蛋白質(zhì)翻譯后修飾自中而下分析策略：自中而下的蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)可用于組蛋白修飾的分析。樣品制備與普遍使用的自下而上的分析策略相同，直到得到純化的組蛋白。提取組蛋白后，用GluC進(jìn)行消化。然后用弱陽(yáng)離子交換/親水相互作用色譜（WCX-HILIC）與配備電子轉(zhuǎn)移解離（ETD）的高分辨率質(zhì)譜聯(lián)機(jī)聯(lián)用，對(duì)樣品進(jìn)行理想的分離。譜識(shí)別可以用傳統(tǒng)的軟件進(jìn)行，但是由于估計(jì)適當(dāng)?shù)腻e(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率的問(wèn)題，需要對(duì)結(jié)果進(jìn)行過(guò)濾。自上而下分析策略：自上而下的技術(shù)可以直接引入完整的蛋白質(zhì)并在串聯(lián)質(zhì)譜儀上對(duì)其進(jìn)行片段化，不需要蛋白質(zhì)水解消化。目前，有兩種完全分離蛋白質(zhì)的方法：離線和在線。前者用四維分離法，后者用WCX-HILIC。蛋白質(zhì)發(fā)生翻譯后修飾時(shí)其分子質(zhì)量會(huì)發(fā)生響應(yīng)的改變，通過(guò)質(zhì)譜能夠精確測(cè)定蛋白質(zhì)或多肽的分子質(zhì)量。杭州亞硝基化修飾蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)服務(wù)
乙?；揎椀鞍捉M學(xué)介紹：蛋白質(zhì)乙?；?Acetylation)是蛋白在乙?；D(zhuǎn)移酶(或非酶)的催化下，將乙?；鶊F(tuán)轉(zhuǎn)移并添加在蛋白賴氨酸殘基或蛋白N端上的過(guò)程，在調(diào)控蛋白質(zhì)功能、染色質(zhì)結(jié)構(gòu)和基因表達(dá)中起重要作用。乙?；揎椫饕譃閮深悾旱鞍譔端的乙?；揎椇偷鞍踪嚢彼嵘系囊阴；揎?。N端乙?；揎棿蟛糠职l(fā)生在真核生物的蛋白上，由N乙酰轉(zhuǎn)移酶(NATs)催化；賴氨酸上的乙酰化修飾是一個(gè)可逆的過(guò)程，主要由賴氨酸乙?；?KATs)和賴氨酸去乙?；?KDACs)催化。深圳丙?；揎椀鞍踪|(zhì)組學(xué)方法泛素化修飾還可以直接影響蛋白質(zhì)的活性和定位。
糖基化修飾蛋白質(zhì)組學(xué)：蛋白質(zhì)的糖基化具有異質(zhì)性。不同的糖鏈可以連接到同一位點(diǎn)上，不同位點(diǎn)可以連接到同一蛋白質(zhì)上的不同糖鏈上。糖基化的異質(zhì)性嚴(yán)重阻礙了糖蛋白的分離和分析。不同糖類型的相同蛋白質(zhì)，在電泳上會(huì)出現(xiàn)分散的條帶，導(dǎo)致信號(hào)分散。此外，對(duì)低豐度蛋白質(zhì)的識(shí)別性差導(dǎo)致糖蛋白在色譜圖中分離不佳，質(zhì)譜中有一簇分子量不準(zhǔn)確的分辨不清的峰。目前，蛋白糖基化研究的主要策略是利用現(xiàn)有的技術(shù)體系對(duì)糖基化蛋白的糖基化肽段進(jìn)行分離和富集，消除糖基化的異質(zhì)性及其對(duì)質(zhì)譜的影響，標(biāo)記糖基化位點(diǎn)。從而實(shí)現(xiàn)高通量糖蛋白和糖基化位點(diǎn)的識(shí)別。常用的糖蛋白分離和富集技術(shù)有：a. 凝集素親和技術(shù)；b. 肼化學(xué)富集；c. 親水性相互作用色譜法；d. β-消除/邁克爾加成反應(yīng)?；谫|(zhì)譜的糖蛋白鑒定和糖基化位點(diǎn)測(cè)定方法有：a. PNGase F酶法；b. Endo H酶法；c. 三氟甲烷磺酸(TFMS)法。
琥珀?；揎椀鞍踪|(zhì)組技術(shù)特點(diǎn)：采用主流抗體親和富集方法，特異性高，富集效率好；通過(guò)高分辨率、高掃描速度的質(zhì)譜，對(duì)富集的琥珀?；亩芜M(jìn)行大規(guī)模鑒定；結(jié)合常用的定量技術(shù)可對(duì)不同樣品間的琥珀?；讲町愡M(jìn)行定量比較。適用范圍：藥物作用靶點(diǎn)研究；疾病標(biāo)志物篩選；植物脅迫/抗逆研究；作用機(jī)制研究；要求物種具有蛋白質(zhì)參考數(shù)據(jù)庫(kù)、EST序列（轉(zhuǎn)錄組）或基因組注釋信息。應(yīng)用方向：線粒體代謝、生物合成與代謝、中心代謝途徑、炎癥與疾病。蛋白質(zhì)的翻譯后修飾通過(guò)可逆的共價(jià)鍵將小分子或蛋白質(zhì)與底物蛋白質(zhì)上特定的氨基酸結(jié)合。
磷酸化修飾蛋白組學(xué)應(yīng)用：蛋白質(zhì)組（Proteome）泛指一個(gè)生命體內(nèi)所有蛋白質(zhì)，蛋白質(zhì)組學(xué)（Proteomics）是以蛋白質(zhì)組為研究對(duì)象，研究細(xì)胞、組織或生物體蛋白質(zhì)組成及其變化規(guī)律的科學(xué)，是對(duì)蛋白質(zhì)進(jìn)行定性、定量及功能的分析。定性分析包括鑒定蛋白質(zhì)的序列、PTM及蛋白之間的相互作用，對(duì)比來(lái)看，磷酸化蛋白質(zhì)組（Phosphoproteome）就是蛋白質(zhì)組中全部的磷酸化蛋白質(zhì)，而磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)（Phosphoproteomics，下文簡(jiǎn)稱PP）就是針對(duì)磷酸化蛋白質(zhì)的全方面的分析，包括對(duì)磷酸化的鑒定、定位和定量。本來(lái)屬于蛋白質(zhì)組學(xué)的一個(gè)分支，但隨著研究的深入，人們?cè)诟鱾€(gè)領(lǐng)域關(guān)于PP都有重大發(fā)現(xiàn)，基于PP的研究也越來(lái)越多。乙?；揎検侵冈诿富蚍敲缸饔孟?，將乙酰CoA的乙?；鶊F(tuán)轉(zhuǎn)移至蛋白質(zhì)氨基酸的殘基上。深圳丙?；揎椀鞍踪|(zhì)組學(xué)方法
質(zhì)譜可以分辨蛋白質(zhì)修飾前和修飾后分子量上的變化。杭州亞硝基化修飾蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)服務(wù)
乙?；揎椀鞍捉M學(xué)簡(jiǎn)介：乙?；前岩环N乙酰官能基團(tuán)添加到另一種有機(jī)化合物上，并進(jìn)行結(jié)合的過(guò)程。乙?；彩羌?xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)翻譯后修飾的一種重要形式，其主要發(fā)生在組蛋白賴氨酸上，是由組蛋白乙酰轉(zhuǎn)移酶 (HATs) 催化的，其反過(guò)程去乙?；山M蛋白去乙酰酶 (Histone deacetylases，HDs 或者 HDACs) 催化的。關(guān)鍵組蛋白的 N-末端富含賴氨酸，生理?xiàng)l件下帶正電，按照組成可以分為 5 種，包括：關(guān)鍵組蛋白（core histone）：H2A、H2B、H3、H4；連接組蛋白（linker histone）：H1。組蛋白結(jié)構(gòu)高度保守，尤其是 H4。關(guān)鍵組蛋白由球形部和尾部構(gòu)成，球形部借 Arg 與磷酸二脂骨架間的靜電作用使 DNA 分子纏繞在組蛋白關(guān)鍵上，形成核小體，尾部含有大量 Arg 和 Lys，為轉(zhuǎn)譯后修飾的部位。H1 多樣性，具有屬和組織特異性。杭州亞硝基化修飾蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)服務(wù)