PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析流程是怎樣的?要做PRM首先要明確目標(biāo)蛋白(或多肽)是什么,設(shè)計和建立針對這些目標(biāo)蛋白PRM質(zhì)譜采集方法,然后對待測樣品進(jìn)行PRM數(shù)據(jù)采集,將得到的原始譜圖數(shù)據(jù)導(dǎo)入分析軟件提取子離子信息進(jìn)行定量。另外,如果配制已知濃度的標(biāo)準(zhǔn)肽段,用PRM額外做一個標(biāo)準(zhǔn)曲線,即可實現(xiàn)一定的定量。PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)能應(yīng)用到哪些方面?研究工作中涉及到蛋白或多肽定量的都可以通過PRM技術(shù)來實現(xiàn)。具體說來,比如驗證定量蛋白質(zhì)組學(xué)中某些蛋白的變化,多肽的相對和一定的定量,想做蛋白定量卻沒有抗體,針對蛋白修飾位點的定量,想同時定量多個蛋白的情況等,都可以用PRM來做。蛋白質(zhì)組與基因組相對應(yīng),也是一個整體的概念。武漢定量蛋白組學(xué)研究方法
LabelFree(非標(biāo)記蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)):在非標(biāo)記策略的定量模型中,主要涉及兩種不同的算法:其一,以肽段的色譜峰積分面積為基礎(chǔ),通過比較一對生物樣品中相對應(yīng)到蛋白質(zhì)酶解多肽的色譜積分面積而得到兩者的相對豐度;其二,以肽段被質(zhì)譜檢測的計數(shù)為基礎(chǔ),通過歸一化來表征被檢測蛋白質(zhì)的相對豐度。非標(biāo)記技術(shù)認(rèn)為肽段在質(zhì)譜中被捕獲檢測的頻率(Counts)與其在混合物中的豐度成正相關(guān),因此蛋白質(zhì)被質(zhì)譜檢測的計數(shù)反映了蛋白質(zhì)的豐度,通過適當(dāng)?shù)臄?shù)學(xué)公式可以將質(zhì)譜檢測計數(shù)與蛋白質(zhì)的量聯(lián)系起來,從而對蛋白質(zhì)進(jìn)行定量。哈爾濱蛋白質(zhì)組學(xué)費用蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)的發(fā)展已經(jīng)成為現(xiàn)代的生物技術(shù)快速發(fā)展的重要支撐。
PRM靶向蛋白質(zhì)組學(xué):產(chǎn)品分類:a.相對定量(目的同WB)。b.一定定量(目的同Elisa)。技術(shù)優(yōu)勢:(1)無需抗體,可直接對樣本中目標(biāo)蛋白質(zhì)進(jìn)行定量分析。(2)高特異性、準(zhǔn)確度和靈敏度,靶向檢測目標(biāo)蛋白對應(yīng)的多個unique肽段。(3)通量高,可以同時實現(xiàn)幾十個蛋白的定量檢測。樣本要求:動物及臨床組織標(biāo)本100mg/sample,血清、血漿200μL/sample,細(xì)胞、微生物1×107cells/sample。應(yīng)用方向:驗證修飾和非修飾定量蛋白組學(xué)結(jié)果;目標(biāo)蛋白相對定量和一定定量分析。蛋白質(zhì)組學(xué)屬于后基因組時代的科學(xué)研究,針對基因表達(dá)產(chǎn)物進(jìn)行檢測與定量。
定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析:特點:(1)不同樣本標(biāo)記之后混樣,統(tǒng)一處理上機,減少了分別上機造成的實驗誤差,并利用同位素標(biāo)簽的豐度來檢測,定量更準(zhǔn)確,重復(fù)性更好;(2)由于需要標(biāo)記試劑標(biāo)記,因此成本相對較高;(3)通量高,在一次實驗中比較多可同時比較8個樣品;(4)利用基于同一個參考樣品的辦法,可以進(jìn)行多于8個樣品的定量比較;(5)iTRAQ的覆蓋度高、靈敏度高。Label-Free定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析:Label-Free定量,即非標(biāo)記的定量蛋白質(zhì)組學(xué),不需要對比較樣本做特定標(biāo)記處理,只需要比較特定肽段/蛋白在不同樣品間的色譜質(zhì)譜響應(yīng)信號便可得到樣品間蛋白表達(dá)量的變化,通常用于分析大規(guī)模蛋白鑒定和定量時所產(chǎn)生的質(zhì)譜數(shù)據(jù)。有很多蛋白質(zhì)組學(xué)的研究者在工業(yè)界和醫(yī)院進(jìn)行相關(guān)研究和日常工作。
蛋白質(zhì)組學(xué):對人類而言,蛋白質(zhì)組學(xué)的研究終究要服務(wù)于人類的健康,主要指促進(jìn)分子醫(yī)學(xué)的發(fā)展。如尋找藥物的靶分子。很多藥物本身就是蛋白質(zhì),而很多藥物的靶分子也是蛋白質(zhì)。藥物也可以干預(yù)蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用。在基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)和疾病機理研究中,了解人不同發(fā)育、生長期和不同生理、病理條件下及不同細(xì)胞類型的基因表達(dá)的特點具有特別重要的意義。這些研究可能找到直接與特定生理或病理狀態(tài)相關(guān)的分子,進(jìn)一步為設(shè)計作用于特定靶分子的藥物奠定基礎(chǔ)。蛋白質(zhì)組學(xué)包括翻譯后的修飾。濟南外泌體蛋白質(zhì)組學(xué)分析方法
蛋白質(zhì)組學(xué)本質(zhì)上指的是在大規(guī)模水平上研究蛋白質(zhì)的特征。武漢定量蛋白組學(xué)研究方法
蛋白質(zhì)組學(xué)概念:蛋白質(zhì)組學(xué)(英語:proteomics,又譯作蛋白質(zhì)體學(xué)),是以蛋白質(zhì)組為研究對象,研究細(xì)胞、組織或生物體蛋白質(zhì)組成及其變化規(guī)律的科學(xué)。蛋白質(zhì)組(Proteome)一詞,源于蛋白質(zhì)(protein)與基因組(genome)兩個詞的組合,意指“一種基因組所表達(dá)的全套蛋白質(zhì)”,即包括一種細(xì)胞乃至一種生物所表達(dá)的全部蛋白質(zhì)。蛋白質(zhì)組學(xué)本質(zhì)上指的是在大規(guī)模水平上研究蛋白質(zhì)的特征,包括蛋白質(zhì)的表達(dá)水平,翻譯后的修飾,蛋白與蛋白相互作用等,由此獲得蛋白質(zhì)水平上的關(guān)于疾病發(fā)生,細(xì)胞代謝等過程的整體而全方面的認(rèn)識。武漢定量蛋白組學(xué)研究方法
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