industryTemplate我們團(tuán)隊(duì)具備完整的數(shù)據(jù)分析、數(shù)據(jù)庫構(gòu)建、軟件開發(fā)團(tuán)隊(duì)。上海診療軟件開發(fā)數(shù)據(jù)科學(xué)售后服務(wù)

    Adonis（置換多元方差分析，分析不同分組或環(huán)境因子對樣品差異的解釋度）：ADONIS置換多元方差分析（Permutationalmultivariateanalysisofvariance，PERMANOVA），又稱非參數(shù)多因素方差分析（nonparametricmultivariateanalysisofvariance）、或者ADONIS分析。使用PERMANOVA可分析不同分組因素對樣品差異的解釋度，并使用置換檢驗(yàn)進(jìn)行***性統(tǒng)計(jì)?；驹恚褐脫Q多元方差分析（PERMANOVA，Adonis）是一種基于F統(tǒng)計(jì)的方差分析，依據(jù)距離矩陣對總方差進(jìn)行分解的非參數(shù)多元方差分析方法?；静襟E是基于OTU豐度表，計(jì)算樣本間樣本間Bray-curtis距離，然后adonis分析生成結(jié)果，繪圖展示。術(shù)語解讀：OTU：operationaltaxonomicunits，分類單元Df：自由度，其值=所比較的分組數(shù)量-1；SumsOfSqs：即Sumsofsquares，總方差，又稱離差平方和；MeanSqs：即Meansquares，均方（差）；FModel：F檢驗(yàn)值；R2：即Variation(R2)，方差貢獻(xiàn)，表示不同分組對樣品差異的解釋度，即分組方差與總方差的比值，R2越大表示分組對差異的解釋度越高；Pr(>F)：***性p值，小于***。數(shù)據(jù)要求：OTU豐度表或者樣本距離矩陣。 遼寧數(shù)據(jù)庫建設(shè)數(shù)據(jù)科學(xué)服務(wù)云生物數(shù)據(jù)分析需要多久？

    Nomogram列線圖（nomogram，諾莫圖）是在平面直角坐標(biāo)系中，用一簇互不相交的線段表示多個臨床指標(biāo)或者生物學(xué)特征，用以預(yù)測一定的臨床結(jié)局或者某類事件發(fā)生的概率的圖。列線圖使預(yù)測模型的結(jié)果更具有可讀性，可個性化地計(jì)算特定**患者生存率,在臨床實(shí)踐中有較大的價值。一般可應(yīng)用的研究方向有：將回歸的結(jié)果進(jìn)行可視化呈現(xiàn)，對個體樣本給出其發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)或比例風(fēng)險(xiǎn)；根據(jù)多個臨床指標(biāo)或生物學(xué)特征，判斷個體樣本的疾病分類或特征。基本原理：列線圖的理論于1884年提出，**早用于工程學(xué)。它能夠?qū)?fù)雜的計(jì)算公式以圖形的方式，快速、直觀、精確的展現(xiàn)出來。列線圖通過構(gòu)建多因素回歸模型（例如Cox回歸、Logistic回歸等），根據(jù)模型中各個影響因素對結(jié)局變量的影響程度的高低，即回歸系數(shù)的大小，給每個影響因素的每個取值水平進(jìn)行賦分。將各個評分相加得到總評分，通過總評分與結(jié)局事件發(fā)生概率之間的函數(shù)轉(zhuǎn)換關(guān)系，從而計(jì)算出該個體結(jié)局事件的預(yù)測概率。校準(zhǔn)曲線（calibrationcurve）為實(shí)際發(fā)生率和預(yù)測發(fā)生率的散點(diǎn)圖，常于用于化工行業(yè)溶液配制。在這里通過觀察預(yù)測值與實(shí)際值相差情況，判斷基于回歸模型構(gòu)建列線圖的有效性。

Inmmune gene

免疫學(xué)研究是目前科研領(lǐng)域爭相研究的熱點(diǎn)，**免疫細(xì)胞浸潤是其中一種。**免疫細(xì)胞浸潤是指免疫細(xì)胞從血液中移向**組織發(fā)揮作用。我們從**組織中分離出浸潤免疫細(xì)胞含量，計(jì)算基因與浸潤免疫細(xì)胞含量的相關(guān)性，篩選出影響免疫浸潤的候選基因。

基本原理：

從基因矩陣數(shù)據(jù)中提取免疫細(xì)胞含量，生成免疫細(xì)胞含量矩陣；

計(jì)算目標(biāo)基因與浸潤免疫細(xì)胞含量的相關(guān)性，篩選與浸潤免疫細(xì)胞含量高度相關(guān)的基因。

術(shù)語解讀：

相關(guān)性系數(shù)（pearson,spearman, kendall）反應(yīng)兩個變量之間變化趨勢的方向以及程度。相關(guān)系數(shù)范圍為-1到+1。0表示兩個變量不相關(guān)，正值表示正相關(guān)，負(fù)值表示負(fù)相關(guān)，值越大表示相關(guān)性越強(qiáng)。

數(shù)據(jù)要求：

**數(shù)據(jù)表達(dá)矩陣 采用機(jī)器學(xué)習(xí)算法對疾病的干性指數(shù)進(jìn)行分型分類研究。

    LASSO回歸：更多的變量在擬合時往往可以給出一個看似更好的模型，但是同時也面臨過度擬合的危險(xiǎn)。此時如果用全新的數(shù)據(jù)去驗(yàn)證模型(Validation)，通常效果很差。一般來說，變量數(shù)大于數(shù)據(jù)點(diǎn)數(shù)量很多，或者某一個離散變量有太多獨(dú)特值時，都有可能過度擬合。LASSO回歸復(fù)雜度調(diào)整的程度由參數(shù)λ來控制，λ越大對變量較多的線性模型的懲罰力度就越大，從而**終獲得一個變量較少的模型。LASSO回歸與Ridge回歸同屬于一個被稱為ElasticNet的廣義線性模型家族。這一家族的模型除了相同作用的參數(shù)λ之外，還有另一個參數(shù)α來控制應(yīng)對高相關(guān)性(highlycorrelated)數(shù)據(jù)時模型的性狀。LASSO回歸α=1，Ridge回歸α=0，一般ElasticNet模型0<α<1。LASSO過程中我們通常會進(jìn)行多次交叉驗(yàn)證（crossvalidation）擬合（1000次）進(jìn)而選取模型，從而對模型的性能有一個更準(zhǔn)確的估計(jì)。 利用甲基化數(shù)據(jù)分析樣本的拷貝數(shù)變異。云南數(shù)據(jù)科學(xué)

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    術(shù)語解讀：PPI：蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(protein-proteininteraction)PPImoduleI：指蛋白質(zhì)相互作用模塊，一個模塊指向一個功能數(shù)據(jù)要求：基因列表應(yīng)用示例1：（于2018年3月發(fā)表在Immunity.，影響因子）T細(xì)胞活化過程中產(chǎn)生蛋白質(zhì)組進(jìn)行多重定量分析，然后對差異表達(dá)蛋白權(quán)重聚類，并將聚類蛋白疊加到PPI網(wǎng)絡(luò)上以識別功能模塊。D.模塊大小的分布，通過將每個WPC（權(quán)重聚類結(jié)果）中的蛋白疊加到蛋白-蛋白相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò)上識別模塊。每個模塊的蛋白質(zhì)數(shù)量顯示出來。E.各個模塊及其交互的關(guān)系圖。圓圈(節(jié)點(diǎn))表示90個模塊，圓圈大小與模塊大小成比例。邊連接共享PPIs的模塊。在(F)和(G)中進(jìn)一步擴(kuò)展了裝箱模塊。F.來自WPC3的細(xì)胞質(zhì)和線粒體核糖體的四個互連模塊。顯示了蛋白質(zhì)的名稱和每個模塊的代表性功能術(shù)語。G.來自WPC3的蛋白酶體，OXPHOS和線粒體復(fù)合物IV途徑的模塊。 上海診療軟件開發(fā)數(shù)據(jù)科學(xué)售后服務(wù)