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代謝組學(xué)樣品收集方法及所需樣本量是什么?根據(jù)不同的檢測要求,需要配合不同的樣本量和樣本采集方法,常規(guī)的方法和單個樣本量如下:(1) 微生物和細(xì)胞樣本:細(xì)胞迅速猝滅細(xì)胞并冷凍保存;單個樣本細(xì)胞數(shù)量要求10^6。(2) 動物體液(如尿、血、組織、唾液):采樣后要迅速預(yù)處理,如加入抗凝血劑、防腐劑,并立即冷凍處理(-80 ℃);單個樣本要求體積為10μL。(3) 植物樣本:采集后迅速冷凍(液氮),然后轉(zhuǎn)入-80℃保存,單個樣本要求質(zhì)量為50mg。代謝組學(xué)是效仿基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的研究思想。農(nóng)學(xué)靶向代謝組學(xué)分析
靶向代謝組學(xué)的一般分析流程為:1. 數(shù)據(jù)采集 第1步是得到標(biāo)準(zhǔn)品。如果無法從市場上買到,就必須定制合成。然后通過優(yōu)化產(chǎn)物離子碰撞能量以得到的信號,再通過測定三重串聯(lián)四極桿測定代謝物的 MRM 躍遷值。2. 定量 接下來用定量分析軟件對 MRM 數(shù)據(jù)進(jìn)行處理,得到報告。3. 統(tǒng)計分析和解釋 將定量報告輸入統(tǒng)計分析軟件包,用統(tǒng)計工具,如ANOVA,對數(shù)據(jù)進(jìn)行處理。靶向分析:在基于質(zhì)譜的代謝組學(xué)分析中,要意識到離子強(qiáng)度和色譜保留時間都會隨著時間的推移而產(chǎn)生漂移,所以在實驗中,要按隨機(jī)順序?qū)颖具M(jìn)行檢測,且數(shù)據(jù)需要在同天同一批次進(jìn)行采集,以減少誤差。南京代謝組學(xué)應(yīng)用代謝組學(xué)是系統(tǒng)生物學(xué)的組成部分。
非靶向代謝組學(xué):非靶向代謝組學(xué)是將生物體所有內(nèi)源性代謝物作為研究目標(biāo)(廣篩),重點(diǎn)在于比較實驗組和對照組,發(fā)現(xiàn)尋找其種具有明顯的變化的代謝物質(zhì)(差異代謝物),并構(gòu)建代謝通路以解釋代謝物于該生命體的關(guān)聯(lián)。LC-MS非靶向代謝組的優(yōu)勢:1、分析范圍廣,MS幾乎可以檢測所有的化合物,更加容易地解決了分析熱不穩(wěn)定化合物的難題;2、分離能力強(qiáng),即使被分析混合物在色譜上沒有完全分離開,但通過MS的特征離子質(zhì)量色譜圖也能分別給出它們各自的色譜圖來進(jìn)行定性定量。
靶向代謝組學(xué):靶向代謝組學(xué)分析主要是以標(biāo)準(zhǔn)品為參照,對特定的代謝物群進(jìn)行有針對性地、特異性地檢測與分析。通常采用的技術(shù)方案包括常規(guī)的液質(zhì)聯(lián)用(LC-MS)分析技術(shù)和選擇性反應(yīng)/多反應(yīng)監(jiān)測技術(shù)(MRM/ SRM)。常規(guī)分析法首先利用LC-MS的方法對待分析樣本進(jìn)行大規(guī)模代謝組分析,然后通過與相同分析條件下標(biāo)準(zhǔn)品的分析結(jié)果進(jìn)行比對,實現(xiàn)對樣本內(nèi)目標(biāo)代謝群的定性和定量分析。MRM/SRM技術(shù)是基于已知或假定的反應(yīng)離子信息,有針對性地選擇數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)譜信號采集,對符合規(guī)則的離子對進(jìn)行信號記錄,去除不符合規(guī)則離子信號的干擾。定量過程中,該技術(shù)首先篩選到目標(biāo)代謝物特異性的母離子,然后選擇性地對這些母離子進(jìn)行碰撞誘導(dǎo),去除其他離子的干擾,只對選定的特異MS/MS2離子進(jìn)行質(zhì)譜信號的采集,從而實現(xiàn)對目標(biāo)代謝分子更為特異、靈敏、準(zhǔn)確的分析。代謝組學(xué)在生物信息的傳遞中起到承上啟下的作用。
代謝組學(xué)研究方法:代謝組學(xué)的研究方法與蛋白質(zhì)組學(xué)的方法類似,通常有兩種方法。一種方法稱作代謝物指紋分析 (metabolomic fingerprinting),采用液相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用(LC-MS)的方法,比較不同血樣中各自的代謝產(chǎn)物以確定其中所有的代謝產(chǎn)物。從本質(zhì)上來說,代謝指紋分析涉及比較不同個體中代謝產(chǎn)物的質(zhì)譜峰,然后了解不同化合物的結(jié)構(gòu),建立一套完備的識別這些不同化合物特征的分析方法。另一種方法是代謝輪廓分析(metabolomic profiling),研究人員假定了一條特定的代謝途徑,并對此進(jìn)行更深入的研究。代謝組學(xué)的研究對象與層次有哪些?濟(jì)南個性化定制靶向代謝組學(xué)
代謝組學(xué)先進(jìn)分析檢測技術(shù)結(jié)合模式識別和**系統(tǒng)等計算分析方法是代謝組學(xué)研究的基本方法。農(nóng)學(xué)靶向代謝組學(xué)分析
代謝組學(xué)概念:代謝組學(xué)(metabonomics/metabolomics)是效仿基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的研究思想,對生物體內(nèi)所有代謝物進(jìn)行定量分析,并尋找代謝物與生理病理變化的相對關(guān)系的研究方式,是系統(tǒng)生物學(xué)的組成部分。其研究對象大都是相對分子質(zhì)量1000以內(nèi)的小分子物質(zhì)。先進(jìn)分析檢測技術(shù)結(jié)合模式識別和**系統(tǒng)等計算分析方法是代謝組學(xué)研究的基本方法。 代謝組學(xué)是繼基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)之后新近發(fā)展起來的一門學(xué)科,是系統(tǒng)生物學(xué)的重要組成部分。基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)分別從基因和蛋白質(zhì)層面探尋生命的活動,而實際上細(xì)胞內(nèi)許多生命活動是發(fā)生在代謝物層面的,如細(xì)胞信號釋放(cell signaling),能量傳遞,細(xì)胞間通信等都是受代謝物調(diào)控的。代謝組學(xué)正是研究代謝組(metabolome)——在某一時刻細(xì)胞內(nèi)所有代謝物的組合——的一門學(xué)科。農(nóng)學(xué)靶向代謝組學(xué)分析