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河南宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組技術(shù)服務(wù)

來源: 發(fā)布時間:2022-01-03

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù):10×genomics技術(shù):首先在凝膠微珠上種上特定的DNA的片段,DNA的片段由三部分組成:Barcode、UMI、PolyT組成。Barcode是16個堿基的長度。一共有400萬種Barcode,一個微珠是對應(yīng)于一種Barcode,通過這400萬種Barcode,可以把凝膠微珠給區(qū)分開(通過barcode可以把cell分開)。UMI是一段隨機序列,也就是說每一個DNA分子,都有自己的UMI序列(一個微珠上有很多種UMI,通過UMI可以把RNA分子分開,并可以標(biāo)記RNA分子的數(shù)量)。10個堿基長的UMI,有100萬種序列的變化(4^10=1,048,576),UMI的作用是為了區(qū)分哪些reads是來自于一個原始cDNA分子區(qū)分基因片段重復(fù)還是duplication及區(qū)分是真實的SNP位點還是PCR產(chǎn)生的突變。通過10×genomics儀器將單個細(xì)胞與單個凝膠微珠通過油相混在一起,形成油包水的小微滴。普通轉(zhuǎn)錄組測序主要適用于不同的環(huán)境、藥物、病原菌等逆境脅迫處理。河南宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組技術(shù)服務(wù)

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序有什么樣的樣品要求?(1)樣品純度要求:OD值應(yīng)在1.8至2.2之間;電泳檢測28S:18S至少大于1.8。(2)樣品濃度:totalRNA濃度不低于400ng/μg。(3)totalRNA樣品請置于-20℃保存;請?zhí)峁﹖otalRNA樣品具體濃度、體積、制備時間、溶劑名稱及物種來源。請同時附上QC數(shù)據(jù),包括電泳膠圖、分光光度或Nanodrop儀器檢測數(shù)據(jù)。(4)樣品請置于1.5ml管中,管上注明樣品名稱、濃度以及制備時間,管口使用Parafilm封口。建議使用干冰運輸,并且盡量選用較快的郵遞方式,以降低運輸過程中樣品降解的可能性。廣州宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組技術(shù)服務(wù)轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)和表達水平的同時,還能發(fā)現(xiàn)未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本。

全轉(zhuǎn)錄組測序:狹義的轉(zhuǎn)錄組默認(rèn)只包含mRNA,但是廣義的轉(zhuǎn)錄組指的是細(xì)胞或組織中所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合,其中包含mRNA和非編碼RNA(non-codingRNA,ncRNA)。非編碼RNA目前的研究多集中在具有調(diào)控功能的smallRNA(以miRNA為表示),長鏈非編碼RNA(longnon-codingRNA,lncRNA)和環(huán)狀RNA(circularRNA,circRNA)上,而這幾類ncRNA的調(diào)控對象都和mRNA有關(guān)。因此,全轉(zhuǎn)錄組即包含了ncRNAs和mRNA。全轉(zhuǎn)錄組測序即對以上四種ncRNA進行測序,并分析這四者之間復(fù)雜的相互作用關(guān)系。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序結(jié)果的影響因素?RNA的降解嚴(yán)重影響測序的質(zhì)量,RNA降解后,加入poly-A后無法捕獲純化mRNA,因此,隨機引物反轉(zhuǎn)錄無法得到全部的cDNA,導(dǎo)致測序結(jié)果出現(xiàn)明顯的3‘-和5’-偏向。文庫中的poly-A多聚物的存在會對測序信號產(chǎn)生干擾,影響測序結(jié)果的準(zhǔn)確性;同時由于轉(zhuǎn)錄組中轉(zhuǎn)錄本的豐度不一致,實驗前需要對樣本進行均一化處理,否則高豐度的表達基因會掩蓋低豐度表達基因,導(dǎo)致尋找新基因失敗或者是獲得大量無意義的重復(fù)序列?;诟咄繙y序平臺的轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序技術(shù)能夠全方面獲得物種特定組織的轉(zhuǎn)錄本信息。

circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué):是一類具有閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子,沒有5′帽子結(jié)構(gòu)和3′poly(A)結(jié)構(gòu),主要位于細(xì)胞質(zhì)或儲存于外泌體中,不受RNA外切酶影響,表達更穩(wěn)定且不易降解,已被證明普遍存在于多種真核生物體內(nèi)[1]。大多數(shù)circRNA是由外顯子環(huán)化而成,也有部分circRNA是由內(nèi)含子環(huán)化而成的套索結(jié)構(gòu)。同時由于circRNA含有大量的miRNA應(yīng)答原件(MREs),能與AGO蛋白形成RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合體(RISC)的催化關(guān)鍵,然后導(dǎo)致circRNA降解。根據(jù)來源,circRNA可大致分為四類:全外顯子型的circRNA,內(nèi)含子和外顯子組合的EIcircRNA,內(nèi)含子組成的套索型ciRNA,由病毒RNA基因組、tRNA、rRNA、snRNA等環(huán)化產(chǎn)生的circRNA。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測序能夠提供更準(zhǔn)確的數(shù)字化信號。廣州宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組技術(shù)服務(wù)

轉(zhuǎn)錄組學(xué)狹義上指所有mRNA的組合。河南宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組技術(shù)服務(wù)

轉(zhuǎn)錄組學(xué)和基因組學(xué)目前有實用價值嗎?二者實用價值非常大,尤其是對有瘤的患者的醫(yī)治,簡直顛覆了傳統(tǒng)醫(yī)治的模式。轉(zhuǎn)錄組和基因組月在生物學(xué)研究中有著重要價值。例如研究某個基因功能的時候,可以構(gòu)建該基因的敲除或者過表達生物,然后對比野生型進行轉(zhuǎn)錄組分析看看該基因涉及什么表達網(wǎng)絡(luò)。此外在醫(yī)學(xué)方面的應(yīng)用也很大,例如在有的瘤病人中進行基因組學(xué)測序和分析能夠了解其中的發(fā)生的發(fā)展的驅(qū)動基因,然后能根據(jù)發(fā)展的驅(qū)動基因研究靶向藥物,從而推動瘤的藥物研發(fā)和醫(yī)治!河南宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組技術(shù)服務(wù)

上海拜譜生物科技有限公司致力于商務(wù)服務(wù),以科技創(chuàng)新實現(xiàn)***管理的追求。公司自創(chuàng)立以來,投身于多組學(xué)服務(wù),質(zhì)譜檢測,蛋白質(zhì)組學(xué),代謝組學(xué),是商務(wù)服務(wù)的主力軍。拜譜生物繼續(xù)堅定不移地走高質(zhì)量發(fā)展道路,既要實現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長,又要聚焦關(guān)鍵領(lǐng)域,實現(xiàn)轉(zhuǎn)型再突破。拜譜生物始終關(guān)注自身,在風(fēng)云變化的時代,對自身的建設(shè)毫不懈怠,高度的專注與執(zhí)著使拜譜生物在行業(yè)的從容而自信。