實時熒光定量 PCR 的數(shù)據(jù)分析
在指數(shù)增長期,PCR 產(chǎn)物量以指數(shù)形式增加,根據(jù)這一
原 則,假設(shè)擴(kuò)增效率為 E,模 板 起 始 量 為 N0,m 個 循 環(huán) 后
PCR 產(chǎn)物量為 Nm,則有 Nm=N0(1+E)m(1),對 該 等 式 兩邊 取
對數(shù),則有 LgN0=-m·lg(1+E)+Lg Nm(2),若循環(huán)數(shù)達(dá)到某一
CT 值時,熒光閾值為 Q,式(1)可寫成:Q=N0(1+E)CT,式(2)
可 寫 成 :LgN0=-CT·lg (1 +E) +LgQ。 當(dāng) 需 要 對 靶 基 因 在
mRNA 水平上進(jìn)行表達(dá)量分析時,通 常 采 用 式(1)進(jìn) 行 數(shù)
據(jù)分析。當(dāng)需要對靶基因拷貝數(shù)進(jìn)行Absolute Quantification時,則需要用
式(2)進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。 上海融享生物科技有限公司專業(yè)公司。江西相對定量qPCR公司
雙雜交探針也是 TaqM an 探針的衍 生形式,是由 Roche 公司開發(fā)的一種 PCR 定量技術(shù) (LightCy cler(r)實時熒光定量 PCR 系統(tǒng))。該技術(shù) 的特點是將熒光基團(tuán)和淬滅基團(tuán)分別標(biāo)記在發(fā)光探 針的 5' 端和淬滅探針的 3' 端兩個不同探針上 ,兩探 針可與模板同一條鏈相鄰的序列雜交, 雜交時兩探 針的熒光基團(tuán)和淬滅基團(tuán)便緊密相鄰(1 ~ 5 bp), 從 而發(fā)生 FRET 使熒光淬滅, 熒光淬滅的程度與起始 模板的量成反比, 以此可以進(jìn)行 PCR 定量分析 (Hardegg er 等 , 2000)。該方法的特點是淬滅效率 高,但由于 2 個探針結(jié)合在模板上 ,從而影響到擴(kuò)增 效率;另外 ,由于需要合成 2 個較長的探針, 合成成 本相對較高。江西相對定量qPCR公司上海融享生物科技有限公司專業(yè)致力于qPCR。
雖然在熒光定量 PCR 檢測時的過程比較 簡單,但是在前期樣本制備階段卻存在著很多影響因素,因此從 siRNA 序列的設(shè)計、質(zhì)粒的共轉(zhuǎn)染、細(xì)胞總 RNA 的提取、質(zhì)粒 DNA 的去除、cDNA 的獲得、試劑的 選擇及后續(xù)的操作步驟都應(yīng)優(yōu)化穩(wěn)定到比較好方案,方 能保證其結(jié)果的準(zhǔn)確性。實時熒光定量 PCR 技術(shù)在 mRNA 表達(dá)研究、基因組和病毒核酸的定量測定和等位基因的差異分析等領(lǐng)域的應(yīng)用越來越***。通過本設(shè)計性實驗可以加深學(xué) 生對實時熒光定量 PCR 技術(shù)及其應(yīng)用的理解,為今后 的科研工作打下基礎(chǔ)。
Absolute Quantification標(biāo)準(zhǔn)曲線的各
項指標(biāo):斜率、擴(kuò)增效率(E)、相關(guān)系數(shù)(R2
)、間距均需進(jìn)行
嚴(yán)格評價,從而確保該曲線的可用性。各點間距應(yīng)相等,間
距以及斜率的Absolute 值應(yīng)滿足 3.100~3.582,相關(guān)系數(shù) R2>0.99,
擴(kuò)增效率(E)在 90%~110%之間。擴(kuò)增效率、斜率以及間距
三者相互關(guān)聯(lián),擴(kuò)增效率(E)=10(-1/斜 率 )
-1,斜率的Absolute值恰
是各點之間的平均間距。當(dāng)擴(kuò)增效率<90%時,間距以及 斜
率的Absolute 值會>3.582;當(dāng)擴(kuò)增效率>110%時,間距以及斜率
的Absolute 值會<3.10,故擴(kuò)增效率越低,斜率的Absolute 值越大,間
距越寬;擴(kuò)增效率越高,斜率的Absolute 值越小,間距越窄。擴(kuò)增
效率過低,酶的活性可能出現(xiàn)了問題,或反應(yīng)體系不適合反
應(yīng)的有效進(jìn)行。若擴(kuò)增效率過高,反應(yīng)管內(nèi)可能存在目的基
因擴(kuò)增之外的其他非特異擴(kuò)增,需要對引物進(jìn)行一個溶解
曲線的檢測,優(yōu)化反應(yīng)體系以及反應(yīng)程序。 您了解qPCR的優(yōu)勢嗎?
實時熒光定量PCR技術(shù)有效地解決了傳統(tǒng)定量只能終點檢測的局限,實現(xiàn)了每一輪循環(huán)均檢測一次熒光信號的強(qiáng)度,并記錄在電腦軟件之中,通過對每個樣品Ct值的計算,根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)曲線獲得定量結(jié)果。因此,實時熒光定量PCR無需內(nèi)標(biāo)是建立在兩個基礎(chǔ)之上的:Ct值的重現(xiàn)性PCR循環(huán)在到達(dá)Ct值所在的循環(huán)數(shù)時,剛剛進(jìn)入真正的指數(shù)擴(kuò)增期(對數(shù)期),此時微小誤差尚未放大,因此Ct值的重現(xiàn)性極好,即同一模板不同時間擴(kuò)增或同一時間不同管內(nèi)擴(kuò)增,得到的Ct值是恒定的。上海融享生物科技有限公司主營項目包括qPCR。江西相對定量qPCR公司
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研究 DNA 與能夠與之綁定、相互作用的化
合物(生物分子,如核酸、肽核酸、磷脂、蛋白
質(zhì)以及糖鏈等)之間的關(guān)聯(lián)性問題,對研發(fā)新的
生物制藥的中心作用靶點具有重要價值。Boger
等采取使用 RT-QPCR 技術(shù)探索多種生命分子與
核苷酸分子之間的相互影響的歸路來探尋***
**性疾病的新方向,并且認(rèn)為這是該技術(shù)的不
斷發(fā)展帶動著**相關(guān)性疾病的藥物***的研
究進(jìn)展,為之提供了研究工具和技術(shù)思路。
Lohman & Overman 等在報道了單鏈 DNA
結(jié)合蛋白(single-stranded DNA-binding proteins,
SSBs)后,人們逐漸認(rèn)識到這種分子是多數(shù)生命
體細(xì)胞生存時不可缺少的蛋白質(zhì),它們成特定比
例地綁定到 DNA 單鏈結(jié)構(gòu)中,保護(hù) DNA 免受
部分損傷的同時,能否在遺傳時避免二級結(jié)構(gòu)的
形成,從而能夠確保完成正常的基因復(fù)制、轉(zhuǎn)錄
程序。 江西相對定量qPCR公司