生命科學研究的目的之一就是為了解決細胞和組織以及該組織如何影響功能這一難題。測序技術可提供特定條件下某些 組織中基因的表達信息，不僅可以推斷出相應未知基因的功能，揭示特定調節(jié)基因的作用機制，而且可以辨別細胞的類型和異質性，為疾病診斷提供理論依據(jù)。但由于研究的深入或具體研究方向和內容的不同，傳統(tǒng)的轉錄組測序技術顯然不能夠滿足科研工作者們強烈的好奇心，更加直觀地反映組織中基因的表達情況，隨即單細胞轉錄組測序（Single-cell RNA-sequencing，scRNA-seq）、空間轉錄組（Spatial transcriptomics，ST）測序等一系列技術應運而生。烈冰空間轉錄組測序助您深入探究細胞類型特異性和基因調控網絡特征。成都烈冰空間轉錄組數(shù)據(jù)分析可視化

10XVisium的實驗主要分為兩部分：組織學板塊和組學板塊。組織學板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像，記錄切片的形態(tài)學信息；組學板塊包括cDNA的合成、擴增、接頭連接和測序，記錄切片的轉錄本信息和空間位置信息。具體實驗流程如下：A、切片制備和優(yōu)化：取新鮮組織、冷凍、切片，并進行HE染色成像，優(yōu)化確定切片是否覆蓋靶向區(qū)域。B、切片固定和透化：將組織切片放置在含有與RNA結合捕獲探針的載玻片上，并進行固定和透化，使細胞中的mRNA得到釋放，并結合到相應的捕獲探針上，從而獲取基因表達信息。C、逆轉和文庫構建：以捕獲的RNA為模板，進行cDNA合成，和測序文庫制備。D、高通量上機測序：對制備好的測序文庫，進行二代高通量短讀長測序。E、數(shù)據(jù)可視化分析：結合HE結果，確定哪些基因有表達，表達量高低，以及這些基因的空間位置信息杭州高通量測序空間轉錄組數(shù)據(jù)分析可視化測序可準確地分析基因表達差異、基因結構變異、篩選分子標記（SNPs或SSR）等生命科學重要問題。

解決空間轉錄組測序數(shù)據(jù)分析中由于超大數(shù)據(jù)量、超高的質控要求以及繁多分析需求而引起的分析困難，做到快速可定制化完成空間轉錄組分析；擁有行業(yè)先進的3DHISTECH公司的PANNORAMIC系列的數(shù)字切片掃描儀，可以同時實現(xiàn)明場與熒光場下冷凍切片的快速掃描成像；Z-Stack多層聚焦掃描及Extended Focus 景深擴展多層融合掃描模式，進一步提升分辨率和清晰度，保證切片高分辨的數(shù)字圖像信息精細采集；能夠滿足針對分析結果中感興趣基因的RNA-FISH驗證以及組織切片的免疫組化的高清成像，獲取表達與定位信息。

在轉錄組學領域，空間轉錄組也開辟了新世界。Nature Methods在今年1月份將空間轉錄組學評價為2020年度方法，空間轉錄組方法近幾年越來越受到歡迎，它將帶領組學在生物學的研究上進入新的階段。從轉錄組測序到實現(xiàn)單細胞轉錄測序，這一過程為精確認識不同細胞類型提供了巨大的幫助。現(xiàn)在，新的空間轉錄組方法不僅帶來轉錄組信息，同時還提供空間信息，幫研究者更好辨別轉錄的位置，進一步擴展到單細胞分辨率，這會更大程度提升科學家對單個細胞的認識和解讀。烈冰生物成立于2010年，專注于空間轉錄組測序領域科研服務。

空間轉錄組測序的數(shù)據(jù)分析基本分為三個階段：1.數(shù)據(jù)的預處理部分；2.Spot點陣的分群與定義；3.Spot分群的功能與生物學價值。每一個部分都不可或缺，其結果都對后續(xù)的分析結果有重要影響。由于空間轉錄組的序列結構與單細胞轉錄組測序的左端序列結構是非常接近的，都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕獲區(qū)域這樣的設計。右端普遍為捕獲的RNA序列。因此采用單細胞的原始數(shù)據(jù)過濾策略即可，左端可以考慮切下捕獲區(qū)域前的序列區(qū)域作為后續(xù)分析用的序列以減少分析負荷。隨后，采用10X官方的Spatialranger的策略進行后續(xù)分析，解析出位于空間位置中的有效的Spot表達矩陣。高通量測序技術是對傳統(tǒng)測序一次翻天覆地的改變，一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進行測定。無錫高通量測序空間轉錄組多組學測序

空間轉錄組測序技術遍地開花，烈冰服務讓您的生物醫(yī)學研究如虎添翼。成都烈冰空間轉錄組數(shù)據(jù)分析可視化

空間轉錄組技術流程：1、組織優(yōu)化由于不同物種、組織來源的樣本所需的比較好透化時間不盡相同，在正式開展空間轉錄組測序實驗前，需要利用組織優(yōu)化kit進行條件的摸索。組織優(yōu)化芯片上包含8個捕獲區(qū)域，每個區(qū)域均覆蓋了熒光標記探針，可捕獲mRNA形成帶有熒光標簽的cDNA，隨即可通過熒光成像結果判定比較好透化時間及組織優(yōu)化條件。2、空間轉錄組測序確定組織優(yōu)化條件后，即可進行切片、H&E染色及成像、空間轉錄組文庫構建及測序分析流程。成都烈冰空間轉錄組數(shù)據(jù)分析可視化

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