轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的方法:轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一門在整體水平上研究細(xì)胞中所有基因轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。在早期,由于測序價格昂貴、基因序列數(shù)目有限,轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究者只能進(jìn)行極少數(shù)特定基因的結(jié)構(gòu)功能分析和表達(dá)研究。近十幾年,分子生物學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展使高通量分析成為可能,這為真正意義上的轉(zhuǎn)錄組學(xué)的研究奠定了基礎(chǔ)。這些高通量研究方法主要可以分為兩類:一類是基于這類方法包括表達(dá)序列標(biāo)簽技術(shù)、基因表達(dá)系列分析技術(shù)、大規(guī)模平行測序技術(shù)、RNA測序技術(shù)其中。轉(zhuǎn)錄組學(xué)狹義上指所有mRNA的組合。深圳SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要技術(shù)
轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的方法:在早期,由于測序價格昂貴、基因序列數(shù)目有限,轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究者只能進(jìn)行極少數(shù)特定基因的結(jié)構(gòu)功能分析和表達(dá)研究。近十幾年,分子生物學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展使高通量分析成為可能,這為真正意義上的轉(zhuǎn)錄組學(xué)的研究奠定了基礎(chǔ)。這些高通量研究方法主要可以分為兩類:一類是基于這類方法包括表達(dá)序列標(biāo)簽技術(shù)、基因表達(dá)系列分析技術(shù)、大規(guī)模平行測序技術(shù)、RNA測序技術(shù)其中,Microarray和EST技術(shù)是較早發(fā)展起來的先驅(qū)技術(shù),SAGE、MPSS和RNA-sea是高通量測序條件下的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究有助于了解特定生命過程中相關(guān)基因的整體表達(dá)情況,進(jìn)而從轉(zhuǎn)錄水平初步揭示該生命過程的代謝網(wǎng)絡(luò)及其調(diào)控機(jī)理。河南mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析研究轉(zhuǎn)錄組學(xué)可應(yīng)用于基因點(diǎn)突變及多態(tài)性檢測。
宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組概念:宏轉(zhuǎn)錄組測序是對某一特定時期、特定環(huán)境樣品中的全部微生物的RNA進(jìn)行高通量測序,直接獲得該環(huán)境中所有微生物轉(zhuǎn)錄組信息的一種測序技術(shù)的新應(yīng)用。宏轉(zhuǎn)錄組中不只包含有微生物的物種信息,還有微生物的基因表達(dá)信息。如果說宏基因組能告訴我們微生物群,那么宏轉(zhuǎn)錄組則能告訴我們這些微生物,這有助于挖掘微生物功能基因和探索微生物與環(huán)境、疾病、動植物等關(guān)系的機(jī)制。宏轉(zhuǎn)錄組分析:從以G為單位的高通量測序數(shù)據(jù)中獲取研究所需的微生物種類、基因、通路等信息是進(jìn)行宏轉(zhuǎn)錄組研究必須經(jīng)歷的一步。現(xiàn)在網(wǎng)絡(luò)上分析組學(xué)數(shù)據(jù)的工具五花八門。能否從眾多組學(xué)工具中選擇出適合分析宏轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的軟件,能否搭建一套完整、快速、高效、靈敏、高精確的宏轉(zhuǎn)錄組分析pipline,直接關(guān)乎到后期數(shù)據(jù)分析的進(jìn)行。
轉(zhuǎn)錄組是干什么用的,和表達(dá)譜有什么區(qū)別?轉(zhuǎn)錄組,指細(xì)胞某一時期所有基因的轉(zhuǎn)錄水平。轉(zhuǎn)錄組學(xué),是一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡而言之,轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。對RNA的分析。分析應(yīng)該是分幾個維度的DNA到RNA,RNA的剪切拼接,RNA的翻譯。表達(dá)譜有兩種,分別是基因表達(dá)譜和蛋白質(zhì)表達(dá)譜?;虮磉_(dá)譜是指細(xì)胞中所有基因表達(dá)的格局。通過比較分析基因表達(dá)譜,可從整體水平研究代謝機(jī)制,認(rèn)識基因相互作用的網(wǎng)絡(luò)關(guān)系,發(fā)現(xiàn)重要基因。轉(zhuǎn)錄組是干什么用的,和表達(dá)譜有什么區(qū)別?
轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù):轉(zhuǎn)錄組學(xué)(transcriptomics),是一門在整體水平上研究細(xì)胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學(xué)科。簡而言之,轉(zhuǎn)錄組學(xué)是從RNA水平研究基因表達(dá)的情況。轉(zhuǎn)錄組即一個活細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,是研究細(xì)胞表型和功能的一個重要手段。優(yōu)勢:高通量、更精確的數(shù)字信號;在單核苷酸水平對任意物種的整體轉(zhuǎn)錄活動進(jìn)行檢測;分析轉(zhuǎn)錄本的結(jié)構(gòu)和表達(dá)水平的同時,還能發(fā)現(xiàn)未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本;準(zhǔn)確地識別可變剪切和融合基因。應(yīng)用方向:植物生長機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù);炎癥發(fā)生機(jī)制的發(fā)現(xiàn)及干預(yù);表達(dá)差異的研究;基因點(diǎn)突變及多態(tài)性檢測。轉(zhuǎn)錄組即一個活細(xì)胞所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,是研究細(xì)胞表型和功能的一個重要手段。宏轉(zhuǎn)錄學(xué)組技術(shù)
轉(zhuǎn)錄組測序可以對所有轉(zhuǎn)錄物進(jìn)行分類、確定基因的轉(zhuǎn)錄結(jié)構(gòu)、量化轉(zhuǎn)錄物的表達(dá)水平。深圳SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要技術(shù)
轉(zhuǎn)錄組學(xué)的概念:轉(zhuǎn)錄組是指特定組織或細(xì)胞在某一發(fā)育階段或功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的匯合,包括蛋白質(zhì)編碼的信使RNA和非編碼RNA(rRNA、tRNA和其他ncRNAs),高通量測序技術(shù)也被稱為下一代測序(NGS)技術(shù),推進(jìn)了基因組學(xué)的研究進(jìn)展。該項新技術(shù)除了研究靜態(tài)基因組,近年來也開始應(yīng)用于動態(tài)轉(zhuǎn)錄分析,由此衍生的技術(shù)稱為RNA序列分析(RNA-seq)隨著DNA基因芯片技術(shù)的快速發(fā)展,開創(chuàng)了這個病癥近十年的高通量轉(zhuǎn)錄組研究。RNA-Seq技術(shù)可以從轉(zhuǎn)錄水平檢測瘤中的改變基因。通過相關(guān)軟件分析,鑒定相關(guān)改變基因在瘤發(fā)生的發(fā)展中所起的作用。然后經(jīng)過刷選,進(jìn)一步挑選出相關(guān)靶基因進(jìn)行實驗研究,有望為瘤的基因醫(yī)治提供新的靶點(diǎn)。深圳SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要技術(shù)