蛋白質(zhì)組學主要以全蛋白組（組織、細胞）、線粒體蛋白組、葉綠體蛋白組和外泌體蛋白組為研究對象，通過對蛋白組進行定性、定量、分子功能分析、通路互作分析和蛋白互作分析，揭示生物學功能、作用機制、疾病診斷的標志物以及預測蛋白的上、下游變化關(guān)系。蛋白質(zhì)組學可以克服核酸水平預測的不確定性、反映核酸翻譯后修飾情況。常用技術(shù)：非靶向蛋白組學：蛋白質(zhì)定性（膠條鑒定和溶液鑒定），高通量定量蛋白組（Labelfree、iTRAQ/TMT和DIA定量），多肽組學。蛋白質(zhì)組的研究能為眾多種疾病機理的闡明及攻克提供理論根據(jù)和解決途徑。北京修飾蛋白組學研究
蛋白組學研究怎么做？PRM:平行反應監(jiān)測(ParallelReactionMonitoring)是一種基于高分辨、高精度質(zhì)譜的離子監(jiān)視技術(shù)，能夠?qū)δ繕说鞍踪|(zhì)、目標肽段（如發(fā)生翻譯后修飾的肽段）進行選擇性檢測，從而實現(xiàn)對目標蛋白質(zhì)/肽段進行一定定量，因此也被稱之為基于液相色譜質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)的WesternBlot（LC-MSMSbasedWesternBlot,L-WB）。PRM技術(shù)基于Q-Orbitrap為表示的高分辨、高精度質(zhì)譜平臺，首先利用四級桿質(zhì)量分析器的選擇能力，用Q1選擇目標肽段的母離子，隨后在Collisioncell中對母離子進行碎裂，之后利用Orbitrap分析器在二級質(zhì)譜中檢測所選擇的母離子窗口內(nèi)的所有碎片信息。這樣即可對復雜樣本中的目標蛋白質(zhì)/肽段進行準確地特異性分析。濟南DIA定量蛋白質(zhì)組學項目蛋白質(zhì)組與基因組相對應，也是一個整體的概念。
蛋白質(zhì)組學的目標是要回答關(guān)于蛋白質(zhì)的4個方面的問題:①細胞中蛋白質(zhì)的含量。②定位。③活性。④修飾。蛋白質(zhì)組學的研究方法主要有:①蛋白質(zhì)雙向電泳。②氨基酸序列測定（包括N端測序和C端測序)。③質(zhì)譜。④生物信息學。發(fā)育蛋白質(zhì)組學指在某一特定的生長發(fā)育時期，在特定的生長條件下，特定的細胞、組織中所表達的所有蛋白質(zhì)。發(fā)育蛋白質(zhì)組學揭示了在每個特定時期所表達的蛋白質(zhì)和這些不同的蛋白質(zhì)在特殊的生長時期可能發(fā)揮的作用，是進一步了解和深入研究蛋白質(zhì)功能的基礎(chǔ)。
蛋白質(zhì)組學與基因組學的差異：蛋白質(zhì)組和基因組（genome）在概念上有相關(guān)性，某一個蛋白質(zhì)組的蛋白質(zhì)是由其基因組所編碼的，然而蛋白質(zhì)組學和基因組學在研究對象和研究方法上有很大的區(qū)別?；蚪M在所有的細胞中幾乎都是完整的，與之不同，蛋白質(zhì)組具有很高的細胞和組織特異性，不同的細胞組織表達不同的蛋白質(zhì)組。蛋白質(zhì)組的復雜性也遠遠高于基因組，這是因為一個基因≠一個轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物≠一個蛋白質(zhì)。比如據(jù)估計人的基因組由30000個基因組成，經(jīng)mRNA剪切和蛋白質(zhì)翻譯后修飾將產(chǎn)生20萬~200萬個蛋白質(zhì)。由于不同的轉(zhuǎn)錄起始和mRNA剪切使同一基因產(chǎn)生了不同的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物。同樣由于不同的翻譯起始，一個mRNA可以翻譯成不同的蛋白質(zhì)。蛋白質(zhì)組研究技術(shù)涉及到各種重要的生物學現(xiàn)象，如信號轉(zhuǎn)導、細胞分化、蛋白質(zhì)折疊等。
什么樣本能做蛋白組學檢測？大概可以測到多少的蛋白種類？原則上只要能提取到蛋白，就可以做蛋白組檢測。樣本測到的蛋白種類跟數(shù)據(jù)庫和樣本本身蛋白濃度有關(guān)，一般數(shù)據(jù)庫越大，可以鑒定到的蛋白質(zhì)數(shù)量越多。也與樣本的類型有關(guān)，通常，組織細胞相比于體液樣本，能夠鑒定到更多的蛋白。蛋白組學樣本寄送前是否需要精確計數(shù)或是稱量？不同樣本寄送會有不同的送樣要求，按照收集方法提供可以保證實驗用量充足。不需要精確計數(shù)或是稱量，項目開展前會進行蛋白濃度的測定，后續(xù)也是不同樣本等蛋白量處理、上機檢測，但是要保證每個樣本的寄樣量達到實驗要求。蛋白質(zhì)組學的研究方法將出現(xiàn)多種技術(shù)并存，各有優(yōu)勢和局限的特點。廣東定量乙?；鞍踪|(zhì)組學一般流程
蛋白質(zhì)組學為農(nóng)業(yè)作物的進一步開發(fā)利用提供巨大的參考價值。北京修飾蛋白組學研究
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