分子檢測型單細胞多組學測序技術中也有一些集中于探究單細胞內表觀遺傳組各層面的變化及關聯(lián)。功能研究型單細胞多組學測序技術,結合了強大的CRISPR基因編輯技術,從而可以深度挖掘基因表達調控與細胞功能以及命運決定之間的因果關系。在未來,為了更系統(tǒng)地研究多層組學之間的互動關系對細胞命運的影響,一方面,單細胞多組學測序技術的策略會繼續(xù)向轉錄組結合其他多個組學的三組學甚至四組學方向發(fā)展.另一方面,單細胞多組學測序技術會轉向研發(fā)多組學測序分析和功能驗證同時進行的方法,這種探究因果關系的策略對于揭示發(fā)育和疾病發(fā)展中的關鍵因子和分子網絡模塊十分重要。功能研究型單細胞多組學測序技術結合了CRISPR基因編輯技術, 深度挖掘基因表達調控與細胞功能。廈門烈冰單細胞多組學多組學測序
細胞中基因的表達是嚴格按照時間和空間順序發(fā)生,因此細胞類型和基因表達具有時間特異性和空間特異性。時間特異性可以通過收集不同時間點的樣本進行單細胞轉錄組測序來分析。但是單細胞轉錄組測序(scRNA-Seq)在單細胞懸液制備的過程中破壞了細胞的空間結構,無法給出固態(tài)異質化組織中細胞空間排布信息。而空間轉錄組可以解決這個問題,其以點陣形式記錄組織切片細胞的空間信息,在保留組織形態(tài)結構的基礎上,獲得細胞/基因的空間表達特異性。無錫單細胞多組學技術支持利用單細胞多組學技術能夠更有效地研究細 胞在特定時空狀態(tài)下各組學間的復雜聯(lián)系。
單細胞測序實驗再樣本細胞上機分選簽,需要對細胞數量、細胞活性進行準確判斷,這對SingleCell分選標記、建庫、下機數據的質量都具有著決定性的作用。如若細胞計數偏高,將會影響建庫的成功率;計數偏低,則會顯著提高雙細胞的比例;而細胞活率過低,就會使測序數據的利用率大打折扣,因此把好單細胞懸液質量這一關尤為重要。而在鋪板過程中,由于不同操作人員手法具有不可避免的差異,不同的液體流速將直接影響單細胞的入孔效果。因此烈冰生物BDRhapsody單細胞分選平臺配套了專門定制的電動移液器,其具有PrimeTreat、CellLoad、BeadLoad、Wash、Lysis、Retrieval多種操作模式,來對應各種不同的操作。通過已經設定的程序來控制液體的流速,大幅度降低人為操作習慣帶來的差異,保證實驗操作的一致性。
針對單細胞測序的細胞數量判斷環(huán)節(jié):主要是對細胞數量、基因表達量、測序質量進行整體描述。過濾標準:由于細胞破碎后游離RNA會釋放到環(huán)境或孔中,并且測序中也會存在一些死細胞,導致數據存在background值。因此,我們需要設定一定的標準來過濾掉假細胞或死細胞。以10×Genomics為例,細胞數量判斷主要通過分析UMICounts-Barcode曲線斜率拐點,當存在多個斜率拐點的時候,結合預期UMI=500時的細胞數量進行過濾。當斜率拐點低于UMI=500的時候,選擇UMI=500作為細胞的判斷的標準;否則,選擇和預期細胞數量非常接近的拐點作為細胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實的并且在基因數量上可以分析的數據。單細胞測序手段有力地解決了組織內高度異質性對于低豐度信號影響的問題。
隨著單細胞轉錄組測序技術(scRNA-Seq)的蓬勃發(fā)展,其在在胚胎發(fā)育,腫瘤細胞異質性,免疫細胞轉化等多方面屢建奇功,但是由于細胞形態(tài)的不同和單細胞制備中細胞敏感性的差異等因素影響,scRNA-Seq在數據分析時可能會出現細胞類型占比失真,個別細胞類型丟失等情況。為了克服單細胞測序技術的局限性,單細胞核轉錄組測序技術(snRNA-Seq)應運而生,snRNA-Seq可利用凍存組織直接制備單細胞核進行轉錄組測序,不僅克服了細胞形態(tài)差異致使的細胞捕獲差異,還克服了單細胞測序必須使用新鮮樣本的多個局限性。單細胞測序技術遍地開花,烈冰服務讓您的生物醫(yī)學研究如虎添翼。南京烈冰生物單細胞多組學測序服務
單細胞多組學技術(single-cell multimodal omics) 是指在同一細胞中同時測量多種組學數據的前沿技術。廈門烈冰單細胞多組學多組學測序
對于單細胞測序而言,常常需要先構建細胞圖譜,在此基礎上再開展后續(xù)各項分析,并且數據分析時以細胞聚類(cell cluster)為討論對象,而不是像常規(guī)Bulk測序一樣以組別為分析對象,因此單細胞測序項目對樣本入組要求沒有Bulk測序那樣嚴格,但是單細胞測序,特別是目的為圖譜研究時,需要通過提高樣本復雜度(增加樣本數),盡可能的構建某一疾病類型、群體細胞圖譜信息。因此,單細胞測序實驗設計時首先需要保證生物學重復,不同樣本來源的樣本建議單獨進行細胞解離和捕獲、建庫、測序,以保證捕獲到足夠的細胞數,單個樣本分別捕獲細胞時,后續(xù)分析除了整體分析以外,還可以做單樣本分析,保證分析的完備準確性。廈門烈冰單細胞多組學多組學測序
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