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西安scRNA空間轉(zhuǎn)錄組測序

來源: 發(fā)布時間:2022-09-04

烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),深入解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,深入挖掘其背后的生物學(xué)意義;從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究,加速科研進程!此外,烈冰生信團隊根據(jù)豐富的實戰(zhàn)經(jīng)驗為用戶量身打造了一款單細(xì)胞測序結(jié)果解讀的神兵利器——單細(xì)胞瀏覽器(SingleCellBrowser),不僅可以將海量復(fù)雜的結(jié)果文件可視化,還可以實現(xiàn)分析結(jié)果的三維立體化的展示呈現(xiàn)。專業(yè)的生信代碼交給專業(yè)的烈冰,專業(yè)的生物學(xué)意義交給專業(yè)的您!烈冰斥巨資引進Novaseq6000,開啟更大通量測序新紀(jì)元。西安scRNA空間轉(zhuǎn)錄組測序

其實,空間轉(zhuǎn)錄組的概念早就已經(jīng)存在了,目前已經(jīng)發(fā)表的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)有Slide-seq,LCM-seq,seqFISH,MERFISH,Liversinglecellzonation,Geo-seqandTomo-seq。但是這些方法存在操作復(fù)雜、檢測精度不準(zhǔn)確、基因和細(xì)胞檢測量的限制等問題。10xGenomics公司升級spatialTranscriptomic后推出的Visium空間基因表達(dá)解決方案是一款商業(yè)化的高精度、高通量空間轉(zhuǎn)錄組測序方案。烈冰科技自2020年起,國內(nèi)率先搭建空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)平臺,聯(lián)合上線單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測序、AbSeq、單細(xì)胞TCR-Seq、單細(xì)胞ATAC-Seq(ARCHR測序)、空間轉(zhuǎn)錄組測序產(chǎn)品結(jié)合scRNA-Seq服務(wù),多組學(xué)聯(lián)合助力科研人員探索時空等多維度、多角度的動態(tài)變化的生物學(xué)信息。烈冰生物為您提供貼心的單細(xì)胞研究完整解決方案!武漢BD Rhapsody空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)十二年測序經(jīng)驗,烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域的佼佼者。

在轉(zhuǎn)錄組學(xué)領(lǐng)域,空間轉(zhuǎn)錄組也開辟了新世界。Nature Methods在今年1月份將空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)評價為2020年度方法,空間轉(zhuǎn)錄組方法近幾年越來越受到歡迎,它將帶領(lǐng)組學(xué)在生物學(xué)的研究上進入新的階段。從轉(zhuǎn)錄組測序到實現(xiàn)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄測序,這一過程為精確認(rèn)識不同細(xì)胞類型提供了巨大的幫助。現(xiàn)在,新的空間轉(zhuǎn)錄組方法不僅帶來轉(zhuǎn)錄組信息,同時還提供空間信息,幫研究者更好辨別轉(zhuǎn)錄的位置,進一步擴展到單細(xì)胞分辨率,這會更大程度提升科學(xué)家對單個細(xì)胞的認(rèn)識和解讀。

空間轉(zhuǎn)錄組測序的數(shù)據(jù)分析基本分為三個階段:1.數(shù)據(jù)的預(yù)處理部分;2.Spot點陣的分群與定義;3.Spot分群的功能與生物學(xué)價值。每一個部分都不可或缺,其結(jié)果都對后續(xù)的分析結(jié)果有重要影響。由于空間轉(zhuǎn)錄組的序列結(jié)構(gòu)與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序的左端序列結(jié)構(gòu)是非常接近的,都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕獲區(qū)域這樣的設(shè)計。右端普遍為捕獲的RNA序列。因此采用單細(xì)胞的原始數(shù)據(jù)過濾策略即可,左端可以考慮切下捕獲區(qū)域前的序列區(qū)域作為后續(xù)分析用的序列以減少分析負(fù)荷。隨后,采用10X官方的Spatialranger的策略進行后續(xù)分析,解析出位于空間位置中的有效的Spot表達(dá)矩陣??臻g轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的迅速發(fā)展和應(yīng)用推廣,為從多維度揭示疾病進展提供了強有力的工具。

細(xì)胞在組織樣本中的相對空間位置關(guān)系對于了解疾病病理學(xué)非常重要。但是scRNA-Seq在單細(xì)胞懸液制備的過程中破壞了細(xì)胞的空間結(jié)構(gòu),無法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細(xì)胞空間排布信息。而空間轉(zhuǎn)錄組可以解決這個問題,通過記錄組織切片細(xì)胞的空間信息,捕獲組織切片中的組織學(xué)信息;通過免疫熒光進行蛋白組檢測,將基因表達(dá)譜映射回組織樣本中的原始位置,同時獲得細(xì)胞/基因的空間表達(dá)特異性。該技術(shù)可以為神經(jīng)科學(xué),發(fā)育生物學(xué),免疫生理學(xué)等領(lǐng)域的研究提供組織和基因表達(dá)情況的新視角。高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次翻天覆地的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進行測定。廣州上海烈冰生物空間轉(zhuǎn)錄組平臺

空間轉(zhuǎn)錄組測序是高通量測序下的又一重大技術(shù)突破。西安scRNA空間轉(zhuǎn)錄組測序

烈冰生物真正實現(xiàn)空間轉(zhuǎn)錄組測序的全程把控,做到從實驗設(shè)計、空間信息標(biāo)記、建庫測序、定制化分析的全流程一站式服務(wù),助力高分文章發(fā)表;專業(yè)實驗團隊保證樣本的高度一致性;專業(yè)的生物學(xué)團隊提供個性化的產(chǎn)品應(yīng)用場景解讀、保持對生物學(xué)意義的關(guān)注;強大的生信分析團隊一對一地進行詳實科學(xué)的實驗方案設(shè)計并提供多次售后分析;可接受樣品類別為冰凍組織:新鮮樣本經(jīng)液氮預(yù)冷的異戊烷速凍,-80℃保存OCT包埋組織:新鮮組織異戊烷速凍后進行OCT包埋,或新鮮組織直接OCT包埋后-80℃速凍,注意標(biāo)明樣本方向,樣本于-80℃保存樣本處理和運輸過程需要在低溫環(huán)境西安scRNA空間轉(zhuǎn)錄組測序

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