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合肥BD空間轉(zhuǎn)錄組服務(wù)機構(gòu)

來源: 發(fā)布時間:2022-09-18

相比于常規(guī)的測序手段,空間轉(zhuǎn)錄組測序有幾個明顯的優(yōu)勢:1.將轉(zhuǎn)錄組信息與空間信息對應(yīng),體現(xiàn)組織內(nèi)部的異質(zhì)性:每個區(qū)域獨特的條形碼使測序結(jié)果與空間位置形成一一對應(yīng)關(guān)系。雖然暫時還無法精細到單細胞層面,但是這樣的區(qū)域劃分也已經(jīng)足以展現(xiàn)出組織內(nèi)部不同區(qū)域間的轉(zhuǎn)錄組差異。2.不影響對全組織進行分析:芯片上捕獲的全轉(zhuǎn)錄組在同一個反應(yīng)中完成測序,能有效降低多次重復(fù)實驗中的誤差。測序結(jié)果如果不按照條形碼歸類,則直接體現(xiàn)的是切片全組織的轉(zhuǎn)錄組情況,無需再做單獨檢測。3.為進一步的研究提供指導(dǎo)意見:常規(guī)的轉(zhuǎn)錄組測序,對后續(xù)實驗的指導(dǎo)仍然停留在全組織層面。而空間轉(zhuǎn)錄組測序則可以標識出更有價值的研究區(qū)域,引導(dǎo)研究者將組織進一步細分??臻g轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)提供了空間轉(zhuǎn)錄組水平下的科學(xué)研究視角。合肥BD空間轉(zhuǎn)錄組服務(wù)機構(gòu)

生命科學(xué)研究的目的之一就是為了解決細胞和組織以及該組織如何影響功能這一難題。測序技術(shù)可提供特定條件下某些 組織中基因的表達信息,不僅可以推斷出相應(yīng)未知基因的功能,揭示特定調(diào)節(jié)基因的作用機制,而且可以辨別細胞的類型和異質(zhì)性,為疾病診斷提供理論依據(jù)。但由于研究的深入或具體研究方向和內(nèi)容的不同,傳統(tǒng)的轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)顯然不能夠滿足科研工作者們強烈的好奇心,更加直觀地反映組織中基因的表達情況,隨即單細胞轉(zhuǎn)錄組測序(Single-cell RNA-sequencing,scRNA-seq)、空間轉(zhuǎn)錄組(Spatial transcriptomics,ST)測序等一系列技術(shù)應(yīng)運而生。高通量測序空間轉(zhuǎn)錄組多組學(xué)測序烈冰智造空間轉(zhuǎn)錄組細胞捕獲,媲美國際主流的單細胞平臺。

細胞中基因的表達是嚴格按照時間和空間順序發(fā)生,因此細胞類型和基因表達具有時間特異性和空間特異性。時間特異性可以通過收集不同時間點的樣本進行單細胞轉(zhuǎn)錄組測序來分析。但是單細胞測序結(jié)果動輒上百G數(shù)據(jù)量,龐大的數(shù)據(jù)對于分析平臺和分析能力有著很高的要求,單細胞轉(zhuǎn)錄組測序(scRNA-Seq)在單細胞懸液制備的過程中破壞了細胞的空間結(jié)構(gòu),無法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細胞空間排布信息。而空間轉(zhuǎn)錄組可以解決這個問題,其以點陣形式記錄組織切片細胞的空間信息。

空間組測序技術(shù),作為現(xiàn)階段單細胞技術(shù)的重要補充技術(shù)進入了組學(xué)的實驗領(lǐng)域以及生物信息學(xué)的分析領(lǐng)域。通過單細胞測序(單細胞表達尺度)+空間轉(zhuǎn)錄組測序(空間表達尺度)+數(shù)字病理(臨床診斷尺度)聯(lián)合分析可在空間和時間上描述不斷演變的組織生態(tài)系統(tǒng),多角度深入分析組織的形態(tài)特征、基因組學(xué)特征、表觀遺傳調(diào)控因子以及樣本中的免疫微環(huán)境。不同于單細胞測序分析的需求-分析-需求-分析的模式,空間轉(zhuǎn)錄組分析實際上是非常需要研究者和企業(yè)之間的互動的,尤其是對于組織切片的理解,一個在線互相交流空間轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果的系統(tǒng)也是空轉(zhuǎn)分析中不可或缺的一環(huán),也是重中之重。全線搭建10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組測序平臺。

烈冰提供空間轉(zhuǎn)錄組全流程服務(wù),包括樣本包埋、貼片、選片、HE染色、拍照成像、組織透化、建庫測序以及后續(xù)的FISH驗證等各個步驟,為您提供無憂服務(wù)。烈冰搭建了以萊卡CM1950冷凍切片機、尼康多熒光通路全自動掃描顯微鏡、3Dhistech-midi數(shù)字掃描儀為基礎(chǔ)的先進實驗平臺,并制定嚴格規(guī)范的實驗室SOP,經(jīng)過大量的切片、貼片實操演練,對不同類型組織的切片厚度、溫度進行優(yōu)化,確保獲得更好質(zhì)量的冷凍切片。利用NovelBrain云分析平臺,搭建0代碼需求的空間轉(zhuǎn)錄組分析流程,準確快速解析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。取同一樣本組織的相鄰區(qū)域進行單細胞轉(zhuǎn)錄組測序,通過單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的整合分析,判定空間區(qū)域內(nèi)的細胞類別,精確解析組織空間內(nèi)的異質(zhì)化信息。烈冰專精空間轉(zhuǎn)錄組測序領(lǐng)域。無錫烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)公司

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解決空間轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析中由于超大數(shù)據(jù)量、超高的質(zhì)控要求以及繁多分析需求而引起的分析困難,做到快速可定制化完成空間轉(zhuǎn)錄組分析;擁有行業(yè)先進的3DHISTECH公司的PANNORAMIC系列的數(shù)字切片掃描儀,可以同時實現(xiàn)明場與熒光場下冷凍切片的快速掃描成像;Z-Stack多層聚焦掃描及Extended Focus 景深擴展多層融合掃描模式,進一步提升分辨率和清晰度,保證切片高分辨的數(shù)字圖像信息精細采集;能夠滿足針對分析結(jié)果中感興趣基因的RNA-FISH驗證以及組織切片的免疫組化的高清成像,獲取表達與定位信息。合肥BD空間轉(zhuǎn)錄組服務(wù)機構(gòu)

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