10xGenomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫構(gòu)建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域，每個捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個被條形碼標(biāo)記的點（barcodedspots），每個點的直徑為55μm，點和點之間中心的距離為100μm，并且每個點都有一個barcode序列。組織切片的細(xì)胞中會釋放出mRNA，遷移到每個spot的mRNA會被標(biāo)記上相應(yīng)的barcode序列，然后進(jìn)行文庫構(gòu)建并進(jìn)行測序。根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，以確定哪些數(shù)據(jù)來自哪個位置，從而實現(xiàn)空間基因表達(dá)的可視化。測序的革新讓科學(xué)研究從個體基因差異逐漸轉(zhuǎn)為個體細(xì)胞的基因差異。烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組多組學(xué)測序

為同時獲得空間表達(dá)和組織學(xué)背景信息，該方案首先將FFPE組織切片置于Visium基因芯片上進(jìn)行組織學(xué)染色和成像，然后利用切片下方Visium基因芯片上的探針進(jìn)行表達(dá)定量。由于FFPE樣本通常存在RNA高度降解的問題，針對FFPE樣本的Visium空間基因表達(dá)解決方案無法像新鮮凍存組織樣本一樣利用完整mRNA具有的poly（dA）序列進(jìn)行mRNA捕獲。該方案采用針對編碼基因的成對RNA模板連接探針（RTL）與mRNA雜交。左側(cè)探針（LHS）具有部分Read 2序列，右側(cè)探針（RHS）具有合成的poly(A)序列。左右探針與mRNA雜交后彼此連接，而mRNA被RNase降解。組織透化后，被連接的成對探針與芯片上包含空間Barcode、UMI和poly(dT）序列的引物序列捕獲，并且空間Barcode和UMI序列被延伸到成對探針序列上。攜帶空間Barcode的探針序列用于進(jìn)行測序文庫構(gòu)建和測序。測序序列上的空間Barcode用于將測序序列定位到組織切片圖像上，UMI用于基因表達(dá)定量。溫州scRNA空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化助力探索生命時空多維度的動態(tài)變化的生物學(xué)信息；助力生命健康醫(yī)療大時代！

冰凍切片的空間轉(zhuǎn)錄組測序在RNA捕獲、文庫構(gòu)建方面，需要將組織切片貼合在帶有mRNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上，通過甲醛固定、H&E染色得到組織切片的形態(tài)結(jié)構(gòu)。再進(jìn)行透化處理，使細(xì)胞中的mRNA釋放，并結(jié)合到芯片相鄰的捕獲探針上。將捕獲的mRNA反轉(zhuǎn)錄合成cDNA并構(gòu)建測序文庫進(jìn)行上機(jī)測序，從而獲取基因表達(dá)信息?？傮w來說，空間轉(zhuǎn)錄組的實驗流程包括：組織凍存-OCT包埋-冷凍切片-固定染色-組織透化-cDNA合成及建庫-上機(jī)測序，而需要客戶進(jìn)行樣本準(zhǔn)備的步驟相對簡單：組織凍存與OCT包埋。

烈冰提供空間轉(zhuǎn)錄組全流程服務(wù)，包括樣本包埋、貼片、選片、HE染色、拍照成像、組織透化、建庫測序以及后續(xù)的FISH驗證等各個步驟，為您提供無憂服務(wù)。烈冰搭建了以萊卡CM1950冷凍切片機(jī)、尼康多熒光通路全自動掃描顯微鏡、3Dhistech-midi數(shù)字掃描儀為基礎(chǔ)的先進(jìn)實驗平臺，并制定嚴(yán)格規(guī)范的實驗室SOP，經(jīng)過大量的切片、貼片實操演練，對不同類型組織的切片厚度、溫度進(jìn)行優(yōu)化，確保獲得更好質(zhì)量的冷凍切片。利用NovelBrain云分析平臺，搭建0代碼需求的空間轉(zhuǎn)錄組分析流程，準(zhǔn)確快速解析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。取同一樣本組織的相鄰區(qū)域進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序，通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的整合分析，判定空間區(qū)域內(nèi)的細(xì)胞類別，精確解析組織空間內(nèi)的異質(zhì)化信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組測序，上海烈冰生物科技很靠譜。

10XGenomics和Drop-Seq的技術(shù)原理。是利用十字交叉的通道，從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠，縱向孔道輸入細(xì)胞，凝膠微珠與細(xì)胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上，并通過微流控技術(shù)，將之輸入到油相孔道中。這時候，就形成了一個個油滴后輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細(xì)胞以及一個凝膠微珠，那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的CellBarcode和UMIBarcode連接形成的序列，再加上一端PolyT的抓手，構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligodT抓住mRNA構(gòu)建文庫，進(jìn)而完成細(xì)胞中RNA的捕獲過程。烈冰引進(jìn)國際主流空間轉(zhuǎn)錄組測序平臺，提供保留組織內(nèi)部精細(xì)區(qū)域的空間信息的轉(zhuǎn)錄組測序。廣州烈冰空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)支持

烈冰科技成立10余年，為科研學(xué)者提供專注的測序數(shù)據(jù)分析服務(wù)。烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組多組學(xué)測序

烈冰生物生信分析團(tuán)隊緊追國際前沿、整合添加多項國際期刊認(rèn)可的空轉(zhuǎn)分析工具，構(gòu)建一套完整的數(shù)據(jù)分析流程；精心研發(fā)空轉(zhuǎn)結(jié)果瀏覽器，可同步展示空間轉(zhuǎn)錄組與單細(xì)胞測序分析結(jié)果，詳細(xì)深入地解析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。完成從Rawdata（原始數(shù)據(jù)）到Spot-Gene的具有定位信息的表達(dá)矩陣的過程后，就進(jìn)入了空轉(zhuǎn)的第二步，去進(jìn)行Spot的Cluster的過程，熟悉單細(xì)胞測序的研究者知道，Cluster在單細(xì)胞測序中往往表示為細(xì)胞的類型，也就是說能聚在一起采用算法分為一個群體細(xì)胞是一個Celltype（當(dāng)然分情況也會有不同）。而在空轉(zhuǎn)中，也正是由于前面提到了細(xì)胞的非單一性，導(dǎo)致了這里的分群并不是單純的同一細(xì)胞類型，而應(yīng)該認(rèn)為是具有相同細(xì)胞組成的點陣區(qū)域，或者說是近似的組織結(jié)構(gòu)區(qū)域。烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組多組學(xué)測序

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