蛋白質(zhì)組學(xué)研究這樣做:蛋白質(zhì)組與基因組相對(duì)應(yīng),也是一個(gè)整體的概念,隨著基因組學(xué)研究的不斷深入,蛋白質(zhì)組學(xué)已逐漸成為研究熱點(diǎn),對(duì)蛋白組學(xué)的研究可以使我們更容易接近生命的機(jī)理本質(zhì),但探究成千上萬(wàn)的蛋白質(zhì)特性也是一個(gè)重大的技術(shù)挑戰(zhàn)。蛋白質(zhì)組(Proteome)指的是某一時(shí)刻或某一狀態(tài)基因組表達(dá)的所有相應(yīng)的蛋白,即細(xì)胞、組織或機(jī)體全部蛋白質(zhì)的存在及活動(dòng)形式,其是一個(gè)動(dòng)態(tài)概念,它是在組織、細(xì)胞的整體蛋白質(zhì)水平上,探索蛋白質(zhì)作用模式、功能機(jī)理、調(diào)節(jié)控制以及蛋白質(zhì)群體內(nèi)的相互關(guān)系、從而獲得生命活動(dòng)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的全方面而深入的認(rèn)識(shí),以揭示生命活動(dòng)的基本規(guī)律。蛋白質(zhì)組學(xué)的研究是生命科學(xué)進(jìn)入后基因時(shí)代的特征。PRM定量蛋白質(zhì)組學(xué)一般流程
常規(guī)蛋白質(zhì)組學(xué):Labelfree多肽組學(xué):顧名思義,就是不使用任何標(biāo)記方法,直接對(duì)肽段進(jìn)行質(zhì)譜鑒定和定性定量分析。實(shí)驗(yàn)流程簡(jiǎn)單,只需要對(duì)蛋白進(jìn)行常規(guī)酶解和除鹽步驟即可上機(jī)。定量方式分為兩種:峰面積(Peakintensity)和峰計(jì)數(shù)(Spectralcount),常用的是峰面積。不過(guò),由于質(zhì)譜采集時(shí)只選取topN的母離子進(jìn)行二級(jí)碎裂和MS2檢測(cè),所以會(huì)丟失一些豐度較低的肽段信息,缺失值比較多。TMT/iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué):TMT全稱(chēng)是TandemMassTag,是經(jīng)典化學(xué)標(biāo)記試劑,普遍用于差異表達(dá)蛋白質(zhì)組分析研究中。該技術(shù)采用6重、10重或16重同位素標(biāo)簽,與肽段的氨基發(fā)生共價(jià)結(jié)合反應(yīng),可實(shí)現(xiàn)同時(shí)對(duì)6個(gè)/10個(gè)/16個(gè)不同樣品中蛋白質(zhì)的定性和定量分析。(目前16標(biāo)鹿明生物可提供技術(shù)服務(wù))。廣東蛋白質(zhì)組學(xué)價(jià)格蛋白質(zhì)組與基因組相對(duì)應(yīng),也是一個(gè)整體的概念。
PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析流程是怎樣的?要做PRM首先要明確目標(biāo)蛋白(或多肽)是什么,設(shè)計(jì)和建立針對(duì)這些目標(biāo)蛋白PRM質(zhì)譜采集方法,然后對(duì)待測(cè)樣品進(jìn)行PRM數(shù)據(jù)采集,將得到的原始譜圖數(shù)據(jù)導(dǎo)入分析軟件提取子離子信息進(jìn)行定量。另外,如果配制已知濃度的標(biāo)準(zhǔn)肽段,用PRM額外做一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)曲線(xiàn),即可實(shí)現(xiàn)一定的定量。PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)能應(yīng)用到哪些方面?研究工作中涉及到蛋白或多肽定量的都可以通過(guò)PRM技術(shù)來(lái)實(shí)現(xiàn)。具體說(shuō)來(lái),比如驗(yàn)證定量蛋白質(zhì)組學(xué)中某些蛋白的變化,多肽的相對(duì)和一定的定量,想做蛋白定量卻沒(méi)有抗體,針對(duì)蛋白修飾位點(diǎn)的定量,想同時(shí)定量多個(gè)蛋白的情況等,都可以用PRM來(lái)做。
蛋白質(zhì)組學(xué)發(fā)展趨勢(shì):技術(shù)發(fā)展方面:蛋白質(zhì)組學(xué)的研究方法將出現(xiàn)多種技術(shù)并存,各有優(yōu)勢(shì)和的特點(diǎn),而難以象基因組研究一樣形成比較一致的方法。除了發(fā)展新方法外,更強(qiáng)調(diào)各種方法間的整合和互補(bǔ),以適應(yīng)不同蛋白質(zhì)的不同特征。另外,蛋白質(zhì)組學(xué)與其它學(xué)科的交叉也將日益明顯和重要,這種交叉是新技術(shù)新方法的活水之源,特別是,蛋白質(zhì)組學(xué)與其它大規(guī)模科學(xué)如基因組學(xué),生物信息學(xué)等領(lǐng)域的交叉,構(gòu)成組學(xué)(omics)生物技術(shù)研究方法,所呈現(xiàn)出的系統(tǒng)生物學(xué)(SystemBiology)研究模式,將成為未來(lái)生命科學(xué)比較令人激動(dòng)的新前沿。蛋白質(zhì)組可以隨著組織、甚至環(huán)境狀態(tài)的不同而改變。
蛋白組學(xué)技術(shù):質(zhì)譜技術(shù)相較于傳統(tǒng)蛋白質(zhì)鑒定技術(shù)而言,擁有靈敏、準(zhǔn)確、高通量、自動(dòng)化等特點(diǎn)。質(zhì)譜鑒定蛋白質(zhì)的基本原理是先將樣品分子離子化,然后根據(jù)不同離子之間的質(zhì)荷比差異來(lái)分離并確定蛋白質(zhì)的相對(duì)分子質(zhì)量。根據(jù)蛋白質(zhì)酶解后所得到的肽質(zhì)量指紋圖譜、肽序列標(biāo)簽、和肽階梯序列去檢索蛋白質(zhì)或核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù),質(zhì)譜技術(shù)可達(dá)到對(duì)蛋白質(zhì)的快速鑒定和高通量篩選。因產(chǎn)生離子的方法不同而發(fā)展起來(lái)的質(zhì)譜包括基質(zhì)輔助激光解吸離子化質(zhì)譜、電噴霧離子化質(zhì)譜、表面增強(qiáng)激光解吸離子化質(zhì)譜等。蛋白質(zhì)組學(xué)包括蛋白與蛋白相互作用等。廣州新型修飾蛋白組學(xué)技術(shù)服務(wù)
蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)有電噴霧質(zhì)譜。PRM定量蛋白質(zhì)組學(xué)一般流程
蛋白質(zhì)組學(xué),指對(duì)某一基因組所表達(dá)的所有蛋白質(zhì)及其特征進(jìn)行大規(guī)模、系統(tǒng)化地研究,以期望在蛋白質(zhì)水平上解釋控制復(fù)雜的生命活動(dòng)的分子網(wǎng)絡(luò)。研究的內(nèi)容主要包括:組成蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)氨基酸的序列特征、蛋白質(zhì)的豐度、蛋白質(zhì)活性、蛋白質(zhì)的修飾、亞細(xì)胞定位和三維結(jié)構(gòu)、蛋白質(zhì)之間的相互作用以及對(duì)蛋白質(zhì)的高階復(fù)合物結(jié)構(gòu)。質(zhì)譜技術(shù)的發(fā)展為這些研究提供了有力的技術(shù)支撐,使得許多有實(shí)際應(yīng)用的蛋白質(zhì)組功能研究成為可能,包括翻譯后修飾的整體分析,蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的重建和模式生物蛋白表達(dá)譜的定量研究;在臨床醫(yī)學(xué)和轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究中也越來(lái)越多地應(yīng)用到蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)。PRM定量蛋白質(zhì)組學(xué)一般流程
上海拜譜生物科技有限公司致力于商務(wù)服務(wù),是一家服務(wù)型的公司。公司業(yè)務(wù)分為多組學(xué)服務(wù),質(zhì)譜檢測(cè),蛋白質(zhì)組學(xué),代謝組學(xué)等,目前不斷進(jìn)行創(chuàng)新和服務(wù)改進(jìn),為客戶(hù)提供良好的產(chǎn)品和服務(wù)。公司將不斷增強(qiáng)企業(yè)重點(diǎn)競(jìng)爭(zhēng)力,努力學(xué)習(xí)行業(yè)知識(shí),遵守行業(yè)規(guī)范,植根于商務(wù)服務(wù)行業(yè)的發(fā)展。拜譜生物秉承“客戶(hù)為尊、服務(wù)為榮、創(chuàng)意為先、技術(shù)為實(shí)”的經(jīng)營(yíng)理念,全力打造公司的重點(diǎn)競(jìng)爭(zhēng)力。