轉(zhuǎn)錄組學(xué)和基因組學(xué)目前有實用價值嗎?二者實用價值非常大，尤其是對有瘤的患者的醫(yī)治，簡直顛覆了傳統(tǒng)醫(yī)治的模式。轉(zhuǎn)錄組和基因組月在生物學(xué)研究中有著重要價值。例如研究某個基因功能的時候，可以構(gòu)建該基因的敲除或者過表達(dá)生物，然后對比野生型進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析看看該基因涉及什么表達(dá)網(wǎng)絡(luò)。此外在醫(yī)學(xué)方面的應(yīng)用也很大，例如在有的瘤病人中進(jìn)行基因組學(xué)測序和分析能夠了解其中的發(fā)生的發(fā)展的驅(qū)動基因，然后能根據(jù)發(fā)展的驅(qū)動基因研究靶向藥物，從而推動瘤的藥物研發(fā)和醫(yī)治！轉(zhuǎn)錄組學(xué)能夠檢測未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本。四川mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法

轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)：轉(zhuǎn)錄組學(xué)（transcriptomics），是一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡而言之，轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。轉(zhuǎn)錄組即一個活細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，是研究細(xì)胞表型和功能的一個重要手段。優(yōu)勢：高通量、更精確的數(shù)字信號；在單核苷酸水平對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動進(jìn)行檢測；分析轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平的同時，還能發(fā)現(xiàn)未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本；準(zhǔn)確地識別可變剪切和融合基因。應(yīng)用方向：植物生長機制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù)；炎癥發(fā)生機制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù)；表達(dá)差異的研究；基因點突變及多態(tài)性檢測。山東外泌體microRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)定性分析基于高通量測序平臺的轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序技術(shù)能夠全方面獲得物種特定組織的轉(zhuǎn)錄本信息。

全轉(zhuǎn)錄組測序：狹義的轉(zhuǎn)錄組默認(rèn)只包含mRNA，但是廣義的轉(zhuǎn)錄組指的是細(xì)胞或組織中所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合，其中包含mRNA和非編碼RNA（non-codingRNA,ncRNA）。非編碼RNA目前的研究多集中在具有調(diào)控功能的smallRNA（以miRNA為表示），長鏈非編碼RNA（longnon-codingRNA,lncRNA）和環(huán)狀RNA（circularRNA,circRNA）上，而這幾類ncRNA的調(diào)控對象都和mRNA有關(guān)。因此，全轉(zhuǎn)錄組即包含了ncRNAs和mRNA。全轉(zhuǎn)錄組測序即對以上四種ncRNA進(jìn)行測序，并分析這四者之間復(fù)雜的相互作用關(guān)系。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)為什么原核物種只能做有參轉(zhuǎn)錄組分析？由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域、操縱子及多順反子，如果按照無參轉(zhuǎn)錄組分析策略進(jìn)行組裝的話，難度較大，組裝結(jié)果存在較大風(fēng)險。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因數(shù)目多少比較合理？不同的處理，不同的研究目標(biāo)，差異基因的數(shù)目是不同的，從幾十個到幾千個都有可能。但是如果差異基因數(shù)目是個位數(shù)或者上萬，那么就需要和分析人員溝通一下，查一查是否有問題。轉(zhuǎn)錄組學(xué)差異基因太多，注釋信息太雜亂，怎么挑選目標(biāo)基因？對不同的差異組合進(jìn)行維恩圖分析，挑選共有或者特有的差異基因作為后續(xù)的研究對象；根據(jù)前人的文獻(xiàn)報道，挑選相關(guān)差異基因，不要局限在自己研究的物種上。轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平的同時，還能發(fā)現(xiàn)未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本。

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組關(guān)鍵步驟：單細(xì)胞的分離和捕獲：溫和分離，稀有細(xì)胞。轉(zhuǎn)錄本的捕獲和擴增：RNA測序需要0.1-1.0ugtotalRNA，捕獲效率10%（5-**NA測序需要1ngDNA，極限稀釋加移液分離單細(xì)胞；顯微操作分選單細(xì)胞；流式分選帶有表面Marker的單細(xì)胞；激光切割實體組織；微流控技術(shù)；磁珠捕獲，主要用于CTC。它的一個優(yōu)點是可以結(jié)合流式細(xì)胞熒光分選（FACS,fluorescentactivatedcellsorting）根據(jù)表面Marker分選細(xì)胞。因此特別適合分選細(xì)胞子集用于測序。它的另一個優(yōu)點是可以獲得細(xì)胞形態(tài)全覽圖，提供另外一個維度的信息，可用于鑒定微孔中是否有損傷的細(xì)胞或雙份細(xì)胞，主要缺點是通量低且每個細(xì)胞所需的工作量相當(dāng)大。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序樣品純度要求，電泳檢測28S:18S至少大于1.8。山東外泌體microRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)定性分析

轉(zhuǎn)錄組學(xué)能夠同時鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本。四川mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法

轉(zhuǎn)錄組及轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-seq）：轉(zhuǎn)錄組即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-seq）主要通過高通量測序研究特定組織或細(xì)胞在某個時期轉(zhuǎn)錄出來的mRNA的表達(dá)量，進(jìn)而對相關(guān)基因和表型的關(guān)系進(jìn)行分析。本質(zhì)上講RNA-seq就是在用一種新的方法實現(xiàn)“基因決定性狀”的經(jīng)典思路。在RNA-seq之前用于研究基因組表達(dá)分析的主要技術(shù)是基因芯片，不過由于高通量測序成本的下降，RNA-seq的運用愈來愈普遍。四川mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法

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