N6-甲基脫氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修飾類型之一，在細菌、藻類及植物基因組中***存在，在DNA錯配修復(fù)、染色體分離和毒力調(diào)節(jié)中發(fā)揮作用。6mA免疫沉淀測序(6mA-IPSeq)通過特異性抗體富集6mA甲基化的DN**段，然后結(jié)合高通量測序技術(shù)在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量，快速、高效地尋找6mA甲基化區(qū)域。技術(shù)優(yōu)勢全基因組范圍鑒定6mA甲基化修飾區(qū)域技術(shù)方法適合所有物種(一般推薦藻類及植物)科學(xué)方案設(shè)計從項目背景了解、協(xié)助方案設(shè)計、實驗材料選取、建庫測序，到數(shù)據(jù)分析每個項目有特定的科學(xué)問題；需要專業(yè)、有價值的建議；科學(xué)、縝密的設(shè)計及時高效的溝通；以保障高質(zhì)量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>50ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150。 DNA異常甲基化與疾病的發(fā)生、發(fā)展有著密切的聯(lián)系。上海RRBS技術(shù)服務(wù)口碑推薦

微生物定植對腸道免疫和代謝相關(guān)基因DNA甲基化的影響——團隊成員發(fā)表

Early microbial colonization

affects DNA methylation of genes related to intestinal immunity and metabolism

in preterm pigs. DNA Res. 2018 Jan 19. (IF= 5.415)

我們以早產(chǎn)幼豬為模型，采用RRBS測序，比較正常(CON,

n=7) 和口服*** (AB, n=7)早產(chǎn)豬的腸道DNA甲基化差異，發(fā)現(xiàn)***減少了細菌密度及多樣性，同時改變了DNA甲基化水平。其中與先天免疫應(yīng)答、吞噬、內(nèi)皮穩(wěn)態(tài)和組織代謝等相關(guān)基因的DNA甲基化和表達存在***的差異。這種有賴腸道菌群的表觀遺傳修飾參與調(diào)控腸道免疫及營養(yǎng)代謝等，可能對早產(chǎn)兒的短期和長期的腸道健康至關(guān)重要。 上海6mA技術(shù)服務(wù)活動通過甲基化數(shù)據(jù)，篩選疾病耐藥的差異甲基化。

    焦磷酸測序(Pyrosequencing)隨著技術(shù)的不斷改進，現(xiàn)在認為焦磷酸測序技術(shù)（Pyrosequencing）是甲基化檢測新的金標準。焦磷酸測序作為一種新的序列分析技術(shù)，能夠快速地檢測甲基化的頻率，對樣品中的甲基化位點進行定性及定量檢測，為甲基化研究提供了新的途徑。在序列延伸過程中，根據(jù)C和T的摻入量來定量確定單個位點的C-T比例。因此，不同位點的甲基化變異就能被準確檢測，并給出精確的甲基化程度的數(shù)據(jù)。QIAGEN公司在焦磷酸測序的應(yīng)用上具有明顯的優(yōu)勢，目前提供三種焦磷酸測序儀器，通量由低到高，適合不同的應(yīng)用。PyroMarkQ24的強項在于可對多達24個樣品進行焦磷酸測序。需要大樣品量的應(yīng)用更適合在PyroMarkQ96ID上進行。在考慮到處理成百上千個樣品所需的大量試劑時，運行通量**化可能會使實驗成本變得很高。而PyroMarkQ96MD裝有一臺高度靈敏的光檢測攝像頭，可以在減少試劑量的情況下對少量的DNA模板進行準確測序。這些不同平臺的推出，對于我們實際研究提供了更有效的檢測手段。

DNA甲基化異常用于甲狀腺結(jié)節(jié)診斷

Identification of

Tissue-Specific DNA Methylation Signatures for Thyroid Nodule Diagnostics. Clin

Cancer Res. 2019;15;25(2):544-551 (IF=

10.199)

惡性結(jié)節(jié)和良性結(jié)節(jié)常常難以診斷。本課題通過RRBS檢測了109個甲狀腺組織的DNA甲基化，發(fā)現(xiàn)*旁、良性結(jié)節(jié)和*組織之間存在***差異，并在65個甲狀腺結(jié)節(jié)的回顧性隊列樣本中得到驗證。這些組織特異性DMR與活性增強子和**相關(guān)基因密切相關(guān)，表明DNA甲基化為甲狀腺結(jié)節(jié)提供準確的診斷。 甲基化驗證是甲基化研究必不可少的一環(huán)。

    全基因組甲基化測序（WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS）是將重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測序技術(shù)相結(jié)合，對有參考基因組進行全基因組范圍的單堿基分辨率的甲基化測序，是DNA甲基化檢測的“金標準”。WGBS滿足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關(guān)聯(lián)分析、基因調(diào)控分析、疾病的甲基化標志物篩選等探索性課題的研究。技術(shù)優(yōu)勢DNA甲基化檢測**有力的工具單堿基分辨率，檢測每個C堿基的甲基化狀態(tài)全基因組范圍，**限度地獲得甲基化信息適合所有有參考基因組的物種適合各種類型的樣本樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>30ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150；測序深度：>=30X信息分析基于全基因組范圍的甲基化分析，數(shù)據(jù)質(zhì)控，5mCCalling，5mC在基因組、染色體、功能元件上的分布，多樣本甲基化差異聚類，差異甲基化DMR鑒定及相關(guān)基因的功能分析，結(jié)合項目背景和科學(xué)問題的數(shù)據(jù)亮點挖掘。 細胞、全血、組織樣本干冰運輸。上海RRBS技術(shù)服務(wù)口碑推薦

芯片平臺作為目前比較成熟的篩選工具。上海RRBS技術(shù)服務(wù)口碑推薦

    將待測DNA經(jīng)過亞硫酸鹽處理，通過PCR擴增過程引入T7啟動子序列，經(jīng)T7DNA聚合酶的體外轉(zhuǎn)錄過程得到各樣本RNA產(chǎn)物，經(jīng)堿基特異性酶切處理，得到RNA小片段，并用飛行質(zhì)譜檢測每個片段的分子量，***EpiTYPER程序完成數(shù)據(jù)的自動化處理并報告每個檢測片段的甲基化程度。技術(shù)優(yōu)勢·檢測片段長：擴增片段長度可達500bp·高靈敏度：可發(fā)現(xiàn)低至5%甲基化水平，樣本起始量低至10ng?！ぶ貜?fù)性好：變異系數(shù)CV≤5%?！じ咝詢r比：用384孔板進行PCR反應(yīng)，一個擴增產(chǎn)物可以進行多重CpG位點分析，無需后續(xù)驗證，可直接用于文章發(fā)表。服務(wù)內(nèi)容1.根據(jù)客戶提供的序列信息進行預(yù)評估；2.進行樣本DNA的分離、純化、質(zhì)檢及亞硫酸鹽修飾。3.使用特殊設(shè)計的一對引物擴增樣本，得到帶有T7RNA聚合酶啟動子序列的擴增產(chǎn)物。4.在體外轉(zhuǎn)錄體系中，利用T7RNA聚合酶，將擴增產(chǎn)物轉(zhuǎn)錄為RN**斷。5.利用RNaseA能夠特異性識別并切割RNA中U3’端的特性，將RN**斷切割成攜帶有CpG位點的小片斷。6.使用sequenom®MassArray飛行質(zhì)譜分析系統(tǒng)檢測產(chǎn)物。由于同一片斷中，只有CpG和CpA之間16Da的分子量差別，即質(zhì)譜圖中兩者峰的差距。 上海RRBS技術(shù)服務(wù)口碑推薦