甲基化敏感性高分辨率熔解曲線分析(MS-HRM)

通過熔解曲線分析可以將單堿基序列的差異轉(zhuǎn)變成熔解曲線的差異，因此DNA樣本經(jīng)過亞硫酸氫鹽處理后，甲基化與未甲基化DNA會(huì)存在序列差異，這種差異可通過熔解曲線分析來發(fā)現(xiàn)。使用該方法進(jìn)行甲基化分析*需一對(duì)引物，相對(duì)簡單，不過這種方法對(duì)儀器的要求頗高，需要帶HRM模塊的熒光定量PCR儀，并且在進(jìn)行實(shí)時(shí)定量PCR過程中，需要使用飽和的熒光染料。利用MS-HRM技術(shù)進(jìn)行甲基化檢測只能對(duì)檢測片段整體甲基化情況進(jìn)行分析，并不能明確每個(gè)CpG位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)。因此這種技術(shù)適用于大量樣本的檢測，篩選出感興趣的CPG位點(diǎn)，然后利用其他方法進(jìn)行單個(gè)位點(diǎn)的精確檢測及甲基化程度的精確定量。 焦磷酸測序能提供基于序列測定的SNP檢測、等位基因頻率分析和甲基化檢測。技術(shù)服務(wù)經(jīng)驗(yàn)豐富

    2019國自然基金解析—甲基化研究專題。從生命科學(xué)部和醫(yī)學(xué)科學(xué)部總體來看：2019年度，生命科學(xué)部獲自然科學(xué)基金委批準(zhǔn)資助6478項(xiàng)（不含杰出青年基金項(xiàng)目），批準(zhǔn)資助金額共計(jì)，單項(xiàng)平均資助金額。2019年度，醫(yī)學(xué)科學(xué)部共批資助10138項(xiàng)（不含杰出青年基金項(xiàng)目），批準(zhǔn)資助金額共計(jì)，單項(xiàng)平均資助金額。從甲基化研究方向來看，與甲基化研究相關(guān)的項(xiàng)目總數(shù)達(dá)283項(xiàng)，項(xiàng)目總金額超過12669萬元。其中生命科學(xué)部項(xiàng)目總數(shù)62項(xiàng)，項(xiàng)目金額3235萬元，醫(yī)學(xué)科學(xué)部項(xiàng)目總數(shù)221項(xiàng)，項(xiàng)目金額9434萬元。從2011-2019年甲基化研究方向的項(xiàng)目金額和項(xiàng)目數(shù)目分析，整體呈上升趨勢(shì)；從醫(yī)學(xué)科學(xué)部來看，甲基化研究項(xiàng)目獲批數(shù)量221項(xiàng)，項(xiàng)目金額達(dá)到9434萬，較之2018年度項(xiàng)目獲批金額（7166萬元）上升趨勢(shì)尤為明顯，可以看出，甲基化研究日益成為國自然的研究熱點(diǎn)。 浙江單細(xì)胞測序技術(shù)服務(wù)歡迎咨詢?cè)粕锾峁〥NA甲基化和羥甲基化的表觀實(shí)驗(yàn)和信息分析技術(shù)服務(wù)。

DNA甲基化對(duì)基因表達(dá)調(diào)控起著動(dòng)態(tài)的重要作用。 借助MethylationEPIC BeadChip，研究人員可以基于單核苷酸分辨率定量檢測基因組中的850,000多個(gè)甲基化位點(diǎn)。包括FFPE在內(nèi)的多重樣本可以并行分析，以便在每樣本比較低成本的情況下實(shí)現(xiàn)高通量功能。依托業(yè)界**的Infinium實(shí)驗(yàn)分析方法，MethylationEPIC BeadChip是全表觀基因組關(guān)聯(lián)研究(EWAS)的理想之選。它提供了由**精選的***的覆蓋范圍，囊括99%的RefSeq基因，95%的CpG島，高覆蓋度的增強(qiáng)子區(qū)域和其他內(nèi)容類別。由于超過90%的Infinium HumanMethylation450K位點(diǎn)內(nèi)容都涵蓋在內(nèi)，因此新一代MethylationEPIC試劑盒對(duì)這些位點(diǎn)也完全支持。

    DNA羥甲基化(5hmC)是被認(rèn)為是哺乳動(dòng)物基因組上的第六堿基。Bisulfite-Seq并不能區(qū)分甲基化(5mC)和羥甲基化(5hmC)，實(shí)際上是5mC和5hmC兩種修飾的混合信號(hào)，而通過氧化亞硫酸鹽測序(oxidativebisulfitesequencing,oxBS-Seq)，先將5hmC氧化為甲?；揎?5fC)，進(jìn)而被亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換為堿基U，實(shí)現(xiàn)DNA甲基化的精細(xì)檢測。而同時(shí)對(duì)樣本進(jìn)行BS-Seq和oxBS-Seq測序則可實(shí)現(xiàn)對(duì)5hmC全基因組，單堿基分辨率的檢測，是羥甲基化檢測的金標(biāo)準(zhǔn)方案。(12):1730-1741.(IF=)作者利用全基因組氧化-亞硫酸鹽測序(WGBS/oxWGBS)得到了肝臟和肺以及配對(duì)**組織的全基因組DNA甲基化和羥甲基化圖譜。在活躍的基因中，5hmC在CpGIslandshore中呈***富集狀態(tài)，而在CpGIsland中則呈稀缺狀態(tài)。對(duì)啟動(dòng)子、基因體和轉(zhuǎn)錄終止區(qū)域的羥甲基化分析，羥甲基化與基因表達(dá)有很強(qiáng)的正相關(guān)，這表明5hmC是活躍基因的標(biāo)記，并且可以在由DNA去甲基化調(diào)節(jié)的基因表達(dá)中發(fā)揮作用。 云生物提供甲基化服務(wù)。

技術(shù)優(yōu)勢(shì)

1、ChIP-Seq 能實(shí)現(xiàn)真正的全基因組分析。目前所能獲得的芯片上固定的探針只能**全基因組部分序列，所獲得的雜交信息具有偏向性。

2、對(duì)于結(jié)合位點(diǎn)分析，ChIP-Seq 通過尋找“峰”，結(jié)合分辨率可精確到10~30 bp，而芯片上探針由于長度所限，無法精確定位，即使目前比較高水平的商業(yè)芯片都無法提供可與ChIP-Seq 媲美的分辨率。

3、是所需樣本數(shù)量。ChIP-chip 需要多達(dá)4~5 μg?的起始樣本，在雜交之前需要進(jìn)行LM-PCR，但可能導(dǎo)致背景增高，競爭性擴(kuò)增等導(dǎo)致假陽性。而ChIP-Seq *需要納克級(jí)起始材料，如SOLiD 起始材料可低至20ng。 篩選耐藥的相關(guān)biomaker及表觀調(diào)控機(jī)制。陜西焦磷酸測序技術(shù)服務(wù)方案

5mc是表觀遺傳重要的一種修飾，存在于植物、動(dòng)物等真核生物基因組中，被譽(yù)為“第五堿基”。技術(shù)服務(wù)經(jīng)驗(yàn)豐富

    將待測DNA經(jīng)過亞硫酸鹽處理，通過PCR擴(kuò)增過程引入T7啟動(dòng)子序列，經(jīng)T7DNA聚合酶的體外轉(zhuǎn)錄過程得到各樣本RNA產(chǎn)物，經(jīng)堿基特異性酶切處理，得到RNA小片段，并用飛行質(zhì)譜檢測每個(gè)片段的分子量，***EpiTYPER程序完成數(shù)據(jù)的自動(dòng)化處理并報(bào)告每個(gè)檢測片段的甲基化程度。技術(shù)優(yōu)勢(shì)·檢測片段長：擴(kuò)增片段長度可達(dá)500bp·高靈敏度：可發(fā)現(xiàn)低至5%甲基化水平，樣本起始量低至10ng。·重復(fù)性好：變異系數(shù)CV≤5%。·高性價(jià)比：用384孔板進(jìn)行PCR反應(yīng)，一個(gè)擴(kuò)增產(chǎn)物可以進(jìn)行多重CpG位點(diǎn)分析，無需后續(xù)驗(yàn)證，可直接用于文章發(fā)表。服務(wù)內(nèi)容1.根據(jù)客戶提供的序列信息進(jìn)行預(yù)評(píng)估；2.進(jìn)行樣本DNA的分離、純化、質(zhì)檢及亞硫酸鹽修飾。3.使用特殊設(shè)計(jì)的一對(duì)引物擴(kuò)增樣本，得到帶有T7RNA聚合酶啟動(dòng)子序列的擴(kuò)增產(chǎn)物。4.在體外轉(zhuǎn)錄體系中，利用T7RNA聚合酶，將擴(kuò)增產(chǎn)物轉(zhuǎn)錄為RN**斷。5.利用RNaseA能夠特異性識(shí)別并切割RNA中U3’端的特性，將RN**斷切割成攜帶有CpG位點(diǎn)的小片斷。6.使用sequenom®MassArray飛行質(zhì)譜分析系統(tǒng)檢測產(chǎn)物。由于同一片斷中，只有CpG和CpA之間16Da的分子量差別，即質(zhì)譜圖中兩者峰的差距。 技術(shù)服務(wù)經(jīng)驗(yàn)豐富