10XGenomics和Drop-Seq的技術(shù)原理。是利用十字交叉的通道,從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠,縱向孔道輸入細胞,凝膠微珠與細胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上,并通過微流控技術(shù),將之輸入到油相孔道中。這時候,就形成了一個個油滴后輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細胞以及一個凝膠微珠,那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的CellBarcode和UMIBarcode連接形成的序列,再加上一端PolyT的抓手,構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligodT抓住mRNA構(gòu)建文庫,進而完成細胞中RNA的捕獲過程。助力探索生命時空多維度的動態(tài)變化的生物學信息;助力生命健康醫(yī)療大時代!青島烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組測序服務公司
基于橋式PCR技術(shù)的簇生成可以將模版鏈迅速擴增成千上萬倍,保證過程中足夠的測序深度。測序時使用特殊標記的dNTP:1)堿基上通過敏感鍵修飾上不同的熒光基團,用于區(qū)分ATCG;2)3端使用疊氮基團封閉,保證一次循環(huán)只上一個dNTP。每一輪循環(huán)結(jié)束時,會通過高速熒光顯微鏡記錄熒光圖像,再通入試劑除去熒光基團和疊氮基團,開啟下一循環(huán)。通過分析讀取同一位點的熒光,實時獲取模版鏈的堿基序列。由于過程中使用的化學反應并不可控,隨著循環(huán)數(shù)的增大會出現(xiàn)不同步的情況,因此Illumina的讀長只能限制在200bp左右。寧波高通量測序空間轉(zhuǎn)錄組平臺空間轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析,認準烈冰NovelBrain生物信息數(shù)據(jù)分析平臺。
空間組測序技術(shù),作為現(xiàn)階段單細胞技術(shù)的重要補充技術(shù)進入了組學的實驗領(lǐng)域以及生物信息學的分析領(lǐng)域。通過單細胞測序(單細胞表達尺度)+空間轉(zhuǎn)錄組測序(空間表達尺度)+數(shù)字病理(臨床診斷尺度)聯(lián)合分析可在空間和時間上描述不斷演變的組織生態(tài)系統(tǒng),多角度深入分析組織的形態(tài)特征、基因組學特征、表觀遺傳調(diào)控因子以及樣本中的免疫微環(huán)境。不同于單細胞測序分析的需求-分析-需求-分析的模式,空間轉(zhuǎn)錄組分析實際上是非常需要研究者和企業(yè)之間的互動的,尤其是對于組織切片的理解,一個在線互相交流空間轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果的系統(tǒng)也是空轉(zhuǎn)分析中不可或缺的一環(huán),也是重中之重。
空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)流程:1、組織優(yōu)化由于不同物種、組織來源的樣本所需的比較好透化時間不盡相同,在正式開展空間轉(zhuǎn)錄組測序?qū)嶒炃?,需要利用組織優(yōu)化kit進行條件的摸索。組織優(yōu)化芯片上包含8個捕獲區(qū)域,每個區(qū)域均覆蓋了熒光標記探針,可捕獲mRNA形成帶有熒光標簽的cDNA,隨即可通過熒光成像結(jié)果判定比較好透化時間及組織優(yōu)化條件。2、空間轉(zhuǎn)錄組測序確定組織優(yōu)化條件后,即可進行切片、H&E染色及成像、空間轉(zhuǎn)錄組文庫構(gòu)建及測序分析流程。豐富的測序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗,烈冰配套全程個性化、定制化地數(shù)據(jù)分析服務。
空間轉(zhuǎn)錄組測序的數(shù)據(jù)質(zhì)量和玻片有效區(qū)域的利用率、貼片的質(zhì)量和透化時間息息相關(guān)。貼片質(zhì)量不良會影響總的有效spot數(shù)等;而透化不合理會導致spot的reads數(shù)、基因中位數(shù)等參數(shù)。而在特異性基因表達方面,我們也可以統(tǒng)計空間轉(zhuǎn)錄組群體的特異性基因表達即Markergene,將他們在組織切片以及空轉(zhuǎn)上進行著色。我們也可以對于任意一個已知的基因或者數(shù)據(jù)庫中的一些細胞Marker,然后將其在基因表達在空間轉(zhuǎn)錄組的切片以及HE染色上展示自己的基因表達進而了解,群體中的可能的細胞組成關(guān)系。烈冰科技已建立了基于空間轉(zhuǎn)錄組的高通量測序?qū)嶒灦嗥脚_。廈門烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組服務機構(gòu)
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高通量測序技術(shù)(High-throughputsequencing)又稱“下一代”測序技術(shù)(“Next-generation”sequencing),以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志。高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次顛覆性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定,因此在有些文獻中稱其為下一代測序技術(shù)(nextgenerationsequencing)足見其劃時代的改變,同時高通量測序使得對一個物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進行細致全貌的分析成為可能,所以又被稱為深度測序(deepsequencing)。而烈冰科技具有專業(yè)生物背景和十二年科研服務經(jīng)驗,已助力Nature,immunity等在內(nèi)的300+篇CNS文章發(fā)表。青島烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組測序服務公司
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