蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù):飛行時間質(zhì)譜:MALDI的基本原理是將分析物分散在基質(zhì)分子(尼古丁酸及其同系物)中并形成晶體,當(dāng)用激光(337nm的氮激光)照射晶體時,基質(zhì)分子吸收激光能量,樣品解吸附,基質(zhì)-樣品之間發(fā)生電荷轉(zhuǎn)移使樣品分子電離。它從固相標(biāo)本中產(chǎn)生離子,并在飛行管中測定其分子量,MALDI-TOF-MS一般用于肽質(zhì)量指紋圖譜,非常快速(每次分析只需3~5min),靈敏(達(dá)到fmol水平),可以精確測量肽段質(zhì)量,但是如果在分析前不修飾肽段,MALDI-TOF-MS不能給出肽片段的序列。生物質(zhì)譜技術(shù)是蛋白質(zhì)組學(xué)研究中比較重要的鑒定技術(shù)。貴州Label free非標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)價錢
蛋白質(zhì)組學(xué)在醫(yī)學(xué)的研究應(yīng)用:蛋白質(zhì)組學(xué)(Proteomics)是研究細(xì)胞、組織或生物體中蛋白質(zhì)組成、定位、變化及其相互作用規(guī)律的科學(xué),包括對蛋白質(zhì)表達(dá)模式和蛋白質(zhì)組功能模式的研究。蛋白質(zhì)組學(xué)的發(fā)展對尋找疾病的診斷標(biāo)志、篩選藥物靶點、毒理學(xué)研究等有重要意義,也因此被普遍應(yīng)用于醫(yī)學(xué)研究。蛋白質(zhì)組學(xué)研究,總體可分為一下幾個步驟:(1)差異篩選(Discovery)(2)初步驗證(Verification)(3)然后確診(Validation)。基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)是目前比較主流的高通量蛋白質(zhì)研究手段,當(dāng)前在醫(yī)療健康方面的應(yīng)用主要集中于基礎(chǔ)研究和轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)。杭州PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析研究蛋白質(zhì)組學(xué)的研究是生命科學(xué)進(jìn)入后基因時代的特征。
蛋白質(zhì)組學(xué),指對某一基因組所表達(dá)的所有蛋白質(zhì)及其特征進(jìn)行大規(guī)模、系統(tǒng)化地研究,以期望在蛋白質(zhì)水平上解釋控制復(fù)雜的生命活動的分子網(wǎng)絡(luò)。研究的內(nèi)容主要包括:組成蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)氨基酸的序列特征、蛋白質(zhì)的豐度、蛋白質(zhì)活性、蛋白質(zhì)的修飾、亞細(xì)胞定位和三維結(jié)構(gòu)、蛋白質(zhì)之間的相互作用以及對蛋白質(zhì)的高階復(fù)合物結(jié)構(gòu)。質(zhì)譜技術(shù)的發(fā)展為這些研究提供了有力的技術(shù)支撐,使得許多有實際應(yīng)用的蛋白質(zhì)組功能研究成為可能,包括翻譯后修飾的整體分析,蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的重建和模式生物蛋白表達(dá)譜的定量研究;在臨床醫(yī)學(xué)和轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究中也越來越多地應(yīng)用到蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)。
LabelFree(非標(biāo)記蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)):在非標(biāo)記策略的定量模型中,主要涉及兩種不同的算法:其一,以肽段的色譜峰積分面積為基礎(chǔ),通過比較一對生物樣品中相對應(yīng)到蛋白質(zhì)酶解多肽的色譜積分面積而得到兩者的相對豐度;其二,以肽段被質(zhì)譜檢測的計數(shù)為基礎(chǔ),通過歸一化來表征被檢測蛋白質(zhì)的相對豐度。非標(biāo)記技術(shù)認(rèn)為肽段在質(zhì)譜中被捕獲檢測的頻率(Counts)與其在混合物中的豐度成正相關(guān),因此蛋白質(zhì)被質(zhì)譜檢測的計數(shù)反映了蛋白質(zhì)的豐度,通過適當(dāng)?shù)臄?shù)學(xué)公式可以將質(zhì)譜檢測計數(shù)與蛋白質(zhì)的量聯(lián)系起來,從而對蛋白質(zhì)進(jìn)行定量。蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)的本質(zhì)(從分析化學(xué)角度來看),就是對蛋白質(zhì)的定性定量分析。
常規(guī)蛋白質(zhì)組學(xué):Labelfree多肽組學(xué):顧名思義,就是不使用任何標(biāo)記方法,直接對肽段進(jìn)行質(zhì)譜鑒定和定性定量分析。實驗流程簡單,只需要對蛋白進(jìn)行常規(guī)酶解和除鹽步驟即可上機(jī)。定量方式分為兩種:峰面積(Peakintensity)和峰計數(shù)(Spectralcount),常用的是峰面積。不過,由于質(zhì)譜采集時只選取topN的母離子進(jìn)行二級碎裂和MS2檢測,所以會丟失一些豐度較低的肽段信息,缺失值比較多。TMT/iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué):TMT全稱是TandemMassTag,是經(jīng)典化學(xué)標(biāo)記試劑,普遍用于差異表達(dá)蛋白質(zhì)組分析研究中。該技術(shù)采用6重、10重或16重同位素標(biāo)簽,與肽段的氨基發(fā)生共價結(jié)合反應(yīng),可實現(xiàn)同時對6個/10個/16個不同樣品中蛋白質(zhì)的定性和定量分析。(目前16標(biāo)鹿明生物可提供技術(shù)服務(wù))。蛋白質(zhì)組意指“一種基因組所表達(dá)的全套蛋白質(zhì)”,即包括一種細(xì)胞乃至一種生物所表達(dá)的全部蛋白質(zhì)。杭州PRM靶向定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析研究
蛋白質(zhì)組學(xué)相關(guān)技術(shù)目前在一小部分]應(yīng)用中具有獨特優(yōu)勢。貴州Label free非標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)價錢
我們究竟怎么研究蛋白質(zhì)組學(xué)呢?目前高通量檢測蛋白質(zhì)的方法中,還是首推基于質(zhì)譜的方法,納流液相可以將復(fù)雜樣品中的肽段高效地分離,然后依次進(jìn)入質(zhì)譜,對每個被離子化的肽段及其碎裂后碎片的荷質(zhì)比進(jìn)行分析,從而得到該肽段的序列信息,然后根據(jù)對應(yīng)的色譜峰面積或者報告離子強(qiáng)度等信息,我們又可以得到該肽段的定量信息。蛋白組學(xué)研究怎么做?當(dāng)下蛋白組學(xué)研究中應(yīng)用比較普遍的技術(shù)是同位素標(biāo)記定量(iTRAQ/TMT技術(shù))。iTRAQ/TMT技術(shù)是利用DDA掃描模式,其掃描的方式是將一級質(zhì)譜信號比較強(qiáng)的Top20的多肽進(jìn)行二級打碎,然后進(jìn)入二級質(zhì)譜進(jìn)行檢測。其優(yōu)勢是二級譜圖采集的肽段信息都來源于同一條多肽,有利于后續(xù)的定性分析。貴州Label free非標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)價錢
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