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細胞是構成生命的基礎單元,迅速發(fā)展的單細胞測序技術為在單細胞層面研究細胞功能及其背后的基因調(diào)控機制提供了重要的技術手段,單細胞測序可用于檢測多種不同的組學種類,包括轉(zhuǎn)錄組、染色質(zhì)開放組、DNA甲基化組、組蛋白修飾組等等,對不同組學技術產(chǎn)生的數(shù)據(jù)進行整合分析有助于更地刻畫細胞內(nèi)的基因調(diào)控狀態(tài)、揭示調(diào)控機制。然而,與傳統(tǒng)的bulk數(shù)據(jù)相比,單細胞數(shù)據(jù)具有規(guī)模大、噪聲高、異構性強等特點,如何通過開發(fā)新的計算方法實現(xiàn)對這些寶貴數(shù)據(jù)的有效利用已成為當今生物信息學領域關注的重點與熱點。烈冰智造PanoCell單細胞捕獲,媲美國際主流的單細胞平臺。西安上海烈冰生物單細胞多組學技術支持
單細胞測序技術(SingleCellSequencing)從一種新興的研究角度,借助已有的高通量測序手段,幫助研究者在疾病樣本的異質(zhì)性、樣本微環(huán)境、發(fā)育學、免疫學以及其他領域中進行單細胞層面的數(shù)據(jù)解析,解決了BulkPopulationSequencing所無法解決的問題。這樣一個新的研究領域必然也需要足夠可靠的實驗手段來支撐。BDRhapsody單細胞分選系統(tǒng)為此提供了完善的硬件設備,保證了從單細胞懸液質(zhì)量評估到單細胞分選標記過程中每一個實驗步驟的完善質(zhì)控。NovelBio單細胞實驗團隊借助BDRhapsody單細胞分選系統(tǒng),在實驗實施層面對單細胞測序結(jié)果的可靠性提供了強有力的保證。繼單細胞懸液制備之后,又在另一道關鍵關卡提供了可靠的支持,幫助研究者在單細胞測序領域收獲更多的成果。蘇州上海烈冰生物單細胞多組學服務機構單細胞組學技術方法的不斷 發(fā)展和改進, 為單細胞層級的多組學整合分析奠定了 基礎。
2016年發(fā)表的DR-seq和G&T-seq技術,實現(xiàn)在單細胞內(nèi)同時進行基因組和轉(zhuǎn)錄組的測序分析,使得研究人員能夠在分析細胞間基因組差異和基因表達異質(zhì)性的同時,進一步理解基因組序列差異、拷貝數(shù)變異與轉(zhuǎn)錄組異質(zhì)性之間的關系.隨后在同一個單細胞內(nèi),基于轉(zhuǎn)錄組、染色質(zhì)可及性、染色質(zhì)構象、DNA拷貝數(shù)、DNA甲基化、蛋白質(zhì)豐度或者空間狀態(tài)等整合分析的多組學方法也相繼出現(xiàn)。相較于利用不同的單細胞單組學測序方法從一類細胞中分別獲取轉(zhuǎn)錄組、基因組、表觀遺傳組等進行分析,單細胞多組學測序技術可以從同一個單細胞中同時獲取多種組學數(shù)據(jù),可以更好地反映細胞在特定狀態(tài)下各組學間的關聯(lián)以及復雜的分子調(diào)控網(wǎng)絡。
冰凍切片的空間轉(zhuǎn)錄組測序在RNA捕獲、文庫構建方面,需要將組織切片貼合在帶有mRNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上,通過甲醛固定、H&E染色得到組織切片的形態(tài)結(jié)構。再進行透化處理,使細胞中的mRNA釋放,并結(jié)合到芯片相鄰的捕獲探針上。將捕獲的mRNA反轉(zhuǎn)錄合成cDNA并構建測序文庫進行上機測序,從而獲取基因表達信息??傮w來說,空間轉(zhuǎn)錄組的實驗流程包括:組織凍存-OCT包埋-冷凍切片-固定染色-組織透化-cDNA合成及建庫-上機測序,而需要客戶進行樣本準備的步驟相對簡單:組織凍存與OCT包埋。烈冰生物首批引進 Chromium X 平臺,開啟百萬級通量單細胞測序新時代。
基于橋式PCR技術的簇生成可以將模版鏈迅速擴增成千上萬倍,保證過程中足夠的測序深度。測序時使用特殊標記的dNTP:1)堿基上通過敏感鍵修飾上不同的熒光基團,用于區(qū)分ATCG;2)3端使用疊氮基團封閉,保證一次循環(huán)只上一個dNTP。每一輪循環(huán)結(jié)束時,會通過高速熒光顯微鏡記錄熒光圖像,再通入試劑除去熒光基團和疊氮基團,開啟下一循環(huán)。通過分析讀取同一位點的熒光,實時獲取模版鏈的堿基序列。由于過程中使用的化學反應并不可控,隨著循環(huán)數(shù)的增大會出現(xiàn)不同步的情況,因此Illumina的讀長只能限制在200bp左右。單細胞多組學技術可在同一細胞中捕獲分析兩種以上的組學信息,包括轉(zhuǎn)錄組、基因組、表觀基因組、蛋白組等。無錫烈冰生物單細胞多組學測序價格
首先 出現(xiàn)的單細胞多組學方法就是將轉(zhuǎn)錄組與其他組學技術結(jié)合。西安上海烈冰生物單細胞多組學技術支持
單細胞技術讓我們在基因組學、表觀基因組學、轉(zhuǎn)錄組學和蛋白質(zhì)組學等層面上解析了許多錯綜復雜的生命密碼。隨著科技的進步,我們發(fā)現(xiàn)整合多個組學的信息可以更仔細地觀察細胞之間的可變性,更清楚地識別特定細胞及其功能。單細胞多組學在臨床診斷、疾病分型以及細胞發(fā)展機制這些重大生命科學領域方面的應用也將越來越廣。單細胞技術從 2009 年發(fā)展到現(xiàn)在,研究范圍不再局限于轉(zhuǎn)錄組,而是擴展到了基因組、免疫組、表觀組、蛋白組等多組學水平。西安上海烈冰生物單細胞多組學技術支持
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