代謝組學(xué)概念:基因與蛋白質(zhì)的表達(dá)緊密相連,而代謝物則更多地反映了細(xì)胞所處的環(huán)境,這又與細(xì)胞的營(yíng)養(yǎng)狀態(tài),藥物和環(huán)境污染物的作用,以及其它外界因素的影響密切相關(guān)。因此有人認(rèn)為,“基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)告訴你什么可能會(huì)發(fā)生,而代謝組學(xué)則告訴你什么確實(shí)發(fā)生了?!贝x組學(xué)的概念來(lái)源于代謝組,代謝組是指某一生物或細(xì)胞在一特定生理時(shí)期內(nèi)所有的低分子量代謝產(chǎn)物,代謝組學(xué)則是對(duì)某一生物或細(xì)胞在一特定生理時(shí)期內(nèi)所有低分子量代謝產(chǎn)物同時(shí)進(jìn)行定性和定量分析的一門新學(xué)科。它是以組群指標(biāo)分析為基礎(chǔ),以高通量檢測(cè)和數(shù)據(jù)處理為手段,以信息建模與系統(tǒng)整合為目標(biāo)的系統(tǒng)生物學(xué)的一個(gè)分支。代謝組學(xué)的研究介于基因、蛋白質(zhì)和細(xì)胞、組織之間。杭州動(dòng)物靶向代謝組學(xué)質(zhì)譜鑒定
GC-MS非靶向代謝組學(xué)能檢測(cè)到哪些類別的代謝物?衍生化極大地拓展了GC/MS的檢測(cè)分析范圍。GC/MS能檢測(cè)到有機(jī)酸、氨基酸、單糖、糖醇、胺類、脂肪酸、吲哚、單甘油酯、核苷、二糖、生育酚、甾醇和膽汁酸等代謝物。如何提高定性準(zhǔn)確度?GC/MS的定性有雙重標(biāo)準(zhǔn),一是保留指數(shù),二是質(zhì)譜信息的相似度(similarity)。不同于LC/MS的軟電離源,GC/MS使用的EI源屬于硬電離,能量較強(qiáng)且穩(wěn)定,在將代謝物分子電離后,分子離子峰進(jìn)一步碎裂產(chǎn)生豐富的碎片離子。因此,我們很難在GC/MS上看到分子離子峰。GC/MS提供的是代謝物的“指紋圖譜”,將儀器得到的實(shí)際指紋圖譜和質(zhì)譜庫(kù)(如NIST庫(kù))進(jìn)行比對(duì)后,我們將會(huì)得到一個(gè)叫相似度的指標(biāo)。保留指數(shù)和相似度都必須滿足設(shè)定的閾值,軟件才會(huì)給出色譜峰的定性結(jié)果。然后采用標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)譜信息進(jìn)行完全比對(duì)定性,也就是說(shuō)只有經(jīng)過(guò)標(biāo)準(zhǔn)品比對(duì),代謝物才是被100%定性。杭州動(dòng)物靶向代謝組學(xué)質(zhì)譜鑒定代謝組學(xué)技術(shù)可應(yīng)用于病因病機(jī)研究。
什么是非靶向代謝組學(xué)、靶向代謝組學(xué)?(1) 非靶向代謝組學(xué)(Untargeted metabolomics)即非目標(biāo)代謝組學(xué)或發(fā)現(xiàn)代謝組學(xué),無(wú)偏向性地對(duì)所有小分子代謝物(一般相對(duì)分子量小于1000)同時(shí)進(jìn)行檢測(cè)分析的代謝組學(xué)。(2) 靶向代謝組學(xué)(Trgeted metabolomics)則為目標(biāo)性代謝組學(xué),著重對(duì)于設(shè)定好的目標(biāo)代謝物進(jìn)行定性、量檢測(cè)分析和研究。相比于其他組學(xué),代謝組學(xué)有哪些特殊的優(yōu)勢(shì)?系統(tǒng)生物學(xué)有基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白組學(xué)和代謝組學(xué)。代謝組學(xué)作為系統(tǒng)生物學(xué)的一個(gè)重要的分支,與其他組學(xué)相比有著其特有的優(yōu)勢(shì),主要體現(xiàn)在以下幾點(diǎn):(1) 基因與蛋白質(zhì)表達(dá)的微小變化會(huì)在相應(yīng)代謝物水平上得到放大,更容易被檢測(cè)。(2) 代謝物的種類要遠(yuǎn)小于基因和蛋白的數(shù)目。(3) 可與生物表型變化建立直接相關(guān)性。
代謝組學(xué)的研究分為靶向和非靶向。通俗說(shuō)就是你有沒(méi)有目標(biāo)分子。傳統(tǒng)代謝組學(xué)研究利用的是GC-MS,因?yàn)榇x物大多數(shù)都不是高沸點(diǎn)的,而且GC-MS有龐大的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索。然后發(fā)展的LC-MS差不多,就是克服了一些高沸點(diǎn)物質(zhì)難以檢測(cè)的弊端。NMR用于代謝組學(xué)不是很多,一方面是NMR這個(gè)東西入行起點(diǎn)有點(diǎn)高,另一方面是樣品太復(fù)雜而且靈敏度不高。但是NMR樣品處理簡(jiǎn)單,無(wú)損。不需要各種衍生化。而且NMR對(duì)于物質(zhì)結(jié)構(gòu)的指認(rèn)要比MS更精確(比如異構(gòu)體)因此對(duì)定性非常有用,成為非靶向代謝組學(xué)的重要方法。代謝組學(xué)是系統(tǒng)生物學(xué)的組成部分。
代謝組學(xué)尿液樣本收集:1)取空腹晨尿、中段尿(臨床)或晨間1 h尿(動(dòng)物)于50 mL離心管中;2)4 ℃ 下10000 rpm離心10 min取上清,用1.5 mL離心管分裝,保存于-80 ℃。3)動(dòng)物1 h尿量不夠的情況下,可分多次收集尿液;如需收取24 h尿液,需要使用帶低溫裝置的代謝籠收集,并且及時(shí)凍存樣本。4)收集完尿液樣本后,建議使用液氮淬滅15 min后,再分裝多管后于-80 ℃凍存。組織樣本收集:動(dòng)物組織(包括腦、心、肝、脾、肺、腎、肌肉和皮膚等;軟體動(dòng)物如血吸蟲(chóng)):1)取適量組織,用預(yù)冷的PBS緩沖液或生理鹽水清洗干凈;2)迅速剝?nèi)シ潜匦璧闹竞徒Y(jié)締組織,再用PBS緩沖液或生理鹽水沖洗干凈;3)用干凈的無(wú)塵吸水紙吸干水分,將組織分成50-100 mg / 管分裝待用;4)管子上做好標(biāo)記后迅速放入液氮中冷凍處理至少15 min,-80 ℃凍存;干冰運(yùn)輸。靶向代謝組學(xué)著重對(duì)于設(shè)定好的目標(biāo)代謝物進(jìn)行定性、量檢測(cè)分析和研究。上海常規(guī)靶向代謝組學(xué)分析研究
代謝組學(xué)的研究處于生物信息流的中游。杭州動(dòng)物靶向代謝組學(xué)質(zhì)譜鑒定
代謝組學(xué)在系統(tǒng)生物學(xué)中有什么作用?它的地位如何?代謝物作為生物體表型的基礎(chǔ)能夠幫助我們更直觀有效地了解生命現(xiàn)象揭示生命本質(zhì)。代謝組學(xué)本質(zhì)上是指從整體上研究生物體的代謝物,是對(duì)某一生物、組織或細(xì)胞中的所有低分子量代謝產(chǎn)物進(jìn)行定性與定量分析的一門科學(xué)。代謝組學(xué)以指標(biāo)分析為基礎(chǔ),高通量檢測(cè)為手段,通過(guò)研究生物體內(nèi)代謝物的種類與數(shù)量及其變化規(guī)律來(lái)闡述機(jī)體在正常生命狀態(tài)及環(huán)境變化后的代謝過(guò)程。代謝組是系統(tǒng)生物學(xué)的分支學(xué)科之一。其研究?jī)?nèi)容主要包括對(duì)代謝物進(jìn)行定性或定量分析,不同基因型的生物體進(jìn)行代謝組學(xué)表型研究,不同生長(zhǎng)環(huán)境及加物理、化學(xué)或生物性刺激后個(gè)體代謝產(chǎn)物的應(yīng)答,進(jìn)行代謝途徑或代謝網(wǎng)絡(luò)解析與轉(zhuǎn)基因評(píng)價(jià)。杭州動(dòng)物靶向代謝組學(xué)質(zhì)譜鑒定
上海拜譜生物科技有限公司主要經(jīng)營(yíng)范圍是商務(wù)服務(wù),擁有一支專業(yè)技術(shù)團(tuán)隊(duì)和良好的市場(chǎng)口碑。公司業(yè)務(wù)分為多組學(xué)服務(wù),質(zhì)譜檢測(cè),蛋白質(zhì)組學(xué),代謝組學(xué)等,目前不斷進(jìn)行創(chuàng)新和服務(wù)改進(jìn),為客戶提供良好的產(chǎn)品和服務(wù)。公司秉持誠(chéng)信為本的經(jīng)營(yíng)理念,在商務(wù)服務(wù)深耕多年,以技術(shù)為先導(dǎo),以自主產(chǎn)品為重點(diǎn),發(fā)揮人才優(yōu)勢(shì),打造商務(wù)服務(wù)良好品牌。在社會(huì)各界的鼎力支持下,持續(xù)創(chuàng)新,不斷鑄造***服務(wù)體驗(yàn),為客戶成功提供堅(jiān)實(shí)有力的支持。