蛋白質(zhì)組學(xué)研究這樣做:蛋白質(zhì)組與基因組相對應(yīng),也是一個整體的概念,隨著基因組學(xué)研究的不斷深入,蛋白質(zhì)組學(xué)已逐漸成為研究熱點,對蛋白組學(xué)的研究可以使我們更容易接近生命的機理本質(zhì),但探究成千上萬的蛋白質(zhì)特性也是一個重大的技術(shù)挑戰(zhàn)。蛋白質(zhì)組(Proteome)指的是某一時刻或某一狀態(tài)基因組表達的所有相應(yīng)的蛋白,即細胞、組織或機體全部蛋白質(zhì)的存在及活動形式,其是一個動態(tài)概念,它是在組織、細胞的整體蛋白質(zhì)水平上,探索蛋白質(zhì)作用模式、功能機理、調(diào)節(jié)控制以及蛋白質(zhì)群體內(nèi)的相互關(guān)系、從而獲得生命活動調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的全方面而深入的認(rèn)識,以揭示生命活動的基本規(guī)律。蛋白質(zhì)組研究技術(shù)在研究對象上,覆蓋了原核微生物、真核微生物、植物和動物等范圍。南京高通量蛋白質(zhì)組學(xué)分析研究
PRM靶向蛋白質(zhì)組學(xué):是一種基于Orbitrap為表示的高分辨、高精度質(zhì)譜的離子監(jiān)視技術(shù),首先利用四級桿質(zhì)量分析器的選擇能力,用Q1選擇目標(biāo)肽段的母離子,隨后在collisioncell中對母離子進行碎裂,然后利用Orbitrap分析器在二級質(zhì)譜中檢測所選擇的母離子窗口內(nèi)的所有碎片信息。這樣能夠?qū)δ繕?biāo)蛋白質(zhì)、目標(biāo)肽段(如發(fā)生翻譯后修飾的肽段)進行選擇性檢測,即可對目標(biāo)蛋白質(zhì)/肽段進行相對(一定)定量。隨著質(zhì)譜、系統(tǒng)生物學(xué)、生物信息學(xué)等相關(guān)學(xué)科的發(fā)展,我認(rèn)為今后我們會更多地在現(xiàn)實生活中見到蛋白質(zhì)組學(xué)相關(guān)的應(yīng)用。如定量胰島素、鑒定血紅蛋白氨基酸突變(鐮刀形紅細胞癥)、糖化血紅蛋白比例測定等。從測試體量估計,應(yīng)該遠小于1%的ELISA測試量。武漢醫(yī)學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)價格定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)主要分為標(biāo)記(label)和非標(biāo)記(label free)定量策略。
Labelfree非標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)特點:(1)不需要標(biāo)記處理,操作簡單,成本低、實驗周期短;(2)每個樣品單獨處理、上機;(3)可以做任意樣本的總蛋白質(zhì)差異定量,樣品類型不受限制;(4)對單個樣品的蛋白總量要求相對較低,對于組織本身蛋白量不高,可以選擇Label-Free,適用于一些難收集樣品;(5)定性沒有問題,但是定量的準(zhǔn)確性較標(biāo)記定量稍差,會受到質(zhì)譜穩(wěn)定性等因素的影響;(6)適合于大樣本量的定量比較(大于24個樣本)。蛋白質(zhì)組學(xué)在醫(yī)學(xué)的研究應(yīng)用:蛋白質(zhì)組學(xué)(Proteomics)是研究細胞、組織或生物體中蛋白質(zhì)組成、定位、變化及其相互作用規(guī)律的科學(xué)。
iTRAQ/TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組介紹:iTRAQ/TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組研究是對一個基因組表達的全部蛋白質(zhì)或一個復(fù)雜混合體系內(nèi)所有蛋白質(zhì)進行標(biāo)記,利用標(biāo)記試劑中的二級報告離子來對蛋白進行精確鑒定和定量。技術(shù)優(yōu)勢:1、適用范圍廣:可檢測到的蛋白除了胞漿蛋白外,還有線粒體蛋白、膜蛋白。也能對任何類型的蛋白質(zhì)進行鑒定,包括高分子量,酸性,堿性蛋白質(zhì);2、高通量:一次可以實現(xiàn)多個樣品的定性定量分析,特別適用于采用多種處理方式或來自多個處理時間的樣本的差異蛋白分析。Label Free 非標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)處理步驟簡單,成本低。
蛋白質(zhì)組學(xué)描述: 蛋白質(zhì)組(proteome):一種細胞、組織或生物體完整基因組所對應(yīng)的全套蛋白質(zhì)。蛋白質(zhì)組學(xué)(proteomics):研究細胞、組織或生物體中蛋白質(zhì)組成、變化、定位及相互作用規(guī)律的科學(xué)。蛋白質(zhì)譜技術(shù): 蛋白質(zhì)譜技術(shù)是蛋白質(zhì)鑒定分析的主要支撐技術(shù),它通過測定樣品離子的質(zhì)荷比(m/z) 來進行成分和結(jié)構(gòu)分析。高靈敏度,精確度;能同時提供樣品的精確分子量和結(jié)構(gòu)信息;既可用于定性分析,也可用于定量分析。標(biāo)記定量技術(shù)原理: 在一級質(zhì)譜圖中,任何一種iTRAQ/TMT試劑標(biāo)記不同樣本中的同一蛋白質(zhì)表現(xiàn)為相同的質(zhì)荷比; 在二級質(zhì)譜圖中,報告離子表現(xiàn)為不同質(zhì)荷比的峰,因此根據(jù)波峰的高度及面積,可以鑒定出蛋白質(zhì)和分析出同一蛋白質(zhì)不同處理的定量信息。蛋白質(zhì)組學(xué)的研究方法將出現(xiàn)多種技術(shù)并存。南京PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學(xué)價格
蛋白質(zhì)組學(xué)的分析主要指蛋白的生信分析,依賴于數(shù)據(jù)庫的建立。南京高通量蛋白質(zhì)組學(xué)分析研究
常規(guī)蛋白質(zhì)組學(xué):Labelfree多肽組學(xué):顧名思義,就是不使用任何標(biāo)記方法,直接對肽段進行質(zhì)譜鑒定和定性定量分析。實驗流程簡單,只需要對蛋白進行常規(guī)酶解和除鹽步驟即可上機。定量方式分為兩種:峰面積(Peakintensity)和峰計數(shù)(Spectralcount),常用的是峰面積。不過,由于質(zhì)譜采集時只選取topN的母離子進行二級碎裂和MS2檢測,所以會丟失一些豐度較低的肽段信息,缺失值比較多。TMT/iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué):TMT全稱是TandemMassTag,是經(jīng)典化學(xué)標(biāo)記試劑,普遍用于差異表達蛋白質(zhì)組分析研究中。該技術(shù)采用6重、10重或16重同位素標(biāo)簽,與肽段的氨基發(fā)生共價結(jié)合反應(yīng),可實現(xiàn)同時對6個/10個/16個不同樣品中蛋白質(zhì)的定性和定量分析。(目前16標(biāo)鹿明生物可提供技術(shù)服務(wù))。南京高通量蛋白質(zhì)組學(xué)分析研究