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二代測(cè)序——基因組測(cè)序該測(cè)幾個(gè)G?②
人類(lèi)全外顯子組測(cè)序
人類(lèi)全外顯子組*占基因組的1%-2%,大小約為30M-60M左右,但通常需要較高的測(cè)序深度來(lái)確保外顯子區(qū)域的變異檢測(cè)準(zhǔn)確性,一般測(cè)序深度在100X-200X之間,數(shù)據(jù)量大約在3G-12G左右。全外顯子組測(cè)序主要關(guān)注編碼蛋白質(zhì)的外顯子區(qū)域,能夠高效地檢測(cè)出與疾病相關(guān)的基因突變,常用于遺傳病的診斷、**基因突變篩查等研究。
動(dòng)植物基因組測(cè)序
常見(jiàn)動(dòng)植物:對(duì)于一些常見(jiàn)的動(dòng)植物物種,如水稻、小鼠等,其基因組大小與人類(lèi)基因組相近或更小。全基因組測(cè)序時(shí),測(cè)序深度一般在10X-30X左右,數(shù)據(jù)量在30G-90G之間。如果是進(jìn)行重測(cè)序或特定性狀相關(guān)的研究,測(cè)序深度可根據(jù)具體情況適當(dāng)調(diào)整。
復(fù)雜基因組的動(dòng)植物:部分動(dòng)植物的基因組較大且復(fù)雜,例如某些魚(yú)類(lèi)、植物的多倍體物種等,其基因組大小可能達(dá)到數(shù)G甚至數(shù)十G。對(duì)于這類(lèi)物種的全基因組測(cè)序,測(cè)序深度可能在5X-10X左右,數(shù)據(jù)量也會(huì)因基因組大小而異,從幾十G到數(shù)百G不等。 二代測(cè)序的優(yōu)勢(shì)是高通量。江西二代測(cè)序價(jià)格
④二代測(cè)序一般多久出結(jié)果?
4、數(shù)據(jù)分析的復(fù)雜程度
數(shù)據(jù)分析是二代測(cè)序的重要環(huán)節(jié)。簡(jiǎn)單的分析,如檢測(cè)已知的單核苷酸多態(tài)性(SNP),可以通過(guò)與參考基因組比對(duì)后利用一些成熟的軟件快速完成。但如果是進(jìn)行復(fù)雜的分析,如尋找新的基因融合事件、復(fù)雜結(jié)構(gòu)變異的檢測(cè)或者進(jìn)行從頭組裝(denovoassembly),則需要更復(fù)雜的算法和更多的計(jì)算資源,花費(fèi)的時(shí)間可能從數(shù)天到數(shù)周。例如,對(duì)于常規(guī)的SNP檢測(cè)和注釋?zhuān)瑪?shù)據(jù)分析可能在1-3天內(nèi)完成;而對(duì)于**樣本中復(fù)雜的基因融合分析,可能需要3-7天甚至更長(zhǎng)時(shí)間來(lái)確保結(jié)果的準(zhǔn)確性。 河南哪里有二代測(cè)序價(jià)格擴(kuò)增子測(cè)序是二代測(cè)序嗎?
二代測(cè)序——甲基化的作用和檢測(cè)方法有哪些?
作用
基因表達(dá)調(diào)控:DNA 甲基化通常與基因沉默有關(guān)。例如,在**發(fā)生過(guò)程中,某些抑*基因的啟動(dòng)子區(qū)域(調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄起始的 DNA 序列)可能會(huì)發(fā)生高甲基化,導(dǎo)致這些基因無(wú)法正常表達(dá),從而失去對(duì)腫瘤細(xì)胞生長(zhǎng)的抑制作用。
發(fā)育調(diào)控:在胚胎發(fā)育過(guò)程中,DNA 甲基化模式的動(dòng)態(tài)變化對(duì)于細(xì)胞分化和組織***形成至關(guān)重要。不同的細(xì)胞類(lèi)型具有特定的 DNA 甲基化圖譜,這些圖譜引導(dǎo)細(xì)胞向特定的方向分化。
檢測(cè)方法
亞硫酸鹽測(cè)序法:這是一種能夠精確檢測(cè) DNA 甲基化狀態(tài)的方法。其原理是利用亞硫酸鹽處理 DNA,未甲基化的胞嘧啶會(huì)被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶則保持不變。經(jīng)過(guò) PCR 擴(kuò)增和測(cè)序后,可以區(qū)分甲基化和未甲基化的位點(diǎn)。
二代測(cè)序——甲基化的定義和概念
定義:甲基化(methylation)是指從活性甲基化合物(如S-腺苷基甲硫氨酸)上將甲基催化轉(zhuǎn)移到其他化合物的過(guò)程。在生物系統(tǒng)中,這是一種常見(jiàn)的化學(xué)修飾方式,主要涉及在DNA、RNA和蛋白質(zhì)等生物大分子上添加甲基基團(tuán)。
DNA甲基化
概念及位置:DNA甲基化主要是在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNAmethyltransferase,DNMT)的作用下,將甲基基團(tuán)添加到DNA分子中的特定堿基上,最常見(jiàn)的是在CpG島(富含CpG二核苷酸的區(qū)域,CpG是指胞嘧啶-鳥(niǎo)嘌呤的堿基對(duì))的胞嘧啶(C)的5’碳位上添加甲基。 二代測(cè)序通量大,可以產(chǎn)生上G的reads.
二代測(cè)序技術(shù)在不同人群中的準(zhǔn)確性有何差異②
遺傳病患者及攜帶者
優(yōu)勢(shì):在常見(jiàn)單基因遺傳病如囊性纖維化、鐮狀細(xì)胞貧血等的檢測(cè)中,二代測(cè)序技術(shù)準(zhǔn)確性高,能夠快速、準(zhǔn)確地找到致病基因,對(duì)于有家族遺傳病史的人群,可有效確定是否攜帶致病基因,評(píng)估生育患病后代的風(fēng)險(xiǎn)。
局限性:對(duì)于罕見(jiàn)遺傳病,由于基因突變的多樣性和復(fù)雜性,可能存在部分致病基因未被覆蓋或難以準(zhǔn)確解讀的情況,導(dǎo)致準(zhǔn)確性有所降低。此外,即使檢測(cè)結(jié)果為陰性,也不能完全排除患病可能,因部分遺傳病可能由未知基因突變或基因與環(huán)境相互作用引起2 二代測(cè)序讀長(zhǎng)方面比一代測(cè)序短很多。福建嘉安健達(dá)二代測(cè)序應(yīng)用
二代測(cè)序常用于產(chǎn)前的檢測(cè)或診斷。江西二代測(cè)序價(jià)格
二代測(cè)序——轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的背景和基本原理
1、背景:在基因表達(dá)過(guò)程中,DNA 轉(zhuǎn)錄為 RNA,轉(zhuǎn)錄后的 RNA 會(huì)經(jīng)過(guò)一系列加工,包括剪接等過(guò)程形成成熟的 mRNA,然后進(jìn)行翻譯產(chǎn)生蛋白質(zhì)。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以讓我們?cè)谌蚪M范圍內(nèi)研究基因的表達(dá)情況,相比于傳統(tǒng)的基因表達(dá)研究方法(如芯片技術(shù)),它具有更高的分辨率和更廣的檢測(cè)范圍。
2、原理:首先從樣本(如細(xì)胞、組織)中提取總 RNA,然后將 RNA 反轉(zhuǎn)錄為 cDNA(互補(bǔ) DNA)。這些 cDNA 會(huì)構(gòu)建測(cè)序文庫(kù),在文庫(kù)中加入特定的接頭序列,以便后續(xù)在測(cè)序平臺(tái)上進(jìn)行測(cè)序。測(cè)序過(guò)程中,測(cè)序儀會(huì)讀取 cDN**段的堿基序列信息。通過(guò)生物信息學(xué)分析,將這些短序列(reads)比對(duì)到參考基因組或進(jìn)行從頭組裝(如果沒(méi)有參考基因組),從而確定轉(zhuǎn)錄本的序列和表達(dá)量。 江西二代測(cè)序價(jià)格