聯(lián)合亞硫酸氫鈉的限制性內(nèi)切酶分析法（COBRA）

這種方法是將亞硫酸氫鹽處理與酶切相結(jié)合來進(jìn)行甲基化檢測。DNA樣本經(jīng)亞硫酸氫鹽處理后，利用PCR擴(kuò)增。擴(kuò)增產(chǎn)物純化后用限制性內(nèi)切酶（BstUI）消化。若其識別序列中的C發(fā)生完全甲基化(5mCG5mCG)，則 PCR擴(kuò)增后保留為CGCG，BstU I能夠識別并進(jìn)行切割；若待測序列中，C未發(fā)生甲基化，則PCR后轉(zhuǎn)變?yōu)門GTG，BstUI識別位點丟失，不能進(jìn)行切割。這樣酶切產(chǎn)物再經(jīng)電泳分離、探針雜交、掃描定量后即可計算出原樣本中甲基化的比例。

這種方法**的優(yōu)點就是相對簡單，可進(jìn)行快速定量，且需要的樣本量少。然而，它的局限性也十分明顯，只能獲得特殊酶切位點的甲基化情況，且陰性結(jié)果并不能排除樣品DNA中存在甲基化的可能。 甲基化驗證方案是TBS。北京MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)

    cfDNABS-Seq送樣要求一、送樣類型分離好的血漿二、保存方式分離后的血漿，用ml離心管分裝，例如：1ml/管；放-20℃冰箱中保存（短暫保存，1-2周）；放-80℃冰箱中長期保存(1年以內(nèi))；保存期間不能凍融。三、運(yùn)輸條件干冰運(yùn)輸：順豐陸運(yùn)（3-4天時間），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰四、抽血要求1、使用Streck**管（不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管），采集10ml外周靜脈血（客戶沒有Streck**管，公司配送）；2、室溫或者放置4℃冰箱中半小時以上，不超過8小時，進(jìn)行血漿分離步驟五、血漿分離步驟1、4℃條件下以1600g離心10min，離心后將上清（血漿）分裝到2、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細(xì)胞，將上清移入新的離心管中，每管分裝1ml;3、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運(yùn)輸,提取之前不能凍融。備注1：血漿分離在4℃條件進(jìn)行，如果客戶沒有冷凍離心機(jī)，也可以在室溫條件下進(jìn)行；備注2：離心后取血漿上清，避免吸取白細(xì)胞；通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿。 北京MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)在正常組織里, 70%到90%散在的CpG是被甲基修飾的。

    焦磷酸測序（Pyrosequencing）技術(shù)服務(wù)基于QIAGEN公司的PyroMarkQ96ID平臺，能提供基于序列測定的SNP檢測、等位基因頻率分析和甲基化檢測，雜合子缺失及細(xì)菌和病毒分型等技術(shù)服務(wù)。樣品要求·樣品類型細(xì)胞、新鮮組織或DNA樣品·樣品量細(xì)胞樣品請?zhí)峁┲辽?×106個細(xì)胞，組織樣品請?zhí)峁┲辽?00mg的組織塊或切片，DNA樣品請?zhí)峁?μg以上的DNA·樣品質(zhì)量基因組DNA無明顯降解，主帶清晰，大于23Kb，無明顯彌散。OD260/280值在～，濃度≥50ng/μl·樣品保存細(xì)胞樣品或新鮮組織塊（切成～50mg的小塊）可液氮凍存后，-80℃保存。DNA樣品可溶于乙醇或超純水中，-80℃保存。樣品保存期間避免反復(fù)凍融·樣品運(yùn)輸樣品置于ml凍存管中，封口膜封好，干冰運(yùn)輸。

血清甲基化用于乳腺*轉(zhuǎn)移早期篩查

Methylation patterns in serum

DNA for early identification of disseminated breast cancer. Genome

Med. 2017;22;9(1):115. (IF=

8.898)

本課題通過RRBS甲基化測序篩選組織(n=31)樣本, 確定了18個乳腺*特異性甲基化位點，選擇其中6個位點在大樣本量血清樣本(n=110)中得到進(jìn)一步驗證; 并通過更大量血清樣本(n=1344), **終篩選出血清EFC#93甲基化位點為早期診斷和***轉(zhuǎn)移性乳腺*Biomarker。 提供樣本DNA完整性質(zhì)檢結(jié)果。

    重亞硫酸鹽處理結(jié)合測序是目前檢測甲基化的金標(biāo)準(zhǔn)。除了全基因組甲基化測序技術(shù)等研究手段，對于大樣本量甲基化研究來說，更需要靈活、有針對性的技術(shù)方案。NGS-BSP方法適合幾個到幾十個基因或者位點進(jìn)行大樣本甲基化測序或者驗證項目，具有更快速的實驗周期及低成本優(yōu)勢。技術(shù)優(yōu)勢高效靈活的目標(biāo)區(qū)域甲基化檢測的工具BSP和高通量測序完美結(jié)合，單堿基分辨率適合幾個到幾十個位點的大樣本驗證項目適合所有動物樣本、周期快、檢測位點靈活、性價比高科學(xué)方案設(shè)計從項目背景了解、協(xié)助方案設(shè)計、實驗材料選取、建庫測序，到數(shù)據(jù)分析每個項目有特定的科學(xué)問題；需要專業(yè)、有價值的建議；科學(xué)、縝密的設(shè)計及時高效的溝通；以保障高質(zhì)量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=1ug(20個區(qū)域/位點)；樣品濃度>30ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150；測序深度：>。 DNA甲基化多發(fā)生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子。RIP-seq技術(shù)服務(wù)活動

云生物提供測序服務(wù)。北京MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)

    ATAC-seq（AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing）是使用高通量測序?qū)n5轉(zhuǎn)座酶可接近的核染色質(zhì)區(qū)域進(jìn)行測序分析的一種研究技術(shù)；該技術(shù)由美國斯坦福大學(xué)的研究人員開發(fā)，2013年***發(fā)表在NatureMethods（Buenrostroetal.,2013）。通過轉(zhuǎn)座酶對特定時空下開放的核染色質(zhì)區(qū)域進(jìn)行切割，獲得在該時空下基因組中所有活躍轉(zhuǎn)錄的調(diào)控序列。應(yīng)用領(lǐng)域，通常并不單獨使用。作為檢測表觀遺傳-染色質(zhì)開放狀態(tài)現(xiàn)象的方式，與樣本基因表達(dá)譜緊密相連，從靶標(biāo)基因的表觀狀態(tài)關(guān)聯(lián)到表達(dá)水平，具有強(qiáng)大的數(shù)據(jù)挖掘作用。2.通過關(guān)聯(lián)基因組、外顯子，染色質(zhì)免疫共沉淀（組蛋白修飾或轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合）測序信息，形成：表觀調(diào)控-基因組-基因表達(dá)的完整調(diào)控鏈。 北京MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)