蛋白組學(xué)研究怎么做？PRM:平行反應(yīng)監(jiān)測(cè)(ParallelReactionMonitoring)是一種基于高分辨、高精度質(zhì)譜的離子監(jiān)視技術(shù)，能夠?qū)δ繕?biāo)蛋白質(zhì)、目標(biāo)肽段（如發(fā)生翻譯后修飾的肽段）進(jìn)行選擇性檢測(cè)，從而實(shí)現(xiàn)對(duì)目標(biāo)蛋白質(zhì)/肽段進(jìn)行一定定量，因此也被稱之為基于液相色譜質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)的WesternBlot（LC-MSMSbasedWesternBlot,L-WB）。PRM技術(shù)基于Q-Orbitrap為表示的高分辨、高精度質(zhì)譜平臺(tái)，首先利用四級(jí)桿質(zhì)量分析器的選擇能力，用Q1選擇目標(biāo)肽段的母離子，隨后在Collisioncell中對(duì)母離子進(jìn)行碎裂，之后利用Orbitrap分析器在二級(jí)質(zhì)譜中檢測(cè)所選擇的母離子窗口內(nèi)的所有碎片信息。這樣即可對(duì)復(fù)雜樣本中的目標(biāo)蛋白質(zhì)/肽段進(jìn)行準(zhǔn)確地特異性分析。蛋白質(zhì)組學(xué)相關(guān)技術(shù)目前在一小部分]應(yīng)用中具有獨(dú)特優(yōu)勢(shì)。江蘇定量乙?；鞍踪|(zhì)組學(xué)領(lǐng)域
定量蛋白質(zhì)組學(xué)的方法學(xué)背景和意義：從生命活動(dòng)的直接執(zhí)行者——蛋白質(zhì)的角度研究生命現(xiàn)象和規(guī)律（特別是疾病防治和病理研究）已成為研究生命科學(xué)的主要手段。而這些研究往往離不開對(duì)細(xì)胞、組織中含有蛋白質(zhì)種類和表達(dá)量的研究。對(duì)處不同時(shí)期、不同條件下蛋白質(zhì)表達(dá)水平變化的研究，識(shí)別功能模塊和路徑，監(jiān)控疾病的生物標(biāo)志物，這些研究都需要對(duì)蛋白質(zhì)進(jìn)行鑒定和定量。生物質(zhì)譜技術(shù)的出現(xiàn)和不斷成熟為蛋白質(zhì)差異表達(dá)分析提供了更可靠、動(dòng)態(tài)范圍更廣的研究手段?；谫|(zhì)譜技術(shù)，科學(xué)家們不斷開發(fā)出新的定量蛋白質(zhì)組學(xué)方法，來了解細(xì)胞、組織或生物體的整體蛋白質(zhì)動(dòng)力學(xué)。廣州常規(guī)蛋白質(zhì)組學(xué)研究方法蛋白質(zhì)組學(xué)由此獲得蛋白質(zhì)水平上的關(guān)于疾病發(fā)生，細(xì)胞代謝等過程的整體而全方面的認(rèn)識(shí)。
PRM靶向蛋白組學(xué)：PRM技術(shù)是一種根據(jù)已知實(shí)測(cè)信息或質(zhì)譜檢測(cè)規(guī)律的假定信息對(duì)樣品中的蛋白質(zhì)進(jìn)行靶向定量的技術(shù)。該技術(shù)主要應(yīng)用儀器為QExactive系列質(zhì)譜儀，首先以四極桿作為質(zhì)量過濾器，特異性地選擇與預(yù)先設(shè)定質(zhì)荷比相同的肽段離子（母離子）通過，隨后在高能碰撞池中碎裂母離子，之后通過Orbitrap分析碎片離子（子離子）得到肽段的二級(jí)質(zhì)譜信息。四極桿的高選擇性離子過濾與Orbitrap高分辨率測(cè)量技術(shù)的結(jié)合使得PRM技術(shù)有很高的特異性，并且有效的降低了背景噪音，去除了干擾離子，提高了靈敏度。在確保數(shù)據(jù)質(zhì)量的前提下，為了在一次分析中檢測(cè)更多的蛋白質(zhì)，可用預(yù)置PRM（ScheduledPRM,sPRM）的方法，這種方法需要知道每個(gè)肽段的保留時(shí)間信息，使得每個(gè)肽段只在其洗脫時(shí)間窗口內(nèi)執(zhí)行PRM檢測(cè)，很大程度上提高了檢測(cè)效率，可同時(shí)檢測(cè)上百種蛋白質(zhì)。PRM技術(shù)是目前應(yīng)用較普遍的質(zhì)譜蛋白質(zhì)靶向定量技術(shù)。
常規(guī)蛋白質(zhì)組學(xué)：Labelfree多肽組學(xué)：顧名思義，就是不使用任何標(biāo)記方法，直接對(duì)肽段進(jìn)行質(zhì)譜鑒定和定性定量分析。實(shí)驗(yàn)流程簡(jiǎn)單，只需要對(duì)蛋白進(jìn)行常規(guī)酶解和除鹽步驟即可上機(jī)。定量方式分為兩種：峰面積（Peakintensity）和峰計(jì)數(shù)（Spectralcount），常用的是峰面積。不過，由于質(zhì)譜采集時(shí)只選取topN的母離子進(jìn)行二級(jí)碎裂和MS2檢測(cè)，所以會(huì)丟失一些豐度較低的肽段信息，缺失值比較多。TMT/iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)：TMT全稱是TandemMassTag，是經(jīng)典化學(xué)標(biāo)記試劑，普遍用于差異表達(dá)蛋白質(zhì)組分析研究中。該技術(shù)采用6重、10重或16重同位素標(biāo)簽，與肽段的氨基發(fā)生共價(jià)結(jié)合反應(yīng)，可實(shí)現(xiàn)同時(shí)對(duì)6個(gè)/10個(gè)/16個(gè)不同樣品中蛋白質(zhì)的定性和定量分析。（目前16標(biāo)鹿明生物可提供技術(shù)服務(wù)）。在未來的發(fā)展中，蛋白質(zhì)組學(xué)的研究領(lǐng)域?qū)⒏悠毡椤?/p>
蛋白質(zhì)組學(xué)，指對(duì)某一基因組所表達(dá)的所有蛋白質(zhì)及其特征進(jìn)行大規(guī)模、系統(tǒng)化地研究，以期望在蛋白質(zhì)水平上解釋控制復(fù)雜的生命活動(dòng)的分子網(wǎng)絡(luò)。研究的內(nèi)容主要包括：組成蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)氨基酸的序列特征、蛋白質(zhì)的豐度、蛋白質(zhì)活性、蛋白質(zhì)的修飾、亞細(xì)胞定位和三維結(jié)構(gòu)、蛋白質(zhì)之間的相互作用以及對(duì)蛋白質(zhì)的高階復(fù)合物結(jié)構(gòu)。質(zhì)譜技術(shù)的發(fā)展為這些研究提供了有力的技術(shù)支撐，使得許多有實(shí)際應(yīng)用的蛋白質(zhì)組功能研究成為可能，包括翻譯后修飾的整體分析，蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的重建和模式生物蛋白表達(dá)譜的定量研究；在臨床醫(yī)學(xué)和轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究中也越來越多地應(yīng)用到蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)。定量蛋白質(zhì)組學(xué)通過對(duì)蛋白質(zhì)的定量分析，以了解基因在不同的生理、病理和逆境條件下的表達(dá)情況。杭州Label free多肽組學(xué)檢測(cè)價(jià)格
目前國(guó)際上許多大型藥物公司正投入大量的人力和物力進(jìn)行蛋白質(zhì)組學(xué)方面的應(yīng)用性研究。江蘇定量乙?；鞍踪|(zhì)組學(xué)領(lǐng)域
蛋白組學(xué)樣本寄送前是否需要精確計(jì)數(shù)或是稱量？不同樣本寄送會(huì)有不同的送樣要求，按照收集方法提供可以保證實(shí)驗(yàn)用量充足。不需要精確計(jì)數(shù)或是稱量，項(xiàng)目開展前會(huì)進(jìn)行蛋白濃度的測(cè)定，后續(xù)也是不同樣本等蛋白量處理、上機(jī)檢測(cè)，但是要保證每個(gè)樣本的寄樣量達(dá)到實(shí)驗(yàn)要求。常規(guī)定量蛋白組實(shí)驗(yàn)的主要步驟有哪些，數(shù)據(jù)分析內(nèi)容包含哪些？實(shí)驗(yàn)步驟：首先獲得生物學(xué)樣本，然后進(jìn)行蛋白提取，定量，SDS-PAGE跑膠質(zhì)控，還原烷基化，酶解，獲得肽段，（標(biāo)記+分組分），上機(jī)檢測(cè)，搜庫軟件搜庫，數(shù)據(jù)分析；數(shù)據(jù)分析：主要分為基礎(chǔ)數(shù)據(jù)分析、?級(jí)數(shù)據(jù)分析和個(gè)性化數(shù)據(jù)分析三個(gè)部分?；A(chǔ)分析主要包括差異表達(dá)蛋白篩選、層次聚類分析分析、COG注釋分析、亞細(xì)胞定位分析、GO注釋富集分析、KEGG注釋分析、PPI分析等。江蘇定量乙酰化蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域
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