二代測序技術(shù)的一些***研究進(jìn)展②

植物基因組學(xué)研究領(lǐng)域 ：

花生四倍體野生種基因組測序：河南農(nóng)業(yè)大學(xué)殷冬梅教授團(tuán)隊(duì)和上海交通大學(xué)韋朝春教授團(tuán)隊(duì)聯(lián)合發(fā)布了花生四倍體野生種近乎完整基因組 amon2.0 版本。該研究結(jié)合 ONT 超長讀段、二代測序和 Hi-C 等多種測序技術(shù)，使基因組的連續(xù)性、完整性和準(zhǔn)確性都得到了顯著提高，為花生的遺傳馴化和分子育種提供了重要的基因組數(shù)據(jù)信息資源。

長雄野生稻基因組解析：中科院昆明動(dòng)物所王文研究組與云南省農(nóng)科院糧食作物研究所胡鳳益研究組等中外機(jī)構(gòu)合作，利用二代測序技術(shù)成功組裝出高質(zhì)量的長雄野生稻基因組，并對其與近緣物種的分歧時(shí)間、基因的收縮擴(kuò)張等進(jìn)行了分析，還鑒定出一批可能影響地下莖以及自交不親和性狀的候選基因及代謝途徑，為解析相關(guān)分子機(jī)制提供了重要線索。 二代測序的優(yōu)勢是低成本。長寧區(qū)嘉安健達(dá)二代測序分析

宏基因組二代測序，你了解多少？

宏基因組二代測序（mNGS）是一項(xiàng)覆蓋病原譜廣且高通量的檢測技術(shù)，已在臨床領(lǐng)域得到了廣泛的應(yīng)用。對于血液病患者，病原mNGS通過對樣本快速高通量測序，可以獲得更準(zhǔn)確、相對無偏倚的病原信息，對病原診斷起到積極的作用，尤其對傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測未覆蓋到或檢測周期較長、陽性率較低的病原可提高檢出率。對于臨床相關(guān)樣本應(yīng)首先完善傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測，病理、無菌標(biāo)本培養(yǎng)仍然是診斷的金標(biāo)準(zhǔn)，病原mNGS是對傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測的有力補(bǔ)充和延展而非替代。病原mNGS的報(bào)告解讀應(yīng)充分評估檢出微生物的致病性、流行病學(xué)、生物信息學(xué)信息，同時(shí)在結(jié)合患者臨床特征的基礎(chǔ)上進(jìn)行綜合判斷。 廣西二代測序分析二代測序的流程有哪些？

二代測序——轉(zhuǎn)錄組測序的實(shí)驗(yàn)流程（下）

測序

根據(jù)研究需求和預(yù)算選擇合適的測序平臺(tái)，如 Illumina 測序平臺(tái)。它的測序原理主要是邊合成邊測序（SBS）。在測序過程中，dNTP（脫氧核糖核苷三磷酸）帶有不同顏色的熒光標(biāo)記，當(dāng)新的 dNTP 加入到正在合成的 DNA 鏈時(shí)，通過檢測熒光信號(hào)來確定堿基類型，從而讀取 cDN**段的序列。測序深度（覆蓋度）也是一個(gè)重要參數(shù)，一般來說，測序深度越高，檢測到的低表達(dá)轉(zhuǎn)錄本的概率就越大，但成本也會(huì)相應(yīng)增加。

數(shù)據(jù)分析

數(shù)據(jù)質(zhì)量控制是第一步，要去除低質(zhì)量的 reads（如含有較多不確定堿基 “N” 的 reads）和接頭序列。然后將高質(zhì)量的 reads 比對到參考基因組或轉(zhuǎn)錄組上，常用的比對軟件有 TopHat、STAR 等。在確定了 reads 的位置后，就可以計(jì)算轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)量，常用的方法有 RPKM（Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads）、FPKM（Fragments Per Kilobase of exon model per Million mapped fragments）等。此外，還可以進(jìn)行差異表達(dá)分析，找出在不同樣本條件下（如疾病組和健康組）表達(dá)量有***差異的轉(zhuǎn)錄本，用于后續(xù)的功能注釋和通路分析，了解這些轉(zhuǎn)錄本可能參與的生物學(xué)過程和信號(hào)通路。

二代測序——甲基化的定義和概念

定義：甲基化（methylation）是指從活性甲基化合物（如S-腺苷基甲硫氨酸）上將甲基催化轉(zhuǎn)移到其他化合物的過程。在生物系統(tǒng)中，這是一種常見的化學(xué)修飾方式，主要涉及在DNA、RNA和蛋白質(zhì)等生物大分子上添加甲基基團(tuán)。

DNA甲基化

概念及位置：DNA甲基化主要是在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶（DNAmethyltransferase，DNMT）的作用下，將甲基基團(tuán)添加到DNA分子中的特定堿基上，最常見的是在CpG島（富含CpG二核苷酸的區(qū)域，CpG是指胞嘧啶-鳥嘌呤的堿基對）的胞嘧啶（C）的5’碳位上添加甲基。 二代測序是為了改進(jìn)一代測序通量過低的問題而出現(xiàn)的。

不同二代測序技術(shù)平臺(tái)的速度

Illumina 測序平臺(tái)：這是目前市場上應(yīng)用較為***的二代測序平臺(tái)之一，其測序速度較快。例如 Illumina NovaSeq 系列，一次運(yùn)行可以在 1-3 天內(nèi)產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù)，通量可達(dá)數(shù)億甚至數(shù)十億條讀長，能夠滿足大規(guī)?；蚪M學(xué)研究和臨床檢測的需求。

Roche 454 測序平臺(tái)：Roche 454 測序系統(tǒng)的測序速度也較快，其特點(diǎn)是測序片段比較長，高質(zhì)量的讀長能達(dá)到 400bp 左右，一次運(yùn)行可以在 24 小時(shí)左右完成對一定數(shù)量樣本的測序。

BGISEQ 系列：華大智造的 BGISEQ 系列測序儀在速度上也有出色表現(xiàn)，如全球二代測序速度**快設(shè)備 E25 量產(chǎn)，為快速測序提供了有力支持 二代測序產(chǎn)出的數(shù)據(jù)量有多少？安徽哪里有二代測序原理

二代和三代測序的區(qū)別？長寧區(qū)嘉安健達(dá)二代測序分析

二代測序的建庫步驟⑤

五、文庫富集（可選步驟）

PCR富集：對于一些起始樣本量較少或者連接效率較低的情況，可能需要進(jìn)行PCR富集。利用與接頭序列互補(bǔ)的引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，增加文庫中目標(biāo)DNA片段的數(shù)量。在PCR反應(yīng)中，需要注意引物的設(shè)計(jì)要與接頭序列準(zhǔn)確匹配，并且要優(yōu)化PCR循環(huán)數(shù)，避免過度擴(kuò)增導(dǎo)致文庫多樣性降低或引入PCR偏差。一般會(huì)通過預(yù)實(shí)驗(yàn)確定合適的PCR循環(huán)數(shù)，例如從10-15個(gè)循環(huán)開始嘗試，通過檢測擴(kuò)增產(chǎn)物的量和質(zhì)量來調(diào)整循環(huán)數(shù)。 長寧區(qū)嘉安健達(dá)二代測序分析