單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)的不斷發(fā)展解決了以往群體細(xì)胞組學(xué)分析面臨的兩個(gè)瓶頸:一是大量細(xì)胞的混合測(cè)序會(huì)掩蓋細(xì)胞間的異質(zhì)性;二是傳統(tǒng)的測(cè)序技術(shù)需要大量的細(xì)胞作為起始,細(xì)胞數(shù)目稀有的樣品則難以研究.利用單細(xì)胞測(cè)序方法不僅能夠揭示組織中的細(xì)胞類(lèi)型和稀有亞群、細(xì)胞狀態(tài)和命運(yùn)的變化,還可以研究細(xì)胞數(shù)稀有的珍貴樣品,從而幫助人們理解發(fā)育、衰老和疾病發(fā)展的機(jī)制。隨著單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、基因組、表觀(guān)遺傳組、蛋白組等各組學(xué)測(cè)序技術(shù)的快速發(fā)展,研究者開(kāi)始將它們相互組合,使得單個(gè)細(xì)胞或同類(lèi)細(xì)胞的多個(gè)組學(xué)數(shù)據(jù)能夠聯(lián)合分析.因此,利用單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)能夠更有效地研究細(xì)胞在特定時(shí)空狀態(tài)下各組學(xué)間的復(fù)雜聯(lián)系,從而揭示細(xì)胞狀態(tài)和命運(yùn)調(diào)控的分子機(jī)制。烈冰測(cè)序服務(wù)已助力300余篇國(guó)際主流期刊研究文章發(fā)表。南京single cell RNA單細(xì)胞多組學(xué)多組學(xué)測(cè)序
空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的數(shù)據(jù)分析基本分為三個(gè)階段:1.數(shù)據(jù)的預(yù)處理部分;2.Spot點(diǎn)陣的分群與定義;3.Spot分群的功能與生物學(xué)價(jià)值。每一個(gè)部分都不可或缺,其結(jié)果都對(duì)后續(xù)的分析結(jié)果有重要影響。由于空間轉(zhuǎn)錄組的序列結(jié)構(gòu)與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的左端序列結(jié)構(gòu)是非常接近的,都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕獲區(qū)域這樣的設(shè)計(jì)。右端普遍為捕獲的RNA序列。因此采用單細(xì)胞的原始數(shù)據(jù)過(guò)濾策略即可,左端可以考慮切下捕獲區(qū)域前的序列區(qū)域作為后續(xù)分析用的序列以減少分析負(fù)荷。隨后,采用10X官方的Spatialranger的策略進(jìn)行后續(xù)分析,解析出位于空間位置中的有效的Spot表達(dá)矩陣。南京烈冰科技單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)分析未來(lái),單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序技術(shù)的策略會(huì)繼續(xù)向轉(zhuǎn)錄組結(jié)合其他多個(gè)組學(xué)的三組學(xué)甚至四組學(xué)方向發(fā)展。
烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺(tái)致力于幫助每一位客戶(hù)定制化分析數(shù)據(jù),深入解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,深入挖掘其背后的生物學(xué)意義;從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究,加速科研進(jìn)程!此外,烈冰生信團(tuán)隊(duì)根據(jù)豐富的實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)為用戶(hù)量身打造了一款單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果解讀的神兵利器——單細(xì)胞瀏覽器(SingleCellBrowser),不僅可以將海量復(fù)雜的結(jié)果文件可視化,還可以實(shí)現(xiàn)分析結(jié)果的三維立體化的展示呈現(xiàn)。專(zhuān)業(yè)的生信代碼交給專(zhuān)業(yè)的烈冰,專(zhuān)業(yè)的生物學(xué)意義交給專(zhuān)業(yè)的您!
基于橋式PCR技術(shù)的簇生成可以將模版鏈迅速擴(kuò)增成千上萬(wàn)倍,保證過(guò)程中足夠的測(cè)序深度。測(cè)序時(shí)使用特殊標(biāo)記的dNTP:1)堿基上通過(guò)敏感鍵修飾上不同的熒光基團(tuán),用于區(qū)分ATCG;2)3端使用疊氮基團(tuán)封閉,保證一次循環(huán)只上一個(gè)dNTP。每一輪循環(huán)結(jié)束時(shí),會(huì)通過(guò)高速熒光顯微鏡記錄熒光圖像,再通入試劑除去熒光基團(tuán)和疊氮基團(tuán),開(kāi)啟下一循環(huán)。通過(guò)分析讀取同一位點(diǎn)的熒光,實(shí)時(shí)獲取模版鏈的堿基序列。由于過(guò)程中使用的化學(xué)反應(yīng)并不可控,隨著循環(huán)數(shù)的增大會(huì)出現(xiàn)不同步的情況,因此Illumina的讀長(zhǎng)只能限制在200bp左右。利用單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)能夠更有效地研究細(xì) 胞在特定時(shí)空狀態(tài)下各組學(xué)間的復(fù)雜聯(lián)系。
當(dāng)蜂巢孔內(nèi)同時(shí)落入細(xì)胞和磁珠后,接下去可以往BDCartridge板中加入細(xì)胞裂解液對(duì)細(xì)胞進(jìn)行裂解,使細(xì)胞內(nèi)的RNA與磁珠上的標(biāo)簽進(jìn)行結(jié)合,完成每個(gè)細(xì)胞內(nèi)RNA的捕獲和標(biāo)記。這時(shí),再將捕獲了RNA的磁珠進(jìn)行回收,待所有質(zhì)控結(jié)果確認(rèn)通過(guò)后就可以進(jìn)行后續(xù)的RNA反轉(zhuǎn)錄、cDNA第二鏈合成等實(shí)驗(yàn)操作。而B(niǎo)DCartridge板則需要再進(jìn)行一次成像,獲得磁珠收集后的掃描圖,判斷磁珠是否已經(jīng)被有效收集。根據(jù)每一步的質(zhì)控結(jié)果,烈冰科技(NovelBio)單細(xì)胞測(cè)序?qū)嶒?yàn)團(tuán)隊(duì)會(huì)根據(jù)單細(xì)胞分選的實(shí)驗(yàn)結(jié)果生成實(shí)驗(yàn)總結(jié)報(bào)告,判斷每一步驟是否通過(guò)質(zhì)控,并得到捕獲的單細(xì)胞數(shù)量以及雙細(xì)胞比例,對(duì)整個(gè)實(shí)驗(yàn)進(jìn)行總結(jié)評(píng)估。若所有過(guò)程通過(guò)質(zhì)控,實(shí)驗(yàn)樣本即可進(jìn)行下一步實(shí)驗(yàn)操作。烈冰生物為您提供一站式全流程高通量測(cè)序服務(wù)。無(wú)錫單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)支持
單一的轉(zhuǎn)錄本研究不能體現(xiàn)生命進(jìn)程的變化,因此多組學(xué)聯(lián)合分析成為解析生命進(jìn)程的有力工具。南京single cell RNA單細(xì)胞多組學(xué)多組學(xué)測(cè)序
單細(xì)胞測(cè)序?qū)嶒?yàn)再樣本細(xì)胞上機(jī)分選簽,需要對(duì)細(xì)胞數(shù)量、細(xì)胞活性進(jìn)行準(zhǔn)確判斷,這對(duì)SingleCell分選標(biāo)記、建庫(kù)、下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)量都具有著決定性的作用。如若細(xì)胞計(jì)數(shù)偏高,將會(huì)影響建庫(kù)的成功率;計(jì)數(shù)偏低,則會(huì)顯著提高雙細(xì)胞的比例;而細(xì)胞活率過(guò)低,就會(huì)使測(cè)序數(shù)據(jù)的利用率大打折扣,因此把好單細(xì)胞懸液質(zhì)量這一關(guān)尤為重要。而在鋪板過(guò)程中,由于不同操作人員手法具有不可避免的差異,不同的液體流速將直接影響單細(xì)胞的入孔效果。因此烈冰生物BDRhapsody單細(xì)胞分選平臺(tái)配套了專(zhuān)門(mén)定制的電動(dòng)移液器,其具有PrimeTreat、CellLoad、BeadLoad、Wash、Lysis、Retrieval多種操作模式,來(lái)對(duì)應(yīng)各種不同的操作。通過(guò)已經(jīng)設(shè)定的程序來(lái)控制液體的流速,大幅度降低人為操作習(xí)慣帶來(lái)的差異,保證實(shí)驗(yàn)操作的一致性。南京single cell RNA單細(xì)胞多組學(xué)多組學(xué)測(cè)序
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