你要看看某個(gè)或某幾個(gè)已知的基因在不同組中的mRNA表達(dá)量,可以做熒光定量PCR。如果說你不知道你的不同組之間哪些基因表達(dá)量發(fā)生了變化,或者說你要看幾百個(gè)或幾萬個(gè)基因的表達(dá)量,那么就要做轉(zhuǎn)錄組,一次性檢測(cè)樣品中所有轉(zhuǎn)錄出來的mRNA表達(dá)水平。轉(zhuǎn)錄組(transcriptome)廣義上指某一生理?xiàng)l件下,細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的整合,包括信使RNA、核糖體RNA、轉(zhuǎn)運(yùn)RNA及非編碼RNA;狹義上指所有mRNA的整合。轉(zhuǎn)錄組具有時(shí)間特異性、組織特異性、空間特異性等特點(diǎn)。上海融享生物做轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,16S微生物擴(kuò)增子。湖北真核有參轉(zhuǎn)錄組測(cè)序哪里有
微分基因?yàn)閲掖蠡蛑行摹盎驒z測(cè)平臺(tái)”運(yùn)營方,專注于高通量測(cè)序技術(shù),公司憑借國際領(lǐng)頭的高通量測(cè)序平臺(tái),依托獨(dú)具優(yōu)勢(shì)的高通量基因測(cè)序和大數(shù)據(jù)挖掘技術(shù),為各大高校、醫(yī)院、科研單位以及第三方健康管理服務(wù)平臺(tái),提供專業(yè)的基因檢測(cè)和數(shù)據(jù)分析解讀服務(wù)。2017年,微分基因在國家大基因中心建成2133平方米的潔凈分子生物實(shí)驗(yàn)室,公司科研團(tuán)隊(duì)匯聚了一批國內(nèi)外的基因組學(xué)實(shí)驗(yàn)和生物信息分析研究人員。科技服務(wù)部依托公司先進(jìn)的自動(dòng)化建庫儀、高通量測(cè)序儀等實(shí)驗(yàn)設(shè)備,提供多種測(cè)序服務(wù);憑借強(qiáng)大的科研團(tuán)隊(duì),為高校、科研院所等研究單位提供領(lǐng)頭的生物信息分析服務(wù)。主營業(yè)務(wù)包括DNA測(cè)序、RNA測(cè)序、表觀組學(xué)測(cè)序、單細(xì)胞測(cè)序、ICELL8單細(xì)胞表達(dá)譜測(cè)序、芯片服務(wù)、三代全長轉(zhuǎn)錄組測(cè)序等。北京LncRNA轉(zhuǎn)錄組測(cè)序公司上海融享專注轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。
比對(duì)結(jié)果作圖將比對(duì)到不同染色體上的 Reads 或 RPKM 進(jìn)行全集因組分布統(tǒng)計(jì),繪制 Mapped 原核生物有參考轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目結(jié)題報(bào)告 Reads 或 RPKM 值在所選參考基因組上的覆蓋深度分布圖,從而更加直觀得展現(xiàn)出 reads 總數(shù)及 RPKM 值在全集因組的分布情況。較外圈為染色體長度及刻度,本研究中基因組按 1000 bp 為單位長度進(jìn)行分割,即每個(gè)刻度包含 5 × 103 bp;內(nèi)部每一個(gè)圓圈象征樣品的在該區(qū)域內(nèi)的表達(dá)水平,統(tǒng)計(jì)落在各個(gè)單位長度內(nèi)的平均表達(dá)水平作為其全集因組表達(dá)分布。顏色象征不同樣品信息。
全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 通過全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可快速的獲取某一條件下組織或細(xì)胞中大部分轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)情況。與常規(guī)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序相比,全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以同時(shí)獲得mRNA、lncRNA和circRNA三種類型的RNA信息。 歐易特色 豐富的建庫經(jīng)驗(yàn),過硬的建庫質(zhì)量 10余年文庫構(gòu)建技術(shù)沉淀,具備處理復(fù)雜樣品的能力和豐富的建庫經(jīng)驗(yàn) 具有特色的高級(jí)分析 lncRNA調(diào)控機(jī)制預(yù)測(cè),lncRNA和mRNA的共表達(dá)分析,lncRNA、mRNA和circRNA的聯(lián)合分析等 結(jié)合客戶的需求,靈活進(jìn)行定制化信息分析 推薦測(cè)序模式 Hiseq4000,PE150 一般測(cè)序:10 Gb/樣本 深度測(cè)序:20 Gb/樣本 案例展示 案例一 鑒別肺結(jié)核中circRNA的表達(dá)特征及構(gòu)建ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 研究背景 肺結(jié)核(PTB)是由結(jié)核桿菌引起的慢性疾病,對(duì)人類健康構(gòu)成嚴(yán)重威脅。circRNA被認(rèn)為在許多疾病的發(fā)病機(jī)理和發(fā)展過程中具有潛在的調(diào)控作用,然而,PTB中circRNA的表達(dá)模式和調(diào)控機(jī)理仍有待于研究。 技術(shù)路線 ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 研究?jī)?nèi)容 歐易生物攜手蘇州大學(xué)生物與基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)學(xué)院,通過全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序探究肺結(jié)核中circRNA的表達(dá)特征。作者闡明了肺結(jié)核中circRNA的表達(dá)特征,通過GO和KEGG富集分析對(duì)circRNA進(jìn)行了功能富集分析,構(gòu)建了肺結(jié)核中circRNA的ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,提供更精確的數(shù)字化信號(hào),更高的檢測(cè)通量以及更多的檢測(cè)范圍。
一、數(shù)據(jù)分析流程二、數(shù)據(jù)分析內(nèi)容1.數(shù)據(jù)預(yù)處理目的:對(duì)原始測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行一定程度的過濾。原理:根據(jù)測(cè)序接頭以及測(cè)序質(zhì)量對(duì)原始的測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理,其中,測(cè)序質(zhì)量Q與測(cè)序錯(cuò)誤E之間的關(guān)系如下:結(jié)果:對(duì)預(yù)處理后質(zhì)量以及堿基分布統(tǒng)計(jì)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)2.比對(duì)基因組目的:將經(jīng)過預(yù)處理的測(cè)序數(shù)據(jù)與參考基因組進(jìn)行相似性比對(duì)。原理:Burrower-Wheeler轉(zhuǎn)換算法與splicing比對(duì)算法。1)Burrower-Wheeler轉(zhuǎn)換算法:由于測(cè)序數(shù)據(jù)量非常大,與整條基因組比對(duì)所需資源與時(shí)間是較為巨大的。目前,我們采用Burrower-Wheeler(BWT)算法對(duì)基因進(jìn)行建立索引、堿基壓縮等過程,這樣可以很大程度上加快比對(duì)速度,減少比對(duì)過程中所需資源。2)splicing比對(duì)算法:即分段比對(duì)算法,當(dāng)某條測(cè)序序列位于轉(zhuǎn)錄本剪切位點(diǎn)時(shí),也就是這條序列同時(shí)屬于兩個(gè)外顯子,如果將它與參考基因組進(jìn)行比對(duì),由于基因組兩個(gè)外顯子之間含有intron區(qū),那么它將無法找到它合適的位置;但是應(yīng)用分段比對(duì)算法就可以將這條測(cè)序序列分割變成多段子序列,然后應(yīng)用這些段子序列與基因組進(jìn)行比對(duì),這樣就可以找到它們真正的位置。Vps28基因的一個(gè)分段比對(duì)的結(jié)果,藍(lán)線連接的兩端即為被分割的子序列。轉(zhuǎn)錄組怎么做就找融享生物。河南單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序哪里有
融享生物公司提供轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析,低價(jià)格,高服務(wù),提供售后服務(wù)。湖北真核有參轉(zhuǎn)錄組測(cè)序哪里有
隨著二代測(cè)序價(jià)格的不斷下降及生信的分析技術(shù)的不斷進(jìn)步,轉(zhuǎn)錄組測(cè)序被多面的應(yīng)用于生物學(xué)研究的方方面面。而“測(cè)個(gè)序吧”也成了研究者在缺乏明確目標(biāo)的情況下篩選后續(xù)研究方向的一個(gè)省時(shí)省力,且經(jīng)濟(jì)實(shí)惠的手段。即使在目前組學(xué)研究突飛猛進(jìn)的情況下,經(jīng)典轉(zhuǎn)錄組也依然占據(jù)著極重要的地位(詳情請(qǐng)看:你的SCI還缺一個(gè)轉(zhuǎn)錄組)。然而,對(duì)于一些對(duì)二代測(cè)序技術(shù)了解不多的研究者而言,想使用這個(gè)方便的而強(qiáng)大的工具依然有一定的門檻。湖北真核有參轉(zhuǎn)錄組測(cè)序哪里有