南五味子含有17個(gè)正向重復(fù)序列，16個(gè)回文重復(fù)序列和25個(gè)串聯(lián)重復(fù)序列。五味子包含30個(gè)正向重復(fù)序列，13個(gè)回文重復(fù)和25個(gè)串聯(lián)重復(fù)。而八角茴香含有8個(gè)正向重復(fù)序列，21個(gè)回文重復(fù)和32個(gè)串聯(lián)重復(fù)。長(zhǎng)度為30-40bp的重復(fù)**常見(jiàn)的（平均％），切位于非編碼區(qū)的重復(fù)比例高于編碼區(qū)。采用mVISTA和DnaSP程序分析葉綠體基因組水平的總體序列同一性，并檢測(cè)五味子科葉綠體基因組中的不同區(qū)域。結(jié)果表明，葉綠體基因組存在高度的共線(xiàn)性和基因順序保守性，同時(shí)非編碼區(qū)域的差異比編碼區(qū)域更高。IR的擴(kuò)增和收縮導(dǎo)致各種植物譜系之間的基因組大小變化，可用于研究植物譜系的系統(tǒng)發(fā)育分類(lèi)和基因組進(jìn)化。與其他植物葉綠體譜系相比，五味子科中的IR具有10kb的收縮。IRa/SSC邊界延伸到y(tǒng)cf1，導(dǎo)致三種Schisandraceae葉綠體基因組中的存在ycf1假基因。 云生物小基因組測(cè)序可進(jìn)行測(cè)序組裝。云南細(xì)胞質(zhì)遺傳小基因組測(cè)序報(bào)價(jià)

技術(shù)優(yōu)勢(shì)：

1. 業(yè)內(nèi)**的mtDNA&cpDNA富集抽提服務(wù)：自主研發(fā)的細(xì)胞器基因組富集提取技術(shù)，高效實(shí)現(xiàn)高質(zhì)量細(xì)胞器基因組富集。

2. 一對(duì)一的生物信息分析，人工基因注釋矯正：告別在線(xiàn)注釋平臺(tái)的偏差，滿(mǎn)足NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)上傳要求，高質(zhì)量結(jié)果交付，助力高水平研究。

3. **技術(shù)團(tuán)隊(duì)負(fù)責(zé)人均9年以上從業(yè)經(jīng)驗(yàn)，項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)豐富，提供可以個(gè)性化方案定制。

4. 已完成葉綠體&線(xiàn)粒體基因組項(xiàng)目數(shù)百例，96%以上樣本實(shí)現(xiàn)完成圖水平交付。

5. 配套數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建服務(wù)，提升科研水準(zhǔn)，助力高水平研究發(fā)表。 山東系統(tǒng)進(jìn)化小基因組測(cè)序銷(xiāo)售云生物提供小基因組測(cè)序的質(zhì)檢報(bào)告嗎？

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    SNP檢測(cè)及注釋?zhuān)篠NP（單核苷酸多態(tài)性）是指由單個(gè)核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。在基因組DNA中，任何堿基均有可能發(fā)生變異，因此SNP既有可能在編碼基因內(nèi)，也有可能在非編碼序列上，位于編碼區(qū)內(nèi)的SNP（codingSNP，cSNP）因其可能影響個(gè)體的功能而備受關(guān)注。從對(duì)生物的遺傳性狀的影響來(lái)看，cSNP又可分為2種：一種是同義cSNP（synonymouscSNP），即SNP所致的編碼序列的改變并不影響其所翻譯的氨基酸序列；另一種是非同義cSNP(non-synonymouscSNP)，指堿基序列的改變可使以其為模板翻譯的氨基酸序列發(fā)生改變，從而影響了蛋白質(zhì)的功能。利用MUMmer比對(duì)軟件，將每個(gè)樣品與參考序列進(jìn)行全局比對(duì)，找出樣品序列與參考序列之間有差異的位點(diǎn)并進(jìn)行了初步的過(guò)濾，檢測(cè)出潛在SNP位點(diǎn)；提取參考序列SNP位點(diǎn)兩邊各100bp的序列，然后使用BLATv35軟件將提取的序列和組裝結(jié)果進(jìn)行比對(duì)，驗(yàn)證SNP位點(diǎn)。如果比對(duì)的長(zhǎng)度小于101bp，則認(rèn)為是不可信的SNP，將去除；如比對(duì)上多次，認(rèn)為是重復(fù)區(qū)域的SNP，也將被去除，***得到可靠的SNP。 云生物已完成葉綠體&線(xiàn)粒體基因組項(xiàng)目數(shù)百例。

    InDel檢測(cè)及注釋?zhuān)篒nDel是DNA序列的插入（Insertion）和缺失（Deletion）現(xiàn)象的總稱(chēng)，狹義的InDel表示1~10bp的短InDel。在基因組編碼區(qū)域，InDel的發(fā)生可能會(huì)引起移碼突變、氨基酸改變、假基因的出現(xiàn)等等現(xiàn)象。這里分析的是狹義的InDel。利用LASTZ軟件將樣品和參考序列進(jìn)行比對(duì)，檢測(cè)得到初步InDel結(jié)果。然后取參考序列InDel位點(diǎn)上下游150bp與樣品的測(cè)序reads用BWA軟件及SAMtools進(jìn)行比對(duì)驗(yàn)證，過(guò)濾得到可靠的InDel。SV檢測(cè)：基因組結(jié)構(gòu)變異（SV，StructuralVariation）通常是指基因組內(nèi)DN**段缺失、插入、重復(fù)、倒位、異位。使用MUMmer軟件對(duì)目標(biāo)基因組和參考基因組進(jìn)行比對(duì)，再使用LASTZ對(duì)區(qū)域間進(jìn)行比對(duì)，從區(qū)域比對(duì)結(jié)果中查找SV。 云生物的小基因組測(cè)序包括多數(shù)據(jù)庫(kù)功能注釋。云南線(xiàn)粒體小基因組測(cè)序售后服務(wù)

細(xì)胞質(zhì)中主要的遺傳物質(zhì)的載體是線(xiàn)粒體和葉綠體。云南細(xì)胞質(zhì)遺傳小基因組測(cè)序報(bào)價(jià)

    三種五味子科葉綠體基因組編碼113個(gè)獨(dú)特基因，包括79個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因，30個(gè)tRNA基因和4個(gè)rRNA基因。其中，4個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因，4個(gè)rRNA基因和5個(gè)tRNA基因在IR區(qū)域中重復(fù)；18個(gè)基因含有內(nèi)含子，clpP和ycf3含有兩個(gè)內(nèi)含子；rps12中存在反式剪接，其中5'末端位于LSC區(qū)域中，并且重復(fù)的3'末端位于IR區(qū)域中；matK基因trnK-UUU內(nèi)部。SSR是葉綠體基因組中經(jīng)常觀察到的1-6bp重復(fù)類(lèi)型，可用于基因組多態(tài)性以及物種的群體遺傳學(xué)研究。研究人員鑒定到**豐富的SSR是A或T單核苷酸重復(fù)序列，分別占南五味子、五味子和八角茴香總SSR的約％，％和69％，而G或C重復(fù)罕見(jiàn)。此外，南五味子、五味子和八角茴香SSR的大多數(shù)SSR位于LSC區(qū)域，其次是SSC區(qū)域和IR區(qū)域。 云南細(xì)胞質(zhì)遺傳小基因組測(cè)序報(bào)價(jià)