植物線粒體（pMtDNA）復(fù)雜性概況

1. 相比于動(dòng)物線粒體基因組的大?。?0-20k），已知的pMtDNA大小變異非常劇烈，從190k-11Mb不等

2. 重復(fù)序列變異范圍**片段結(jié)構(gòu)變異很常見(jiàn)

3. pMtDNA中基因的SNP同義突變率很低，***低于動(dòng)物線粒體與核基因

4. 越來(lái)越多的證據(jù)表明：開(kāi)花植物的pMtDNA并不一定是環(huán)狀，而是以線性狀態(tài)或者多種形式共存于細(xì)胞中，而且不同生長(zhǎng)時(shí)期還能相互轉(zhuǎn)變

5. 除了參與能量代謝，pMtDNA經(jīng)常性與植物育性相關(guān)

6. 編碼基因非常保守：24個(gè)**保守基因+17個(gè)變異基因，但是保守基因的order可不保守哦，嘻嘻~

7. 經(jīng)常可以注釋到大量novel genes，部分基因的功能非常重要，影響植物生育周期與育性 云生物提供小基因組測(cè)序剩余樣本可返還。湖北線粒體小基因組測(cè)序服務(wù)

    InDel檢測(cè)及注釋：InDel是DNA序列的插入（Insertion）和缺失（Deletion）現(xiàn)象的總稱，狹義的InDel表示1~10bp的短InDel。在基因組編碼區(qū)域，InDel的發(fā)生可能會(huì)引起移碼突變、氨基酸改變、假基因的出現(xiàn)等等現(xiàn)象。這里分析的是狹義的InDel。利用LASTZ軟件將樣品和參考序列進(jìn)行比對(duì)，檢測(cè)得到初步InDel結(jié)果。然后取參考序列InDel位點(diǎn)上下游150bp與樣品的測(cè)序reads用BWA軟件及SAMtools進(jìn)行比對(duì)驗(yàn)證，過(guò)濾得到可靠的InDel。SV檢測(cè)：基因組結(jié)構(gòu)變異（SV，StructuralVariation）通常是指基因組內(nèi)DN**段缺失、插入、重復(fù)、倒位、異位。使用MUMmer軟件對(duì)目標(biāo)基因組和參考基因組進(jìn)行比對(duì)，再使用LASTZ對(duì)區(qū)域間進(jìn)行比對(duì)，從區(qū)域比對(duì)結(jié)果中查找SV。 青海線粒體小基因組測(cè)序銷售您喜歡小基因組測(cè)序的這些特點(diǎn)嗎？

1.測(cè)序數(shù)據(jù)概況

(1) 原始測(cè)序數(shù)據(jù)說(shuō)明

(2) 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控及統(tǒng)計(jì)

(3) 三代測(cè)序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)

2.基因組組裝

3. 基因組組分分析

(1) 編碼基因分析

(2) ORFs掃描及跨膜結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

(3) 非編碼RNA分析

4. 基因功能注釋

 基因組圈圖

高級(jí)分析：

比較基因組分析

1.SNP檢測(cè)與注釋

2.Indel檢測(cè)與注釋

3.SV檢測(cè)

4.基因組共線性分析

5.線粒體與葉綠體基因組片段交流分析

6.共有和特有基因分析

7.系統(tǒng)進(jìn)化分析、選擇壓力分析

定制化生信分析

1.密碼子偏好性分析

2.長(zhǎng)重復(fù)序列Long repeat分析

3.簡(jiǎn)單重復(fù)序列SSR分析

4.基因表達(dá)量及表達(dá)差異分析（可由客戶提供RNAseq）

    復(fù)旦大學(xué)腦科學(xué)研究院朱劍虹教授、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院沙紅英博士研究組與安徽醫(yī)科大學(xué)曹云霞研究組合作，創(chuàng)新性進(jìn)行極體基因組移植用于預(yù)防遺傳線粒體疾病研究。該研究論文于2014年6月在國(guó)際刊物《細(xì)胞》上發(fā)表。論文**作者單位包括復(fù)旦大學(xué)醫(yī)學(xué)神經(jīng)生物學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、復(fù)旦大學(xué)附屬華山醫(yī)院神經(jīng)外科、復(fù)旦大學(xué)腦科學(xué)研究院、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院等，第二作者單位為安徽醫(yī)科大學(xué)**附屬醫(yī)院婦產(chǎn)科生殖中心。我校上海醫(yī)學(xué)院臨床醫(yī)學(xué)八年制醫(yī)學(xué)生王天同學(xué)、沙紅英博士及安徽醫(yī)科大學(xué)紀(jì)冬梅醫(yī)師為該論著的共同**作者，沙紅英博士和朱劍虹教授為共同通訊作者，曹云霞教授和朱劍虹教授為共同***作者。該研究在國(guó)際上發(fā)表后獲得高度評(píng)價(jià)?！蹲匀弧泛汀蹲匀贿z傳學(xué)-綜述》雜志分別發(fā)表題為《阻斷遺傳病變異傳遞》和《聚光燈下的線粒體置換技術(shù)》的文章，介紹中國(guó)的發(fā)明，并稱“重要的是證明極體移植的可行性，并***提高了線粒體移植療法的效率”。美國(guó)醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)會(huì)**稱該研究“為線粒體疾病干預(yù)提供新假設(shè)、新發(fā)現(xiàn)、新手段”。線粒體置換技術(shù)是當(dāng)前國(guó)際生物醫(yī)學(xué)的高科技前沿，我國(guó)遺傳性線粒體疾病患者數(shù)量很大，該研究表明極體移植線粒體置換技術(shù)有潛在和重要的臨床應(yīng)用前景。。 云生物小基因組測(cè)序可進(jìn)行測(cè)序組裝。

    葉綠體基因組楝科植物葉綠體揭示物種進(jìn)化遺傳標(biāo)記：葉綠體基因組（cpDNA）在大多數(shù)種子植物中是母系遺傳，與核基因組相比，cpDNA顯示出致密的基因含量和較慢的進(jìn)化速率。楝科（Meliaceae）屬于薔薇亞綱無(wú)患子目，主要由***分布在熱帶地區(qū)得喬木和灌木組成。楝科植物具有極高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值，應(yīng)用葉綠體基因組開(kāi)發(fā)木材種屬鑒定的遺傳標(biāo)記具有很大的研究?jī)r(jià)值。對(duì)Cedrelaodorata，Entandrophragmacylindricum，Khayasenegalensis和Carapaguianensi四種楝科的葉綠體基因組進(jìn)行測(cè)序組裝，cpDNA呈環(huán)狀，大小在158,558~160,737bp之間，典型的四分體結(jié)構(gòu)，即由兩個(gè)反向重復(fù)序列組成（IRa和IRb），分別由大（LSC）和小（SSC）單拷貝區(qū)分開(kāi)。四個(gè)新測(cè)序的楝科植物的每個(gè)cpDNA中，注釋了112個(gè)基因（包括78個(gè)蛋白質(zhì)編碼，30個(gè)tRNA和4個(gè)rRNA基因），其中18個(gè)在IR區(qū)域中重復(fù)，總共編碼85種蛋白質(zhì)，37種tRNA和8種rRNA共130種基因。內(nèi)含子大小范圍從trnL-UAA的532bp到trnK-UUU的2535bp。rps12基因存在反式剪接。 云生物提供小基因組測(cè)序的質(zhì)檢報(bào)告嗎？湖北植物葉綠體基因組小基因組測(cè)序售后服務(wù)

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