DNA甲基化異常用于甲狀腺結(jié)節(jié)診斷

Identification of

Tissue-Specific DNA Methylation Signatures for Thyroid Nodule Diagnostics. Clin

Cancer Res. 2019;15;25(2):544-551 (IF=

10.199)

惡性結(jié)節(jié)和良性結(jié)節(jié)常常難以診斷。本課題通過RRBS檢測了109個甲狀腺組織的DNA甲基化，發(fā)現(xiàn)*旁、良性結(jié)節(jié)和*組織之間存在***差異，并在65個甲狀腺結(jié)節(jié)的回顧性隊列樣本中得到驗證。這些組織特異性DMR與活性增強子和**相關基因密切相關，表明DNA甲基化為甲狀腺結(jié)節(jié)提供準確的診斷。 6mA在細菌、藻類及動植物基因組中存在。上海技術服務售后服務

血清甲基化用于乳腺*轉(zhuǎn)移早期篩查

Methylation patterns in serum

DNA for early identification of disseminated breast cancer. Genome

Med. 2017;22;9(1):115. (IF=

8.898)

本課題通過RRBS甲基化測序篩選組織(n=31)樣本, 確定了18個乳腺*特異性甲基化位點，選擇其中6個位點在大樣本量血清樣本(n=110)中得到進一步驗證; 并通過更大量血清樣本(n=1344), **終篩選出血清EFC#93甲基化位點為早期診斷和***轉(zhuǎn)移性乳腺*Biomarker。 四川6mA技術服務服務高通量BSP測序結(jié)果多種展示形式。

聯(lián)合亞硫酸氫鈉的限制性內(nèi)切酶分析法（COBRA）

這種方法是將亞硫酸氫鹽處理與酶切相結(jié)合來進行甲基化檢測。DNA樣本經(jīng)亞硫酸氫鹽處理后，利用PCR擴增。擴增產(chǎn)物純化后用限制性內(nèi)切酶（BstUI）消化。若其識別序列中的C發(fā)生完全甲基化(5mCG5mCG)，則 PCR擴增后保留為CGCG，BstU I能夠識別并進行切割；若待測序列中，C未發(fā)生甲基化，則PCR后轉(zhuǎn)變?yōu)門GTG，BstUI識別位點丟失，不能進行切割。這樣酶切產(chǎn)物再經(jīng)電泳分離、探針雜交、掃描定量后即可計算出原樣本中甲基化的比例。

這種方法**的優(yōu)點就是相對簡單，可進行快速定量，且需要的樣本量少。然而，它的局限性也十分明顯，只能獲得特殊酶切位點的甲基化情況，且陰性結(jié)果并不能排除樣品DNA中存在甲基化的可能。

    Agilent平臺因為MeDIP技術本身的特點，都不能到達單堿基的分辨率，而Illumina的Infinium和GoldenGate檢測技術卻做得到。Illumina的Infinium甲基化檢測技術來源與前期的SNP檢測，采用的是單堿基延伸的原理。分析利用兩個位點特異的探針檢測這些序列差異的位點，一個探針是為甲基化位點(M磁珠類型)設計的，而另一個是為未甲基化位點(U磁珠類型)設計的。探針的單堿基延伸摻入了一個標記的ddNTP，它隨后被熒光試劑染色。通過計算甲基化與未甲基化位點的熒光信號比例，可確定檢測位點的甲基化水平。Illumina公司早期推出的InfiniumHumanMethylation27BeadChip芯片覆蓋27,578個CpG位點。這款芯片在醫(yī)學領域有***的應用，除了和**相關的甲基化篩選之外，也能用于其他疾病相關甲基化檢測。因此對這款產(chǎn)品，研究者給予了很高的評價，目前此產(chǎn)品已停產(chǎn)，取而代之的是InfiniumHumanMethylation450BeadChip芯片。它以單堿基分辨率覆蓋了基因組中超過45萬個甲基化位點，實現(xiàn)了基因區(qū)域和CpG島的***覆蓋。此外，還包括CpG島之外的CpG位點，在人類干細胞中鑒定出的非CpG甲基化位點，以及**和正常組織中差異表達的甲基化位點等等。它的高覆蓋度、高通量以及低價格。 N6-甲基脫氧腺苷是原核生物和真核生物的DNA修飾類型之一。

    ATAC-seq（AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing）是使用高通量測序?qū)n5轉(zhuǎn)座酶可接近的核染色質(zhì)區(qū)域進行測序分析的一種研究技術；該技術由美國斯坦福大學的研究人員開發(fā)，2013年***發(fā)表在NatureMethods（Buenrostroetal.,2013）。通過轉(zhuǎn)座酶對特定時空下開放的核染色質(zhì)區(qū)域進行切割，獲得在該時空下基因組中所有活躍轉(zhuǎn)錄的調(diào)控序列。應用領域，通常并不單獨使用。作為檢測表觀遺傳-染色質(zhì)開放狀態(tài)現(xiàn)象的方式，與樣本基因表達譜緊密相連，從靶標基因的表觀狀態(tài)關聯(lián)到表達水平，具有強大的數(shù)據(jù)挖掘作用。2.通過關聯(lián)基因組、外顯子，染色質(zhì)免疫共沉淀（組蛋白修飾或轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合）測序信息，形成：表觀調(diào)控-基因組-基因表達的完整調(diào)控鏈。 FFPE樣本只需要室溫運輸。北京MeDIP-Seq技術服務

ATAC-seq實驗過程短，從實驗到分析可達2周。上海技術服務售后服務

發(fā)育基因的表觀突變是養(yǎng)殖歐洲鱸魚開始馴化的基礎

Epimutations in developmental

genes underlie the onset of domestication in farmed European sea bass. Mol Biol Evol. 2019 May 30 (IF= 14.797)

本研究通過RRBS測序，比較了早期馴化的

(n=12)與野生的(n=12)

歐洲鱸魚在馴化過程中DNA甲基化變化，發(fā)現(xiàn)早期馴化的鱸魚與野生的沒有遺傳差異，但在不同胚胎起源的組織中發(fā)生DNA甲基化變化。這些甲基化突變與經(jīng)過25年選擇性育種后的胞嘧啶至胸腺嘧啶多態(tài)性***重疊，表觀突變基因與正選擇基因一致。結(jié)果表明馴化初始階的表觀變異是一個重要事件。 上海技術服務售后服務