機理。其適用范圍包括人體微生態(tài)、環(huán)境、工業(yè)、農(nóng)業(yè)等領(lǐng)域。宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)以生態(tài)環(huán)境中的全部RNA為研究對象，避開了微生物分離培養(yǎng)困難的問題，能有效的擴展微生物資源的利用空間。應(yīng)用領(lǐng)域：包括腸道微生物、口腔微生物、糞便微生物、人體組織微生物。狹義上轉(zhuǎn)錄組學(xué)的指所有mRNA的組合。四川外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用

轉(zhuǎn)錄學(xué)組測序能夠提供更普遍的檢測范圍。四川外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用

單細(xì)胞RNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)工作流程：單細(xì)胞RNA測序等高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)通常從針對不同瘤和組織類型（解離、分選和分離細(xì)胞等）量身定制的實驗工作流程開始，然后產(chǎn)生可以比對的序列，量化、質(zhì)量控制(QC)過濾和以不同方式標(biāo)準(zhǔn)化，以實現(xiàn)許多下游計算分析，例如聚類分析以識別轉(zhuǎn)錄不同的細(xì)胞類型和亞群，等位基因分析以識別單核苷酸變異（SNV，用星號表示）或拷貝數(shù)變體（CNV）、軌跡分析、剪接檢測或瘤的微環(huán)境（TME）相互作用的推斷中。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的分析通常因精心設(shè)計的研究設(shè)計而變得復(fù)雜，這些設(shè)計可能包括來自患病和未患病個體的樣本、在不同時間點（例如，診療前和診療后）收集的同一個人的多個樣本，或來自表現(xiàn)出不同疾病狀態(tài)的不同個體的多個樣本。這樣的研究設(shè)計可以發(fā)現(xiàn)患者共享的轉(zhuǎn)錄特征，這些特征可能定義疾病中常見的干擾分子途徑。四川外泌體轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用