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蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù):等電聚焦:等電聚焦(isoelectricfocusing,IEF)是一種利用有pH梯度的介質(zhì)分離等電點(diǎn)不同的蛋白質(zhì)的電泳技術(shù)。等電聚焦凝膠電泳依據(jù)蛋白質(zhì)分子的靜電荷或等電點(diǎn)進(jìn)行分離,等電聚焦中,蛋白質(zhì)分子在含有載體兩性電解質(zhì)形成的一個(gè)連續(xù)而穩(wěn)定的線性pH梯度中電泳。載體兩性電解質(zhì)是脂肪族多氨基多羧酸,在電場中形成正極為酸性,負(fù)極為堿性的連續(xù)的pH梯度。蛋白質(zhì)分子在偏離其等電點(diǎn)的pH條件下帶有電荷,因此可以在電場中移動(dòng);當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)遷移至其等電點(diǎn)位置時(shí),其靜電荷數(shù)為零,在電場中不再移動(dòng),據(jù)此將蛋白質(zhì)分離。蛋白質(zhì)組學(xué)相關(guān)技術(shù)目前在一小部分]應(yīng)用中具有獨(dú)特優(yōu)勢。山東醫(yī)學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)方法
蛋白質(zhì)組學(xué)研究這樣做:蛋白質(zhì)組與基因組相對應(yīng),也是一個(gè)整體的概念,隨著基因組學(xué)研究的不斷深入,蛋白質(zhì)組學(xué)已逐漸成為研究熱點(diǎn),對蛋白組學(xué)的研究可以使我們更容易接近生命的機(jī)理本質(zhì),但探究成千上萬的蛋白質(zhì)特性也是一個(gè)重大的技術(shù)挑戰(zhàn)。蛋白質(zhì)組(Proteome)指的是某一時(shí)刻或某一狀態(tài)基因組表達(dá)的所有相應(yīng)的蛋白,即細(xì)胞、組織或機(jī)體全部蛋白質(zhì)的存在及活動(dòng)形式,其是一個(gè)動(dòng)態(tài)概念,它是在組織、細(xì)胞的整體蛋白質(zhì)水平上,探索蛋白質(zhì)作用模式、功能機(jī)理、調(diào)節(jié)控制以及蛋白質(zhì)群體內(nèi)的相互關(guān)系、從而獲得生命活動(dòng)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的全方面而深入的認(rèn)識(shí),以揭示生命活動(dòng)的基本規(guī)律。貴陽外泌體蛋白質(zhì)組學(xué)服務(wù)蛋白質(zhì)組的研究能為眾多種疾病機(jī)理的闡明及攻克提供理論根據(jù)和解決途徑。
蛋白質(zhì)組研究內(nèi)容:1.蛋白質(zhì)鑒定:可以利用一維電泳和二維電泳并結(jié)合Western等技術(shù),利用蛋白質(zhì)芯片和抗體芯片及免疫共沉淀等技術(shù)對蛋白質(zhì)進(jìn)行鑒定研究。2.翻譯后修飾:很多mRNA表達(dá)產(chǎn)生的蛋白質(zhì)要經(jīng)歷翻譯后修飾如磷酸化,糖基化,酶原刺激等。翻譯后修飾是蛋白質(zhì)調(diào)節(jié)功能的重要方式,因此對蛋白質(zhì)翻譯后修飾的研究對闡明蛋白質(zhì)的功能具有重要作用?;?受體結(jié)合分析??梢岳没蚯贸头戳x技術(shù)分析基因表達(dá)產(chǎn)物-蛋白質(zhì)的功能。另外對蛋白質(zhì)表達(dá)出來后在細(xì)胞內(nèi)的定位研究也在一定程度上有助于蛋白質(zhì)功能的了解。
蛋白質(zhì)組(Proteome)的概念指由一個(gè)基因組(genome),或一個(gè)細(xì)胞、組織表達(dá)的所有蛋白質(zhì)(Protein).蛋白質(zhì)組的概念與基因組的概念有許多差別,它隨著組織、甚至環(huán)境狀態(tài)的不同而改變.在轉(zhuǎn)錄時(shí),一個(gè)基因可以多種mRNA形式剪接,并且,同一蛋白可能以許多形式進(jìn)行翻譯后的修飾.故一個(gè)蛋白質(zhì)組不是一個(gè)基因組的直接產(chǎn)物,蛋白質(zhì)組中蛋白質(zhì)的數(shù)目有時(shí)可以超過基因組的數(shù)目.蛋白質(zhì)組學(xué)(Proteomics)處于早期“發(fā)育”狀態(tài),這個(gè)領(lǐng)域的**否認(rèn)它是單純的方法學(xué),就像基因組學(xué)一樣,不是一個(gè)封閉的、概念化的穩(wěn)定的知識(shí)體系,而是一個(gè)領(lǐng)域.蛋白質(zhì)組學(xué)集中于動(dòng)態(tài)描述基因調(diào)節(jié),對基因表達(dá)的蛋白質(zhì)水平進(jìn)行定量的測定,鑒定疾病、藥物對生命過程的影響,以及解釋基因表達(dá)調(diào)控的機(jī)制.作為一門科學(xué)。通過對正常個(gè)體及病理個(gè)體間的蛋白質(zhì)組比較分析,我們可以找到某些“疾病特異性的蛋白質(zhì)分子”。
常規(guī)蛋白質(zhì)組學(xué):Labelfree多肽組學(xué):顧名思義,就是不使用任何標(biāo)記方法,直接對肽段進(jìn)行質(zhì)譜鑒定和定性定量分析。實(shí)驗(yàn)流程簡單,只需要對蛋白進(jìn)行常規(guī)酶解和除鹽步驟即可上機(jī)。定量方式分為兩種:峰面積(Peakintensity)和峰計(jì)數(shù)(Spectralcount),常用的是峰面積。不過,由于質(zhì)譜采集時(shí)只選取topN的母離子進(jìn)行二級(jí)碎裂和MS2檢測,所以會(huì)丟失一些豐度較低的肽段信息,缺失值比較多。TMT/iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué):TMT全稱是TandemMassTag,是經(jīng)典化學(xué)標(biāo)記試劑,普遍用于差異表達(dá)蛋白質(zhì)組分析研究中。該技術(shù)采用6重、10重或16重同位素標(biāo)簽,與肽段的氨基發(fā)生共價(jià)結(jié)合反應(yīng),可實(shí)現(xiàn)同時(shí)對6個(gè)/10個(gè)/16個(gè)不同樣品中蛋白質(zhì)的定性和定量分析。(目前16標(biāo)鹿明生物可提供技術(shù)服務(wù))。蛋白質(zhì)組學(xué)包括蛋白質(zhì)的表達(dá)水平。湖北4D定量蛋白質(zhì)組學(xué)一般流程
蛋白質(zhì)組學(xué)研究的首要任務(wù)是建立獲取和分析蛋白質(zhì)的常規(guī)、可靠、有效的技術(shù)。山東醫(yī)學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)方法
蛋白組學(xué)技術(shù):蛋白質(zhì)組學(xué)研究的首要任務(wù)是建立獲取和分析蛋白質(zhì)的常規(guī)、可靠、有效的技術(shù)。為達(dá)到這一要求,就需要樣品準(zhǔn)備、數(shù)據(jù)獲取標(biāo)準(zhǔn)化及自動(dòng)化,也就是要有可重復(fù)的高通量的技術(shù)。蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)手段在不斷完善,其工作流程,包括蛋白質(zhì)樣本的制備、分離、定量及鑒定。由雙向凝膠電泳、質(zhì)譜技術(shù)、酵母雙雜交系統(tǒng)、蛋白質(zhì)微陣列技術(shù)、能進(jìn)行大規(guī)模數(shù)據(jù)處理的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)和軟件、軟電離技術(shù)及生物信息學(xué)技術(shù)構(gòu)成了蛋白質(zhì)組學(xué)研究的主要技術(shù)體系。其中蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)中的質(zhì)譜技術(shù)是現(xiàn)在比較常用的一種蛋白質(zhì)鑒定技術(shù)。山東醫(yī)學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)方法
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