空間組學(xué)可以應(yīng)用的方向:1.可以鑒定到疾病的空間位置異質(zhì)性:對(duì)于阿爾茨海默癥的研宄可以探索到小神經(jīng)質(zhì)細(xì)胞趨向于阿爾茨海默神經(jīng)班。 2.建立空間轉(zhuǎn)錄組圖譜構(gòu)建個(gè)人空間轉(zhuǎn)錄組圖譜將極大提升科研人員對(duì)生物體組織間的細(xì)胞差異。3、描述胚胎發(fā)育及空間藍(lán)區(qū)胚胎發(fā)育的動(dòng)態(tài)過程是科研人員一直為之著迷的,空間組學(xué)發(fā)展可以清晣的描繪胚胎發(fā)育的藍(lán)圖。除了皮膚、胰腺和骨頭組織外,其余樣本類型均可開展10xGenomics空間轉(zhuǎn)錄組研究。10xGenomics公司已經(jīng)測試完畢的組織類型有:人:心勝、腎勝、卵巢、乳房、淋巴結(jié)、大腦、大腸、肺、脾臟小鼠:大腦、眼睛、心勝、腎勝、大腸、肝臟、肺、卵巢,四頭肌、小腸、脾勝、胃、翠丸、甲狀腺、舌頭大鼠:大腦、腎臟、心臟烈冰智造空間轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞捕獲,媲美國際主流的單細(xì)胞平臺(tái)。杭州高通量測序空間轉(zhuǎn)錄組平臺(tái)
烈冰生物已空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)提供從一個(gè)組織切片樣本中獲取包括空間信息在內(nèi)的全部轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),從而可以區(qū)分和定位功能基因在特定組織區(qū)域內(nèi)的活躍表達(dá)。其可以檢測組織樣本中的所有基因活動(dòng),并繪制活動(dòng)發(fā)生的位置,這將有助于科學(xué)家更好地構(gòu)建生物圖譜,并進(jìn)一步理解疾病和生物學(xué)過程。目前,空間轉(zhuǎn)錄組主要應(yīng)用于多種疾病、免疫、發(fā)育、神經(jīng)和病理學(xué)等研究領(lǐng)域。烈冰生物具有專業(yè)的實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)、豐富的切片經(jīng)驗(yàn),配置了國際主流的儀器設(shè)備,實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)針對(duì)不同組織類型優(yōu)化完善實(shí)驗(yàn)方案,并制定了嚴(yán)謹(jǐn)規(guī)范的實(shí)驗(yàn)室SOP流程,保證空間轉(zhuǎn)錄組切片的質(zhì)量,全優(yōu)保障測序數(shù)據(jù)質(zhì)量。上海高通量測序空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析烈冰空間轉(zhuǎn)錄組測序助您深入探究細(xì)胞類型特異性和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)特征。
烈冰配置了LEICA CM1950冷凍切片機(jī),搭配切片經(jīng)驗(yàn)豐富的實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì),可以提供一致性更高、實(shí)驗(yàn)操作更精細(xì)的冷凍切片準(zhǔn)備方案,保持密切高效的溝通,設(shè)計(jì)更適合的實(shí)驗(yàn)方案,確保每一個(gè)實(shí)驗(yàn)細(xì)節(jié)有效進(jìn)行;烈冰升級(jí)配置尼康相差顯微鏡和CCD成像系統(tǒng),更高清分辨率解析組織切片原始圖像信息,10X,20X,40X,60X更多物鏡選擇,為不同大小的樣本提供更清晰的圖像,更精細(xì)的圖像信息采集、拼接策略,為樣本內(nèi)微小區(qū)域的組織學(xué)提供更清晰的影像;
空間轉(zhuǎn)錄組測序是在組織原位檢測全轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)的?種技術(shù),可以展?組織切?中不同區(qū)域的基因表達(dá)情況,同時(shí)能夠得到?的基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。與傳統(tǒng)的全基因轉(zhuǎn)錄組或單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序相?,空間轉(zhuǎn)錄組測序漿病理影像(H&E染?)與測序數(shù)據(jù)映射在?起,進(jìn)?可以分析組織切內(nèi)部空間結(jié)構(gòu)的細(xì)胞異質(zhì)性。常規(guī)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)丟失了細(xì)胞在原組織中至關(guān)重要的空間位置信息,而單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序的同時(shí)保留并記錄了細(xì)胞的空間位置信息??臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)能夠揭示細(xì)胞間的相互作用以及細(xì)胞所處的微環(huán)境,將成為發(fā)育生物學(xué)、神經(jīng)生物學(xué)、免疫生物學(xué)等領(lǐng)域的研究利器。烈冰斥巨資引進(jìn)Novaseq6000,開啟更大通量測序新紀(jì)元。
在轉(zhuǎn)錄組學(xué)領(lǐng)域,空間轉(zhuǎn)錄組也開辟了新世界。Nature Methods在今年1月份將空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)評(píng)價(jià)為2020年度方法,空間轉(zhuǎn)錄組方法近幾年越來越受到歡迎,它將帶領(lǐng)組學(xué)在生物學(xué)的研究上進(jìn)入新的階段。從轉(zhuǎn)錄組測序到實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄測序,這一過程為精確認(rèn)識(shí)不同細(xì)胞類型提供了巨大的幫助?,F(xiàn)在,新的空間轉(zhuǎn)錄組方法不僅帶來轉(zhuǎn)錄組信息,同時(shí)還提供空間信息,幫研究者更好辨別轉(zhuǎn)錄的位置,進(jìn)一步擴(kuò)展到單細(xì)胞分辨率,這會(huì)更大程度提升科學(xué)家對(duì)單個(gè)細(xì)胞的認(rèn)識(shí)和解讀。烈冰生物全轉(zhuǎn)錄組測序通過雙文庫構(gòu)建,實(shí)現(xiàn)多種RNA的一網(wǎng)打盡。蘇州空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)公司
空間轉(zhuǎn)錄組測序可識(shí)別重要的轉(zhuǎn)錄因子,進(jìn)行譜系和發(fā)育追蹤。杭州高通量測序空間轉(zhuǎn)錄組平臺(tái)
當(dāng)前的技術(shù)主要有四種策略:1、基于組學(xué)實(shí)驗(yàn)結(jié)合空間重建的計(jì)算策略這種計(jì)算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達(dá)模式或共表達(dá)的趨勢,從單個(gè)細(xì)胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細(xì)胞間的環(huán)境。然而,這些推論方法在某些情況下只呈現(xiàn)空間趨勢或特定組織的總體布局。2激光切割與NGS測序結(jié)合的策略基于LCM的轉(zhuǎn)錄組學(xué)或基因組學(xué)成功地獲得了單個(gè)細(xì)胞的空間轉(zhuǎn)錄組,盡管其通量很低,但是在可以標(biāo)記成千上萬個(gè)單個(gè)細(xì)胞位買的多路復(fù)用條形碼策路可行之前,將少量細(xì)胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成組織的巨大背景中,可能具有一定價(jià)值。3、基于熒光物質(zhì)原位的轉(zhuǎn)錄組學(xué)基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)在很大程度上增加了可檢測區(qū)域,但也存在一些問題,例如幾種smFISH方法很難從包括信號(hào)干擾、轉(zhuǎn)錄本積累等復(fù)雜背景中提取單個(gè)細(xì)胞。4、基于身核苷酸的空間條碼加上NGS測序。杭州高通量測序空間轉(zhuǎn)錄組平臺(tái)
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