基于原位測(cè)序的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)?；谠粶y(cè)序（ISS）的方法通過(guò)測(cè)序產(chǎn)生空間轉(zhuǎn)錄組信息，這種方法只依靠連接酶連接兩段DNA—一段已知序列的引物和一個(gè)探針與模板匹配，不匹配的探針就會(huì)被洗掉。2013年開(kāi)發(fā)的ISS中，每個(gè)探針使用一個(gè)查詢堿基來(lái)測(cè)序基因條形碼。FISSEQ和后來(lái)的EXeq使用了SOLiD，每個(gè)探針使用兩個(gè)查詢堿基來(lái)測(cè)序環(huán)化和RCA擴(kuò)增的cDNAs。在STARmap中，基因條形碼由SEDAL測(cè)序，其中還使用了兩個(gè)類(lèi)似固體的查詢堿基來(lái)避免錯(cuò)誤。BARseq還用基因條形碼放大了RCA探針?；贗SS技術(shù)的優(yōu)勢(shì)包括：?jiǎn)渭?xì)胞分辨率、亞細(xì)胞轉(zhuǎn)錄物定位和可應(yīng)用于更大的組織區(qū)域。缺點(diǎn)是：檢測(cè)效率較低。空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)在進(jìn)行 HE 染色的同時(shí)需要保證獲取組織基因表達(dá)信息。山東實(shí)力空間轉(zhuǎn)錄組

如果只是通過(guò)空間轉(zhuǎn)錄組或者單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組，研究人員在兩個(gè)樣本中均可以發(fā)現(xiàn)淋巴細(xì)胞相關(guān)基因或者淋巴細(xì)胞群，無(wú)法解釋兩個(gè)樣本預(yù)后之間的差異。但是通過(guò)空間轉(zhuǎn)錄組，就能很清晰看到兩個(gè)樣本之間的差異。作者借助空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)探究人類(lèi)心臟在發(fā)育過(guò)程中的基因表達(dá)特征和細(xì)胞圖譜變化，發(fā)現(xiàn)對(duì)于每個(gè)發(fā)育階段的不同解剖區(qū)域，都有獨(dú)特的基因表達(dá)特征。結(jié)合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)，作者進(jìn)一步確定和豐富了胚胎心臟基因表達(dá)的空間注釋信息。 陜西歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組報(bào)價(jià)10X Visium空間轉(zhuǎn)錄組的實(shí)驗(yàn)主要分為兩部分：組織學(xué)板塊和組學(xué)板塊。

空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程。將準(zhǔn)備好的新鮮冷凍組織切片放置于空間轉(zhuǎn)錄組芯片上。每個(gè)細(xì)胞中的RNA分子都包含著基因表達(dá)的信息。組織切片成像，以檢索組織學(xué)信息。這樣就可以看到一個(gè)細(xì)胞或一組細(xì)胞在組織中的位置?？臻g轉(zhuǎn)錄組芯片上含有上千個(gè)捕獲的spot，這些捕獲探針的 Poly-T 尾可以結(jié)合RNA分子的 Poly-A 尾。這些陣列的排列順序就像一個(gè)棋盤(pán)，帶有相同身份條形碼（barcode）的探測(cè)位于同一個(gè)正方形中。這樣就可以確定每個(gè)捕獲探針及其結(jié)合RNA的來(lái)源。組織切片固定。該芯片包含一個(gè)與組織切片一起成像的視覺(jué)可檢測(cè)框架。

空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程2。這使得在后續(xù)步驟中覆蓋細(xì)胞組織圖像和基因表達(dá)數(shù)據(jù)成為可能。用我們的滲透試劑對(duì)組織進(jìn)行滲透，這意味著在細(xì)胞膜上形成小孔。RNA分子可以通過(guò)這些通道離開(kāi)細(xì)胞，并與芯片上相鄰的捕獲探針結(jié)合。因此，基因表達(dá)信息被捕獲在芯片上。需要通過(guò)以下步驟將捕獲的RNA分子中存儲(chǔ)的信息轉(zhuǎn)換為數(shù)據(jù)。cDNA合成是為了創(chuàng)造穩(wěn)定的雙鏈DNA分子。這是必要的，因?yàn)閏dna - rna -雜交體的降解速度很快。此外，這是構(gòu)建可測(cè)序文庫(kù)之前的必要步驟。所有之前收集的信息都被匯集起來(lái)，可以在線訪問(wèn)。這意味著在實(shí)踐中，您可以查看組織切片的圖像并選擇組織中的不同區(qū)域。然后你可以確定哪些基因在這些區(qū)域中以什么數(shù)量表達(dá)。因此，你可以在一個(gè)單一的實(shí)驗(yàn)中進(jìn)行新分析。作者通過(guò)對(duì)三個(gè)人類(lèi)腦皮層組織的空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，可評(píng)估不同腦皮層區(qū)域中基因表達(dá)特征和細(xì)胞類(lèi)型定位情況。

除了前面提及的依賴于成像的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)外，一些無(wú)需成像即可計(jì)算重建空間基因表達(dá)模式所需信息的技術(shù)也被開(kāi)發(fā)了出來(lái)，其中之一就是是 DNA 顯微技術(shù)，它記錄 cDNA 之間的接近度，該信息可用于重建轉(zhuǎn)錄本之間的相對(duì)位置。另外，也出現(xiàn)了一些技術(shù)（如 pcRNAseq），在細(xì)胞水平上，可以通過(guò)多重分析來(lái)重建稀有類(lèi)型細(xì)胞基因的空間表達(dá)情況，然后基于來(lái)自常見(jiàn)細(xì)胞類(lèi)型的細(xì)胞基因表達(dá)將其映射到空間參考中的位置，這些細(xì)胞的類(lèi)型與附著于稀有細(xì)胞類(lèi)型的細(xì)胞相關(guān)。此外，“空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)”這一術(shù)語(yǔ)的變體，也用于描述將轉(zhuǎn)錄本定位到細(xì)胞器的技術(shù)（例如 APEX-seq），盡管該技術(shù)沒(méi)有記錄任何空間坐標(biāo)。盡管當(dāng)前空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長(zhǎng)，但尚未有對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)對(duì)這些數(shù)據(jù)進(jìn)行匯總集成。河南空間轉(zhuǎn)錄組報(bào)價(jià)

空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)主要包括 MERFISH 和 seqFISH。山東實(shí)力空間轉(zhuǎn)錄組

高通量空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的處理和分析需要新穎的方法和工具支撐，尤其是在預(yù)處理、scRNA-seq 數(shù)據(jù)的空間重構(gòu)、基于微陣列數(shù)據(jù)的細(xì)胞類(lèi)型去卷積、空間高變基因的識(shí)別、細(xì)胞間相互作用的推導(dǎo)等。scRNA-seq 技術(shù)的進(jìn)步啟發(fā)了利用高分辨率轉(zhuǎn)錄組定量分析與空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的互補(bǔ)性質(zhì)的新方法。對(duì)于未進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的 smFISH 和 ISS 數(shù)據(jù)，可通過(guò) scRNA-seq 數(shù)據(jù)估算空間數(shù)據(jù)中未分析的基因的表達(dá)模式。此外，“空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)”這一術(shù)語(yǔ)的變體，也用于描述將轉(zhuǎn)錄本定位到細(xì)胞器的技術(shù)（例如 APEX-seq），盡管該技術(shù)沒(méi)有記錄任何空間坐標(biāo)。山東實(shí)力空間轉(zhuǎn)錄組

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司是一家集研發(fā)、制造、銷(xiāo)售為一體的****，公司位于聯(lián)航路1188號(hào)25幢，成立于2009-03-10。公司秉承著技術(shù)研發(fā)、客戶優(yōu)先的原則，為國(guó)內(nèi){主營(yíng)產(chǎn)品或行業(yè)}的產(chǎn)品發(fā)展添磚加瓦。在孜孜不倦的奮斗下，公司產(chǎn)品業(yè)務(wù)越來(lái)越廣。目前主要經(jīng)營(yíng)有科研服務(wù)，科研檢測(cè)，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢等產(chǎn)品，并多次以醫(yī)藥健康行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)、客戶需求定制多款多元化的產(chǎn)品。上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司研發(fā)團(tuán)隊(duì)不斷緊跟科研服務(wù)，科研檢測(cè)，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢行業(yè)發(fā)展趨勢(shì)，研發(fā)與改進(jìn)新的產(chǎn)品，從而保證公司在新技術(shù)研發(fā)方面不斷提升，確保公司產(chǎn)品符合行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)和要求。上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司嚴(yán)格規(guī)范科研服務(wù)，科研檢測(cè)，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢產(chǎn)品管理流程，確保公司產(chǎn)品質(zhì)量的可控可靠。公司擁有銷(xiāo)售/售后服務(wù)團(tuán)隊(duì)，分工明細(xì)，服務(wù)貼心，為廣大用戶提供滿意的服務(wù)。