常規(guī)蛋白質(zhì)組學：Labelfree多肽組學：顧名思義，就是不使用任何標記方法，直接對肽段進行質(zhì)譜鑒定和定性定量分析。實驗流程簡單，只需要對蛋白進行常規(guī)酶解和除鹽步驟即可上機。定量方式分為兩種：峰面積（Peakintensity）和峰計數(shù)（Spectralcount），常用的是峰面積。不過，由于質(zhì)譜采集時只選取topN的母離子進行二級碎裂和MS2檢測，所以會丟失一些豐度較低的肽段信息，缺失值比較多。TMT/iTRAQ標記定量蛋白組學：TMT全稱是TandemMassTag，是經(jīng)典化學標記試劑，普遍用于差異表達蛋白質(zhì)組分析研究中。該技術(shù)采用6重、10重或16重同位素標簽，與肽段的氨基發(fā)生共價結(jié)合反應，可實現(xiàn)同時對6個/10個/16個不同樣品中蛋白質(zhì)的定性和定量分析。（目前16標鹿明生物可提供技術(shù)服務）。蛋白質(zhì)組學由此獲得蛋白質(zhì)水平上的關于疾病發(fā)生，細胞代謝等過程的整體而全方面的認識。PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學研究
定量蛋白質(zhì)組學的方法學背景和意義：從生命活動的直接執(zhí)行者——蛋白質(zhì)的角度研究生命現(xiàn)象和規(guī)律（特別是疾病防治和病理研究）已成為研究生命科學的主要手段。而這些研究往往離不開對細胞、組織中含有蛋白質(zhì)種類和表達量的研究。對處不同時期、不同條件下蛋白質(zhì)表達水平變化的研究，識別功能模塊和路徑，監(jiān)控疾病的生物標志物，這些研究都需要對蛋白質(zhì)進行鑒定和定量。生物質(zhì)譜技術(shù)的出現(xiàn)和不斷成熟為蛋白質(zhì)差異表達分析提供了更可靠、動態(tài)范圍更廣的研究手段?；谫|(zhì)譜技術(shù)，科學家們不斷開發(fā)出新的定量蛋白質(zhì)組學方法，來了解細胞、組織或生物體的整體蛋白質(zhì)動力學。哈爾濱Label free非標記定量蛋白質(zhì)組學分析方法蛋白質(zhì)組學相關技術(shù)目前在一小部分]應用中具有獨特優(yōu)勢。
蛋白質(zhì)組學概念：蛋白質(zhì)組學（英語：proteomics，又譯作蛋白質(zhì)體學），是以蛋白質(zhì)組為研究對象，研究細胞、組織或生物體蛋白質(zhì)組成及其變化規(guī)律的科學。蛋白質(zhì)組（Proteome）一詞，源于蛋白質(zhì)（protein）與基因組（genome）兩個詞的組合，意指“一種基因組所表達的全套蛋白質(zhì)”，即包括一種細胞乃至一種生物所表達的全部蛋白質(zhì)。蛋白質(zhì)組學本質(zhì)上指的是在大規(guī)模水平上研究蛋白質(zhì)的特征，包括蛋白質(zhì)的表達水平，翻譯后的修飾，蛋白與蛋白相互作用等，由此獲得蛋白質(zhì)水平上的關于疾病發(fā)生，細胞代謝等過程的整體而全方面的認識。
PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學分析流程是怎樣的？要做PRM首先要明確目標蛋白（或多肽）是什么，設計和建立針對這些目標蛋白PRM質(zhì)譜采集方法，然后對待測樣品進行PRM數(shù)據(jù)采集，將得到的原始譜圖數(shù)據(jù)導入分析軟件提取子離子信息進行定量。另外，如果配制已知濃度的標準肽段，用PRM額外做一個標準曲線，即可實現(xiàn)一定的定量。PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學技術(shù)能應用到哪些方面？研究工作中涉及到蛋白或多肽定量的都可以通過PRM技術(shù)來實現(xiàn)。具體說來，比如驗證定量蛋白質(zhì)組學中某些蛋白的變化，多肽的相對和一定的定量，想做蛋白定量卻沒有抗體，針對蛋白修飾位點的定量，想同時定量多個蛋白的情況等，都可以用PRM來做。蛋白質(zhì)組學的研究方法將出現(xiàn)多種技術(shù)并存。
蛋白質(zhì)組學技術(shù)：電噴霧質(zhì)譜：ESI-MS是利用高電場使質(zhì)譜進樣端的毛細管柱流出的液滴帶電，在N2氣流的作用下，液滴溶劑蒸發(fā)，表面積縮小，表面電荷密度不斷增加，直至產(chǎn)生的庫侖力與液滴表面張力達到雷利極限，液滴爆裂為帶電的子液滴，這一過程不斷重復使液滴非常細小呈噴霧狀，這時液滴表面的電場非常強大，使分析物離子化并以帶單電荷或多電荷的離子形式進入質(zhì)量分析器。ESI-MS從液相中產(chǎn)生離子，一般說來，肽段的混合物經(jīng)過液相色譜分離后，經(jīng)過偶聯(lián)的與在線連接的離子阱質(zhì)譜分析，給出肽片段的精確的氨基酸序列,但是分析時間一般較長。目前，許多實驗室兩種質(zhì)譜方法連用，獲得有意義的蛋白質(zhì)的肽段序列，設計探針或引物來獲得有意義的基因。隨著蛋白質(zhì)組研究的深入，又有多種新型質(zhì)譜儀出現(xiàn)，主要是在上述質(zhì)譜儀的基礎上進行改進與重新組合。蛋白質(zhì)組可以隨著組織、甚至環(huán)境狀態(tài)的不同而改變。上海PRM定量蛋白質(zhì)組學費用
蛋白質(zhì)組學技術(shù)有等電聚焦。PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學研究
我們究竟怎么研究蛋白質(zhì)組學呢？目前高通量檢測蛋白質(zhì)的方法中，還是首推基于質(zhì)譜的方法，納流液相可以將復雜樣品中的肽段高效地分離，然后依次進入質(zhì)譜，對每個被離子化的肽段及其碎裂后碎片的荷質(zhì)比進行分析，從而得到該肽段的序列信息，然后根據(jù)對應的色譜峰面積或者報告離子強度等信息，我們又可以得到該肽段的定量信息。蛋白組學研究怎么做？當下蛋白組學研究中應用比較普遍的技術(shù)是同位素標記定量（iTRAQ/TMT技術(shù)）。iTRAQ/TMT技術(shù)是利用DDA掃描模式，其掃描的方式是將一級質(zhì)譜信號比較強的Top20的多肽進行二級打碎，然后進入二級質(zhì)譜進行檢測。其優(yōu)勢是二級譜圖采集的肽段信息都來源于同一條多肽，有利于后續(xù)的定性分析。PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學研究
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