首要部分是前期分析部分，包括對實驗方案的設計、測序方案的設計、以及測序數(shù)據(jù)的質控。第二部分則是主要分析，包括轉錄組測序整體評估，基因差異表達分析及功能分析。第三部分是高級分析，這部分需要針對特定的實驗目的和需求進行選擇，如轉錄因子的分析、融合基因分析、與其他組學的聯(lián)合分析等。轉錄組測序的根本目的在于回答特定的生物學問題，因此一個良好的實驗方案的設計是其根本。其中，生物學重復的數(shù)量、文庫類型及測序深度等因素直接關系到結果的好壞。在這里要尤其強調至少三個以上的生物學重復的重要性。三個以上的生物學重復是進行任何可信的下游數(shù)據(jù)的統(tǒng)計分析的基礎，過少的生物學重復或者沒有重復將使分析結果的可信度較大降低。（融享生物是提供轉錄組測序，宏基因組，16SITS等擴增子服務商之一。河南醫(yī)學轉錄組測序公司哪家好
轉錄組成為研究基因表達的主要手段，轉錄組是連接基因組遺傳信息與生物功能的蛋白質組的必然紐帶，轉錄水平的調控是目前研究較多的，也是生物體較重要的調控方式。對于真核生物來說，基因組比較大，測一個全基因組比較難，但是測轉錄組還是比較容易實現(xiàn)的。轉錄組測序轉錄組測序(Transcriptome sequencing)是通過二代測序平臺快速多面地獲得某一物種特定細胞或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有的轉錄本及基因序列，可以用于研究基因表達量、基因功能、結構、可變剪接和新轉錄本預測等。目前，轉錄組測序已經(jīng)被廣泛應用于基礎研究、臨床診斷和藥物研發(fā)等領域。河南醫(yī)學轉錄組測序公司哪家好轉錄服務博士團隊專門為您打造屬于您的服務。
轉錄組文庫質量評估合格的轉錄組文庫是轉錄組測序的必要條件，為確保文庫的質量，要從以下三方面對轉錄組測序文庫進行質量評估:通過檢驗插入片段在基因上的分布，評估m(xù)RN段化的隨機性、mRNA的降解情況;通過插入片段的長度分布，評估插入片段長度的離散程度;通過繪制飽和度圖，評估文庫容量和MappedData是否充足。插入片段長度檢驗插入片段長度檢驗用于反映文庫制備過程中磁珠純化的效果。通過插入片段兩端的Reads在參考基因組上的比對起止點之間的距離計算插入片段長度。大部分的真核生物基因為斷裂基因，外顯子被內含子隔斷，而轉錄組測序得到的是無內含子的成熟mRNA。當mRNA中跨內含子的片段兩端的Reads比對到基因組上時，比對起止點之間的距離要大于插入片段長度。因此，在插入片段長度模擬分布圖中，主峰右側有時會形成1個或多個小峰，此現(xiàn)象屬于正常。
本申請涉及轉錄組基因測序領域，特別是涉及一種轉錄組建庫的方法、試劑和應用。背景技術：：基因組和轉錄組測序是生命科學領域的基礎性工作。由于絕大部分非模式生物缺乏基因組數(shù)據(jù)，全長轉錄組測序就變得尤為重要，全長轉錄本可以促進這些物種的基因功能、基因表達調控和進化關系等多方面的基礎與應用研究。當前，絕大多數(shù)的轉錄組數(shù)據(jù)都是基于第二代高通量測序技術獲得的。然而，第二代測序技術測序序列短，短序列拼接無法提供大量的長轉錄本并且丟失了可變剪接等重要信息，因而轉錄組的從頭測序開始采用pacbio第三代測序技術。在2013年pacbiorsii推出時，其通量較低，測序成本一直讓科研人員望而止步。到2015年10月，pacbio推出sequel平臺，大幅提升了全長轉錄組的測序通量，在通量上是pacbiorsii的5-10倍。鑒于三代測序技術在科研甚至臨床領域的發(fā)展?jié)摿?，很多公司相繼引入sequel平臺，提供pacbio三代測序的全長轉錄組測序服務。目前pacbio三代測序的全長轉錄組按照pacbio公司推出的標準方案來進行，過程如圖1所示，主要包括兩個方面：cdna的制備和轉錄組建庫。其中，cdna的制備包括使用clontech公司的smarterpcrcdnasynthesiskit試劑盒，將rna反轉錄生成cdna。融享生物在線為您提供眾多企業(yè)轉錄組測序/mRNA測序技術服務。
如何獲取mRN段？真核生物成熟的mRNA一般帶有polyA尾巴，因此常規(guī)的轉錄組建庫流程中通常直接對具有PolyA尾巴的片段進行捕獲，這樣可以得到純度較高的mRNA。但是這樣的方式對于mRNA的完整度要求較高，發(fā)生降解的樣本使用這種建庫方式會損失一定的轉錄組信息。另一種獲得mRNA的方式則去除在TotalRNA中占比比較高的rRNA（通常占比超過90%以上），而剩下的RNA中就包括了mRNA（占比為1-2%），這種方式對降解樣本的耐受度相對較高，但需要更高的測序數(shù)據(jù)量，且成本也更高。原核生物由于其mRNA不具有PolyA尾巴，因此只能選擇rRNA去除的方式。轉錄組測序，提供更精確的數(shù)字化信號，更高的檢測通量以及更多的檢測范圍。河南醫(yī)學轉錄組測序公司哪家好
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全轉錄組測序 通過全轉錄組測序可快速的獲取某一條件下組織或細胞中大部分轉錄本的表達情況。與常規(guī)轉錄組測序相比，全轉錄組測序可以同時獲得mRNA、lncRNA和circRNA三種類型的RNA信息。 歐易特色 豐富的建庫經(jīng)驗，過硬的建庫質量 10余年文庫構建技術沉淀，具備處理復雜樣品的能力和豐富的建庫經(jīng)驗 具有特色的高級分析 lncRNA調控機制預測，lncRNA和mRNA的共表達分析，lncRNA、mRNA和circRNA的聯(lián)合分析等 結合客戶的需求，靈活進行定制化信息分析 推薦測序模式 Hiseq4000，PE150 一般測序：10 Gb/樣本 深度測序：20 Gb/樣本 案例展示 案例一 鑒別肺結核中circRNA的表達特征及構建ceRNA調控網(wǎng)絡 研究背景 肺結核（PTB）是由結核桿菌引起的慢性疾病，對人類健康構成嚴重威脅。circRNA被認為在許多疾病的發(fā)病機理和發(fā)展過程中具有潛在的調控作用，然而，PTB中circRNA的表達模式和調控機理仍有待于研究。 技術路線 ceRNA調控網(wǎng)絡 研究內容 歐易生物攜手蘇州大學生物與基礎醫(yī)學學院，通過全轉錄組測序探究肺結核中circRNA的表達特征。作者闡明了肺結核中circRNA的表達特征，通過GO和KEGG富集分析對circRNA進行了功能富集分析，構建了肺結核中circRNA的ceRNA調控網(wǎng)絡。 河南醫(yī)學轉錄組測序公司哪家好