1. 10x Genomics公司提供的Visium空間基因表達(dá)解決方案是目前可選的一個(gè)高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案可以輕松地將空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)應(yīng)用到組織切片和染色的標(biāo)準(zhǔn)方法中，從而研究空間分辨率下整個(gè)轉(zhuǎn)錄組mRNA的表達(dá)情況，同時(shí)在同一組織切片中獲得組織學(xué)相關(guān)信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組是一項(xiàng)前沿技術(shù)，涉及到很多細(xì)節(jié)方面的準(zhǔn)備工作，例如組織類型的選擇、前期預(yù)實(shí)驗(yàn)的設(shè)計(jì)、病理區(qū)域的確認(rèn)等一系列內(nèi)容。而且實(shí)驗(yàn)中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導(dǎo)致整個(gè)項(xiàng)目失敗。了解R語言基礎(chǔ)語法及數(shù)據(jù)類型，了解空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析整體流程。江西歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組報(bào)價(jià)

10x  Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫構(gòu)建的每張載玻片上有四個(gè)捕獲區(qū)域，每個(gè)捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個(gè)被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)（barcoded spots），每個(gè)點(diǎn)的直徑為55 μm，點(diǎn)和點(diǎn)之間中心的距離為100 μm，并且每個(gè)點(diǎn)都有一個(gè)barcode序列。組織切片的細(xì)胞中會(huì)釋放出mRNA，遷移到每個(gè)spot的mRNA會(huì)被標(biāo)記上相應(yīng)的barcode序列，然后進(jìn)行文庫構(gòu)建并進(jìn)行測(cè)序。根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，以確定哪些數(shù)據(jù)來自哪個(gè)位置，從而實(shí)現(xiàn)空間基因表達(dá)的可視化。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn)，致力通過高效的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。宣傳空間轉(zhuǎn)錄組規(guī)格空間轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測(cè)基因表達(dá)的一種技術(shù)。

空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)包含兩種芯片，分別為組織優(yōu)化芯片（Tissue Optimization）和基因表達(dá)芯片（Library Preparation）。組織優(yōu)化芯片用來摸索組織透化的比較好時(shí)間，基因表達(dá)芯片用來進(jìn)行正式樣本的空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)。其中基因表達(dá)芯片上有 4 個(gè)捕獲區(qū)域，每個(gè)區(qū)域大小為 6.5mm×6.5mm，每個(gè)捕獲區(qū)域中有 5000 個(gè)帶有特異地址序列的探針簇，稱為 barcoded spots，每個(gè) spot 直徑為 55um，包含數(shù)百萬個(gè)用于捕獲的 oligo 探針序列，相鄰兩個(gè) spot 的中心距離為 100um。探針序列的結(jié)構(gòu)為：測(cè)序引物結(jié)合序列，16nt 的位置序列，12nt 的 UMI 序列以及 30nt 的 oligo-dT 序列。

 空間重構(gòu)的計(jì)算策略：這種計(jì)算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達(dá)模式或共表達(dá)的趨勢(shì)，從單個(gè)細(xì)胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細(xì)胞間的環(huán)境。然而，這些推論方法在某些情況下*呈現(xiàn)空間趨勢(shì)或特定組織的總體布局。基于LCM的方法：基于LCM的轉(zhuǎn)錄組學(xué)或基因組學(xué)成功地獲得了單個(gè)細(xì)胞的空間轉(zhuǎn)錄組，盡管其通量很低，但是在可以標(biāo)記成千上萬個(gè)單個(gè)細(xì)胞位置的多路復(fù)用條形碼策略可行之前，將少量細(xì)胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成***的巨大背景中，可能具有一定價(jià)值?；趫D像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)：基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)在很大程度上增加了可檢測(cè)區(qū)域，但也存在一些問題，例如幾種smFISH方法很難從包括信號(hào)干擾、轉(zhuǎn)錄本積累等復(fù)雜背景中提取單個(gè)細(xì)胞。空間條形碼加高通量：費(fèi)用較高且無法在單個(gè)細(xì)胞中獲得轉(zhuǎn)錄組。通過空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可獲取組織中具體的位置轉(zhuǎn)錄信息，為研究和診斷提供有效數(shù)據(jù)支撐。

空間轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測(cè)基因表達(dá)的一種技術(shù)，與bulk RNA-seq或單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序相比，空間轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細(xì)胞位置信息的丟失，使得我們?cè)跈z測(cè)基因表達(dá)的同時(shí)獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。正是由于空間轉(zhuǎn)錄組可以從多維度解析生物學(xué)過程的特點(diǎn)，近年來關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組無論是在技術(shù)開發(fā)，還是大規(guī)模應(yīng)用或商業(yè)化，都得到蓬勃發(fā)展。例如2019年4月，Science發(fā)文通過空間轉(zhuǎn)錄組揭示ALS（肌萎縮側(cè)索硬化癥，又稱漸凍癥）分子病理的時(shí)空動(dòng)態(tài)；2019年8月，Nature在線發(fā)表了景乃禾團(tuán)隊(duì)解析小鼠早期胚胎細(xì)胞的時(shí)空表達(dá)數(shù)據(jù)；2020年9月，Cell上發(fā)表了一篇利用空間轉(zhuǎn)錄組解析人鱗狀細(xì)胞*的文章；2021年1月，Science發(fā)表了將組織擴(kuò)展和原位RNA測(cè)序結(jié)合起來的新型空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)ExSeq；2021年4月，10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空間轉(zhuǎn)錄組商業(yè)化解決方案。分享歐易生物在空間轉(zhuǎn)錄組樣本處理、實(shí)驗(yàn)和數(shù)據(jù)挖掘上的成功經(jīng)驗(yàn)，助力各位科研工作者取得新的突破。廣東空間轉(zhuǎn)錄組

空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)主要包括 MERFISH 和 seqFISH。江西歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組報(bào)價(jià)

空間基因表達(dá)技術(shù)能夠在保留空間背景信息的同時(shí)，多方位測(cè)量轉(zhuǎn)錄組譜。然而，現(xiàn)有的分析方法并沒有解決技術(shù)分辨率有限或有效利用空間信息的問題。來自美國的科研團(tuán)隊(duì)開發(fā)了BayesSpace，這是一種完全貝葉斯統(tǒng)計(jì)方法，它使用來自空間鄰域的信息來增強(qiáng)空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分辨率并進(jìn)行聚類分析。BayeSpace通過使用的Bioconductor SingleCellExperiment數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)將預(yù)處理數(shù)據(jù)作為輸入，無縫集成到空間轉(zhuǎn)錄組分析工作流中，輸出同樣存儲(chǔ)在SingleCellExperiment對(duì)象中，該對(duì)象可用于下游分析。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn)，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。江西歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組報(bào)價(jià)

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司總部位于聯(lián)航路1188號(hào)25幢，是一家檢驗(yàn)檢測(cè)服務(wù)。（依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目，經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動(dòng)，具體經(jīng)營項(xiàng)目以相關(guān)部門批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn)）一般項(xiàng)目：生物醫(yī)藥產(chǎn)品、生化產(chǎn)品的研發(fā)，醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品（除危險(xiǎn)品化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、易制毒化學(xué)品）的研發(fā)、銷售，儀器儀表的銷售，并提供相關(guān)技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù)，會(huì)務(wù)服務(wù)，企業(yè)管理咨詢。的公司。歐易生物作為檢驗(yàn)檢測(cè)服務(wù)。（依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目，經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動(dòng)，具體經(jīng)營項(xiàng)目以相關(guān)部門批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn)）一般項(xiàng)目：生物醫(yī)藥產(chǎn)品、生化產(chǎn)品的研發(fā)，醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品（除危險(xiǎn)品化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、易制毒化學(xué)品）的研發(fā)、銷售，儀器儀表的銷售，并提供相關(guān)技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù)，會(huì)務(wù)服務(wù)，企業(yè)管理咨詢。的企業(yè)之一，為客戶提供良好的科研服務(wù)，科研檢測(cè)，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢。歐易生物始終以本分踏實(shí)的精神和必勝的信念，影響并帶動(dòng)團(tuán)隊(duì)取得成功。歐易生物始終關(guān)注自身，在風(fēng)云變化的時(shí)代，對(duì)自身的建設(shè)毫不懈怠，高度的專注與執(zhí)著使歐易生物在行業(yè)的從容而自信。